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Epigenética Flashcards

1
Q

Epigenética

A

Alteraciones heredables en la expresión génica que no involucra modificaciones en la secuencia de DNA genómico
Metilación de DNA, modificación de histonas, microRNA

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Q

Factores epigenéticos

A

Son aquellos que se dan en la cola de las histonas, sobreañadidos al DNA, etc.

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3
Q

Relación entre ambiente y enfermedad

A

Hay una estrecha relación por la epigenética y el metabolismo.
Los factores ambientales son modificables
Están involucrados SAM, NADH, HAT, DNMT, etc para formar enfermedades a través de la epigenética y el metabolismo

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4
Q

Colas de histonas

A

Sobresalen del DNA, permiten realizar modificaciones

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5
Q

Proteínas relacionadas con la formación de histonas

A

H2A, H2B, H3, H4
Forman de monómero a dímero, tetrámero, octámero.

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6
Q

DNA en contacto con histonas

A

Curva menor (minor groove)
Rica en AT

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7
Q

DNA no en contacto con histonas

A

GC.
Esto es importante en la epigenética por la metilación en la zona

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8
Q

Cuántas vueltas da el DNA en la histona

A

1 y 1/2.
Antes de terminar la segunda vuelta sigue adelante

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9
Q

Histona H1

A

Pega el DNA con el núcleo de histonas para que no se suelte

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10
Q

Código de histonas

A

Las colas de las histonas sirven de código, tienen 8 colas.
La cola está hecha de aminoácidos.
Hay modificaciones: metilación, fosforilación, acetilación
El DNA depende de la combinación del código de histonas

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11
Q

Dónde se dan las fosforilaciones principalmente

A

En las colas de histonas, principalmente en serina

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12
Q

Metilación en cola de histonas

A

Se da en lisinas y argininas
Función: transcripción, reparación

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13
Q

Acetilación en cola de histonas

A

En Lisinas
Función: transcripción, reparación, replicación, condensación

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14
Q

Ubiquitinación en cola de histonas

A

Lisinas
Función: transcripción

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15
Q

Sumoilación en cola de histonas

A

Se da en lisinas
Función: transcripción

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16
Q

Ribosilación de ADP

En cola de histonas

A

Se da en glutamato
Función: transcripición

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17
Q

Fosforilación

En cola de histonas

A

Se da en serina y treonina
Función: transcripción, reparación, condensación

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18
Q

Citrulinación

En cola de histonas

A

Arginina, que se convierte en citrulina
Función: transcripción

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19
Q

Qué sucede en lisinas

A

Metilación, acetilación, ubiquitinación, sumoliación

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20
Q

Qué sucede en argininas

A

Metilación, citrulinación

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21
Q

Qué sucede en glutamatos

A

ADP-Ribosilación

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22
Q

Qué sucede en serina

A

Fosforilación

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23
Q

Qué sucede en treonina

A

Fosforilación

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24
Q

Función de la acetilación (en lisinas)

A

Activación
No tienen que estar todas acetiladas, lo que importa es la combinación

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25
Lisina hipoacetilada
Represión
26
Serina/treonina fosforilada
Activación
27
Arginina metilada
Activación
28
Lisina metilada
H3 K4 activación H3 K36 K79 elongación H3 K9, K27 represión H4 K20 represión
29
Lisina ubiquitinada
H2B activación H2A represión
30
Código de histona más característico
El de H3 Fosforilación en S 10, 28 Metilación en R 2, 17, 26 Metilación en K 4, 9, 14, 17, 23, 26, 27 Acetilación en K 9, 14, 18, 23, 27
31
Diferencia entre metilación / acetilación de las colas de histonas
La acetilación causa que las colas de histonas no se peguen tanto, lo que causa que estén despegados los nucleosomas La metilación causa que se peguen más las colas, lo que causa que los nucleosomas estén más unidos
32
Dominio bromo
Para acetilación Espacio mayor entre nucleosomas. DNA transcripcionalmente activo, regiones expuestas a polimerasa
33
Dominio chromo
Para metilación Espacio menor entre nucleosomas. DNA transcripcionalmente inactivo, regiones no expuestas
34
Enzima que quita acetilo
Histona desacetilasa (HDACs)
35
Enzima que pone acetilo
HAT Histona acetil transferasa
36
Enzima que pone metilo
Histona metil transferasa (HP1)
37
Enzima que quita metilo
Histona desmetilasa
38
Proceso de represión de genes
1. Se inicia la transcripción por interacción de activadores, coactivadores y la RNA polimerasa 2. Los represores desplazan a los activadores, un correpresor inhibe a la RNA polimerasa 3. Una histona deacetilasa se asocia al correpresor, la RNA polimerasa se desprende del DNA 4. Se da la deacetilación, lo que causa condensación de la cromatino, reprimiendo la transcripción del gen
39
Heterocromatina vs eucromatina
Heterocromatina: cerrada. Puede ser facultativa (cambia con estímulo) o constitutiva (no cambia con estímulo). Eucromatina: cromatina expuesta
40
Heterocromatina constitutiva
Se encuentra en centrómeros, telómeros, porciones en los cromosomas sexuales, principalmente el Y
41
Cómo leer un código de histona
H3K27me3 H3: en qué histona (3) K27: posición del aminoácido desde la parte N-terminal me3: modificación, cuántas hay
42
Diferencia entre posición de la metilación
Todo depende de la localización de la metilación. Si está en la 4, está activo, si está en la 9 o 27, está inactivo
43
Complejo remodelador de la cromatina
Complejo encargado de mover las histonas para exponer DNA que estaba enredado previamente
44
Proceso de actuación del complejo remodelador de la cormatina
Se une una proteína al DNA que está expuesto en la histona, esa proteína recluta al complejo remodelador de la cromatina, actúa y expone a la región que se busca para que se una otra proteína al ADN
45
Funciones del complejo remodelador de la cromatina
Exponer cajas TATA para iniciar la transcripción, entre otras. Esto se da por acetilación, fosforilación, acetilación, movilidad del nucleosoma y exposición
46
Variantes de histonas
de la H2A: H2AX: señalización de daño en DNA H2AZ: activación transcripcional MacroH2A 1 y2 se unen a cromosoma X inactivo De la H3: CENP-A define la cromatina del centrómero
47
CENP-A
Variante de la histona H3 que tiene una cola que permite interactuar con proteínas del cinetocoro para definir el centrómero
48
H3.3
Variante de la histona H3 que mantiene estados abiertos transcripcionalmente activos, con regiones promotoras expuestas permanentemente ("Locked open")
49
H2AX
Variante de la histona H2A que atrae enzimas que reparan el DNA. La fosforilación que presenta son las que atraen a las proteínas de reparación
50
Metilación del DNA
La metilación del DNA, de la citosina causa silenciamiento de genes El grupo metilo sale del ciclo del ácido fólico: SAM pasa a SAH
51
Metilación de novo
Realizada por la DNA metil transferasa 3A y 3B (DNMT3A, DNMT3B)
52
Metilación de mantenimiento
Realizada por la DNMT1
53
¿Cómo silenciar a un gen completamente?
Primero quitas los promotores para que se apague Después metilas el DNA Después unes una proteína que se une a DNA metilado Atraes a la Histona deacetilasa y al complejo remodelador de cromatina y con eso lo apagas totalmente
54
Por qué se metilan elementos repetitivos
Porque "tienen la capacidad de moverse" y por lo tanto son malos, se metilan para que se apaguen y no se muevan
55
Demetilación pasiva del DNA
Cuando no comes bien Se da dilución del DNA metilado con cada división celular cuando no está expresada DNMT1 Muchos cáncer son por la falta de metilación o la sobremetilación
56
Demetilación activa del DNA
No es simplemente quitarlo, es por una acción enzimática por intermediarios, usando diferentes sistemas. El principal: TET, también AID
57
Importancia del ácido fólico en el embarazo
Desde la semana 3.5 se necesita ácido fólico, porque se pierde metilación por mucha demanda de división celular. En la semana 8.5 se alcanza la metilación que vas a tener toda la vida
58
Dominio de la HP1
Cromodominio, involucrada en el silenciamiento de genes
59
RNA no codificante
MicroRNA Piwi-interacting RNA Long non-coding RNA
60
MicroRNA
miRNAs Silenciamiento de genes post transcripcional
61
Piwi-interacting RNA
piRNAs Controlan elementos transposables y dirigen metilación de DNA a estos elementos
62
Long non-coding RNAs
lncRNAs parece que dirigen cosas epigenéticas: silenciamiento cromosoma X, impronta de genes
63
Ejemplo inhibición KCNQ1
La propia expresión del gen causa que se silencie. Represión Cis
64
Represión cis vs trans
Cis: sobre sí mismo Trans: sobre otro gen
65
Cómo funciona la represión con lncRNA
Sirven como estructuras que se unen a proteínas para que estas estructiras secundarias sirvan como andamios para que se una el complejo rempodelador de cromatina y ya no se exprese el gen
66
Cómo puede funcionar los lncRNAs
Como señalamiento, guía, enhancers, moldes/andamios, señuelos
67
Enfermedades relacionadas a la cromatina
Epigenética: defectos en la impronta genómica Genética: efectos cis (alteraciones del DNA), efectos trans (pérdida de factores asociados a la cromatina)
68
Enfermedad en cáncer de mama
Mutación germinal de BRCA1: 26% Mutación somática de BRCA1: 11% Metilación en la región promotora de BRCA1: 33% Mutación o metilación de BRCA2: 30%
69
Causas epigenéticas de cáncer
Hipometilación o hipermetilación Metilación del DNA, modificación de histonas, RNA no codificante
70
Origen del glioblastoma
Genético la mayoría
71
Origen del astrocitoma anaplásico
mixto, alteraciones genéticas y epigenéticas
72
Origen del ependimoma
Alteraciones epigenéticas
73
Diagnóstico de 80-90% de cáncer de próstata
Hipermetilación del gen GST-1
74
Mal pronóstico en px con cáncer de neuroblastoma
Hipermetilación de EMP3
75
Mal pronóstico en cáncer de pulmón
Hipermetilación de DAPK
76
Mal pronóstico en cáncer de colon
Hipermetilación de P16
77
Otros marcadores epigenéticos del cáncer
RASSF1A, APC, GSTP1, SERP1
78
Proceso de alteración en cáncer GI
Alteraciones epigenéticas: edad, estilo de vida, dieta, microbioma Causan alteraciones entre 10-15 años en neoplasia maligna, y en 15-20 años en cáncer
79
Categorías de medicamentos relacionadas a histonas
Writers: ponen Erasers: quitan Readers: leen Movers: mueven Shapers: mutaciones Insulators: protegen de expresión
80
Involucradas en la fibrosis quística
Insulators

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