Brainscape's Knowledge GenomeTM

Browse over 1 million classes created by top students, professors, publishers, and experts.


See full index

BMA042, Molekylärbiologi > Eukaryot transkription > Flashcards

Eukaryot transkription Flashcards

1
Q

Hur många nivåer av eukaryot genreglering finns?

A

Sju nivåer

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Hur många olika RNA-polymeraser finns i eukaryoters kärna, och vilka gener transkriberas av dessa?

A

4 olika

  • RNA polymeras I - de flesta rRNA gener
  • RNA polymeras II - alla proteinkodande gener, miRNA-gener och gener för andra icke-kodande RNA (ex. de i spliceosomer)
  • RNA polymeras III - tRNA-gener, 5S rRNA gener och gener för många andra små RNA
  • Mitokondriellt RNA polymeras
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Vad är miRNA och siRNA?

A

miRNA - microRNA som reglerar genuttryck genom att blockera translation

siRNA - “small interfering RNA”, stänger av genuttryck genom riktad degradering

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

RNA polymeraser har flera subenheter gemensamt, men samtidigt har även subenheter specifika för sig själva.

Vilken är den viktigaste specifika subenheten, och vilket polymeras tillhör den?

A

CTD hos POL II

CTD - C-terminal domän

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Vad består den C-terminala domänen av och vad gör den?

A

En heptapeptid repeat (52 gånger)

Tyr - Ser - Pro - Thr - Ser - Pro - Ser

Inbindning till CTD katalyserar RNA polymeras II post-transkriptionella modifieringar

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Hur många subenheter har eukaryot polymeras?

A

12 stycken

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Vad är uppgiften för RNA polymeras II?

A

Den ansvarar för syntesen av mRNA

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Vad behöver RNA-polymeras för att binda till rätt promotor?

A

Generella transkriptionsfaktorer (GTF)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Ge exempel på generella transkriptionsfaktorer och dess roll i transkriptions-initiering av RNA polymeras II?

A

TFIID, har subunits TBP (1) och TAF (11)

  • TBP känner igen TATA-boxen
  • TAF känner igen andra DNA-sekvenser nära transkriptionens startpunkt och reglerar DNA-bindning av TBP

TFIIB - känner igen BRE-element i promotorn. Accurately placerar RNA polymeras i transkriptionens starting site

TFIIF stabiliserar RNA polymeras-interaktionen med TBP och TFIIB. Hjälper även att locka till TFIIE och TFIIH

TFIIE attraherar och reglerar TFIIH

TFIIH virar upp DNA vid transkriptionens startpunkt, fosforylerar Ser5 från RNA polymerasets CTD. Frigör även RNA polymeras från promoton

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Vilket är det första steget i RNA-polymerasets inbidning till operonet?

A

OFTAST är det inbindningen av den generella transkriptionsfaktorn TBP (TATA-bindande proteinet) till TATA boxen, tillsmmans med TFIID

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Vad händer, gällande RNA-polymerasets inbindning till operonet, efter att TBP och TFIID bundit in?

A

TFIIB binder sedan in till TBP/TFIID-komplexet, som rekryterar RNA polymeras II / TFIIF + TFIIE och TFIIH binder in till promotorn

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Vad är TATA boxen?

A

En DNA-sekvens dit TBP och TFIID binder in på operonet

Denna sekvens ligger 30 nukleotider uppströms från transkriptionens startställe

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Vad är preinitiation complex och vad är dess funktion?

A
  • Komplex av RNA polymeras II och 6 st generella transkriptionsfaktorer: TFIIA, TFIIB, TFIID, TFIIE, TFIIE och TFIIH.
  • Komplexet positionerar RNA-polymeras vid gene transcription start sites, denaturerar DNA och positionerar DNA:t som ska transkriberas i RNA-polymeras II aktiva säte
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Vilka två viktiga funktioner har TFIIH?

A
  1. Har helikas-aktivitet som skapar en transkriptionsbubbla vid startstället så att template-strängen exponeras och vi får ett “open complex”. Detta kräver ATP
  2. Fosforylerar CTD-svansen på RNA-polymeras II som då lossnar från de andra transkriptionsfaktorerna och genen börjar transkriberas
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Vilka tre faktorer behövs när TFIIH fosforylerar CTD så att elongeringsfasen i transkriptionen kan börja?

A
  1. Capping-faktorer
  2. Splicing-faktorer
  3. Polyadynelering-faktorer - faktorer som processar 3’-änden
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Beskriv elongeringsproteinernas funktion i elongeringsfasen av transkriptionen?

A

Elongeringsproteiner binder in till Polymeras II och dessa stimulerar Pol II aktiviteten så att Pol II blir processivt

(Förhindrar att transkriptionen pausas)

17
Q

Vad innebär det att ett enzym är mer eller mindre processivt?

A

Processivitet = ett enzyms förmåga att katalysera “reaktioner i följd utan att släppa sitt substrat”

Ex. mätning av antalet nukleotider ett polymeras kan addera i transkriptionen innan det lossnar från sin template strand

18
Q

Vad är polyadenylering?

A

När en poly-A-svans (lång nukleotidsekvens med massa AAAAA) adderas till 3’-ändan av mRNAt i slutet på transkriptionen

19
Q

Hur tror man att terminering av transkriptionsförloppet går till?

A

Inte helt klart, men man tror att:

  • mRNAt klyvs ca 1000 baser downstream efter translationsstoppet och att mRNAt sen polyadenyleras i 3’ änden
  • Efter detta frisläpps RNA polymeras II och CTD-tailen på mRNAt defosforyleras
  • RNA pol kan starta ny transkriptionscykel
20
Q

Vad är mediatorn för något när vi pratar om eukaryot transkription?

A

Mediatorn är ett stort proteinkomplex med mer än 20 subenheter

Den interagerar med generella transkriptionsfaktorer och RNA polymeras i transkriptionen

21
Q

Beskriv hur mediatorn fungerar i transkriptionen?

A

Mediatorn lägger sig som ett “täcke” över RNA pol II ⇒ RNA pol II får ökad interaktionsyta ⇒ blir mer mottaglig till input, fler proteiner kan påverka transkriptionsnivåerna

22
Q

Det finns en viktig skillnad i trnskriptionsreglering om vi jämför eukaryoter och prokaryoter, vilken är denna? Vilket begrepp beskriver detta?

A
  • Eukaryoters DNA är packat med kromatin. Modifieringar i kromatinstruktur spelar en viktig roll när för reglering av genuttryck i eukaryota celler
  • Epigenetik
23
Q

Vilka tre stora grupper av “hjälpmolekyler” behöver RNA polymeras II för att utföra transkription?

A
  1. Aktivatorer
  2. Mediatorn
  3. Kromatinmodifierande proteiner
24
Q

Vad kallas de sekvenser dit regulatoriska proteiner binder in till?

A

En sådan regulatorisk sekvens kallas enhancer

25
Q

Vad händer när ett regulatoriskt protein binder in till en enhancer under transkriptionen?

A

Hastigheten på DNAts transkription regleras

26
Q

Spelar det någon roll var de genregulatoriska proteinerna binder in på en DNA sträng? Varför/varför inte?

A

Nej, eftersom DNA looping gör att de genregulatoriska proteinerna ändå kan interagera med proteiner vid promotorn även om de hamnar långt bort på strängen

27
Q

Hur fungerar enhancers i transkriptionsregleringen?

A

Enhancers binder transkriptionsfaktorer och reglerar RNA polymerasets aktivitet vid en viss gen

Ökar geners transkriptionskapacitet

28
Q

Hur många domäner har de regulatoriska transkriptionsfaktorerna? Vad är deras funktion?

A

2 st

  • En domän som binder till DNA:t
  • En aktiverande domän som stimulerar transkriptionen
29
Q

Hur fungerar den aktiverande domänen på regulatoriska transkriptionsfaktorer?

A

Enligt 2 mekanismer:

  1. Den interagerar med mediator-proteiner eller de generella transkriptionsfaktorerna
  2. Genom att modifiera kromatinstrukturen (alltså styra DNA-looping)
30
Q

Vad är insulator elements? Hur fungerar dem?

A
  • De är DNA sekvenser som hindrar eukaryota genregulatoriska proteiner att influera andra närliggande gener än de gener de är specifika för
  • Insulator binding proteins kopplar samman två insulator-element och bildar en hairpin struktur med dem så genen isoleras och bara den påverkas av rätt enhancer
31
Q

Ge tre exempel på hur repressor-proteiner kan reglera transkriptions-initiering?

A
  1. Direkt blockering av bindnings-sites för generella transkriptionsfaktorer
  2. Kompetitiv DNA bindning - när repressor-protein tävlar med aktivator för att binda specifik reglersekvens
  3. När både aktivator och repressor bundit till DNA och repressor binder till aktiveringsdomän på aktivatorn så den inte kan aktivera sitt genuttryck
32
Q

Hur reglerar microRNA mRNAs translation?

A

MicroRNA binder in till komplementära mRNA sekvenser och märker in mRNA stranden för nedbrytning

33
Q

Beskriv väldigt kort vad RNA-internferens är?

A

Utsläckning av geners uttryck med dubbelsträngat RNA och olika proteinkomplex

RNAi används för att tillfälligt “knock down” mängden av ett protein

34
Q

Jämför RNAi och Crispr/Cas9

Ge för- och nackdelar med de båda metoderna?

A

RNAi - Tillfällig knock down

Fördelar:

  • Snabb, tar ca 1 vecka.
  • Fungerar på essentiella protein

Nackdelar:

  • Kortsiktig (proteinkonc sjunker bara i några dagar)
  • Nivå av knock down kan variera mellan försök, lite osäkert

Crispr/Cas9 - Permanent knock down

Fördelar:

  • Permanent, kan ärvas
  • Kan användas för bara editering (göra önskade mutationer i ett protein)

Nackdelar:

  • Tidskrävande (tar flera månader)
  • Fungerar inte på essentiella proteiner

BMA042, Molekylärbiologi (17 decks)

Brainscape helps you reach your goals faster, through stronger study habits.
© 2024 Bold Learning Solutions. Terms and Conditions