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Biomol > Epigenética > Flashcards

Epigenética Flashcards

1
Q

Epigenética

A

Alteraciones heredables en la expresión génica que no involucra modificaciones en la secuencia de DNA genómico
Metilación de DNA, modificación de histonas, microRNA

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Q

Factores epigenéticos

A

Son aquellos que se dan en la cola de las histonas, sobreañadidos al DNA, etc.

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3
Q

Relación entre ambiente y enfermedad

A

Hay una estrecha relación por la epigenética y el metabolismo.
Los factores ambientales son modificables
Están involucrados SAM, NADH, HAT, DNMT, etc para formar enfermedades a través de la epigenética y el metabolismo

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4
Q

Colas de histonas

A

Sobresalen del DNA, permiten realizar modificaciones

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5
Q

Proteínas relacionadas con la formación de histonas

A

H2A, H2B, H3, H4
Forman de monómero a dímero, tetrámero, octámero.

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6
Q

DNA en contacto con histonas

A

Curva menor (minor groove)
Rica en AT

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7
Q

DNA no en contacto con histonas

A

GC.
Esto es importante en la epigenética por la metilación en la zona

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8
Q

Cuántas vueltas da el DNA en la histona

A

1 y 1/2.
Antes de terminar la segunda vuelta sigue adelante

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9
Q

Histona H1

A

Pega el DNA con el núcleo de histonas para que no se suelte

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10
Q

Código de histonas

A

Las colas de las histonas sirven de código, tienen 8 colas.
La cola está hecha de aminoácidos.
Hay modificaciones: metilación, fosforilación, acetilación
El DNA depende de la combinación del código de histonas

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11
Q

Dónde se dan las fosforilaciones principalmente

A

En las colas de histonas, principalmente en serina

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12
Q

Metilación en cola de histonas

A

Se da en lisinas y argininas
Función: transcripción, reparación

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13
Q

Acetilación en cola de histonas

A

En Lisinas
Función: transcripción, reparación, replicación, condensación

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14
Q

Ubiquitinación en cola de histonas

A

Lisinas
Función: transcripción

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15
Q

Sumoilación en cola de histonas

A

Se da en lisinas
Función: transcripción

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16
Q

Ribosilación de ADP

En cola de histonas

A

Se da en glutamato
Función: transcripición

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17
Q

Fosforilación

En cola de histonas

A

Se da en serina y treonina
Función: transcripción, reparación, condensación

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18
Q

Citrulinación

En cola de histonas

A

Arginina, que se convierte en citrulina
Función: transcripción

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19
Q

Qué sucede en lisinas

A

Metilación, acetilación, ubiquitinación, sumoliación

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20
Q

Qué sucede en argininas

A

Metilación, citrulinación

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21
Q

Qué sucede en glutamatos

A

ADP-Ribosilación

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22
Q

Qué sucede en serina

A

Fosforilación

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23
Q

Qué sucede en treonina

A

Fosforilación

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24
Q

Función de la acetilación (en lisinas)

A

Activación
No tienen que estar todas acetiladas, lo que importa es la combinación

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25
Q

Lisina hipoacetilada

A

Represión

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26
Q

Serina/treonina fosforilada

A

Activación

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27
Q

Arginina metilada

A

Activación

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28
Q

Lisina metilada

A

H3 K4 activación
H3 K36 K79 elongación
H3 K9, K27 represión
H4 K20 represión

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29
Q

Lisina ubiquitinada

A

H2B activación
H2A represión

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30
Q

Código de histona más característico

A

El de H3
Fosforilación en S 10, 28
Metilación en R 2, 17, 26
Metilación en K 4, 9, 14, 17, 23, 26, 27
Acetilación en K 9, 14, 18, 23, 27

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31
Q

Diferencia entre metilación / acetilación de las colas de histonas

A

La acetilación causa que las colas de histonas no se peguen tanto, lo que causa que estén despegados los nucleosomas
La metilación causa que se peguen más las colas, lo que causa que los nucleosomas estén más unidos

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32
Q

Dominio bromo

A

Para acetilación
Espacio mayor entre nucleosomas. DNA transcripcionalmente activo, regiones expuestas a polimerasa

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33
Q

Dominio chromo

A

Para metilación
Espacio menor entre nucleosomas. DNA transcripcionalmente inactivo, regiones no expuestas

34
Q

Enzima que quita acetilo

A

Histona desacetilasa (HDACs)

35
Q

Enzima que pone acetilo

A

HAT
Histona acetil transferasa

36
Q

Enzima que pone metilo

A

Histona metil transferasa (HP1)

37
Q

Enzima que quita metilo

A

Histona desmetilasa

38
Q

Proceso de represión de genes

A
  1. Se inicia la transcripción por interacción de activadores, coactivadores y la RNA polimerasa
  2. Los represores desplazan a los activadores, un correpresor inhibe a la RNA polimerasa
  3. Una histona deacetilasa se asocia al correpresor, la RNA polimerasa se desprende del DNA
  4. Se da la deacetilación, lo que causa condensación de la cromatino, reprimiendo la transcripción del gen
39
Q

Heterocromatina vs eucromatina

A

Heterocromatina: cerrada. Puede ser facultativa (cambia con estímulo) o constitutiva (no cambia con estímulo).
Eucromatina: cromatina expuesta

40
Q

Heterocromatina constitutiva

A

Se encuentra en centrómeros, telómeros, porciones en los cromosomas sexuales, principalmente el Y

41
Q

Cómo leer un código de histona

A

H3K27me3
H3: en qué histona (3)
K27: posición del aminoácido desde la parte N-terminal
me3: modificación, cuántas hay

42
Q

Diferencia entre posición de la metilación

A

Todo depende de la localización de la metilación. Si está en la 4, está activo, si está en la 9 o 27, está inactivo

43
Q

Complejo remodelador de la cromatina

A

Complejo encargado de mover las histonas para exponer DNA que estaba enredado previamente

44
Q

Proceso de actuación del complejo remodelador de la cormatina

A

Se une una proteína al DNA que está expuesto en la histona, esa proteína recluta al complejo remodelador de la cromatina, actúa y expone a la región que se busca para que se una otra proteína al ADN

45
Q

Funciones del complejo remodelador de la cromatina

A

Exponer cajas TATA para iniciar la transcripción, entre otras.
Esto se da por acetilación, fosforilación, acetilación, movilidad del nucleosoma y exposición

46
Q

Variantes de histonas

A

de la H2A:
H2AX: señalización de daño en DNA
H2AZ: activación transcripcional
MacroH2A 1 y2 se unen a cromosoma X inactivo

De la H3: CENP-A define la cromatina del centrómero

47
Q

CENP-A

A

Variante de la histona H3 que tiene una cola que permite interactuar con proteínas del cinetocoro para definir el centrómero

48
Q

H3.3

A

Variante de la histona H3 que mantiene estados abiertos transcripcionalmente activos, con regiones promotoras expuestas permanentemente (“Locked open”)

49
Q

H2AX

A

Variante de la histona H2A que atrae enzimas que reparan el DNA. La fosforilación que presenta son las que atraen a las proteínas de reparación

50
Q

Metilación del DNA

A

La metilación del DNA, de la citosina causa silenciamiento de genes

El grupo metilo sale del ciclo del ácido fólico: SAM pasa a SAH

51
Q

Metilación de novo

A

Realizada por la DNA metil transferasa 3A y 3B (DNMT3A, DNMT3B)

52
Q

Metilación de mantenimiento

A

Realizada por la DNMT1

53
Q

¿Cómo silenciar a un gen completamente?

A

Primero quitas los promotores para que se apague
Después metilas el DNA
Después unes una proteína que se une a DNA metilado
Atraes a la Histona deacetilasa y al complejo remodelador de cromatina y con eso lo apagas totalmente

54
Q

Por qué se metilan elementos repetitivos

A

Porque “tienen la capacidad de moverse” y por lo tanto son malos, se metilan para que se apaguen y no se muevan

55
Q

Demetilación pasiva del DNA

A

Cuando no comes bien
Se da dilución del DNA metilado con cada división celular cuando no está expresada DNMT1

Muchos cáncer son por la falta de metilación o la sobremetilación

56
Q

Demetilación activa del DNA

A

No es simplemente quitarlo, es por una acción enzimática por intermediarios, usando diferentes sistemas.
El principal: TET, también AID

57
Q

Importancia del ácido fólico en el embarazo

A

Desde la semana 3.5 se necesita ácido fólico, porque se pierde metilación por mucha demanda de división celular.

En la semana 8.5 se alcanza la metilación que vas a tener toda la vida

58
Q

Dominio de la HP1

A

Cromodominio, involucrada en el silenciamiento de genes

59
Q

RNA no codificante

A

MicroRNA
Piwi-interacting RNA
Long non-coding RNA

60
Q

MicroRNA

A

miRNAs
Silenciamiento de genes post transcripcional

61
Q

Piwi-interacting RNA

A

piRNAs
Controlan elementos transposables y dirigen metilación de DNA a estos elementos

62
Q

Long non-coding RNAs

A

lncRNAs
parece que dirigen cosas epigenéticas:
silenciamiento cromosoma X, impronta de genes

63
Q

Ejemplo inhibición KCNQ1

A

La propia expresión del gen causa que se silencie.
Represión Cis

64
Q

Represión cis vs trans

A

Cis: sobre sí mismo
Trans: sobre otro gen

65
Q

Cómo funciona la represión con lncRNA

A

Sirven como estructuras que se unen a proteínas para que estas estructiras secundarias sirvan como andamios para que se una el complejo rempodelador de cromatina y ya no se exprese el gen

66
Q

Cómo puede funcionar los lncRNAs

A

Como señalamiento, guía, enhancers, moldes/andamios, señuelos

67
Q

Enfermedades relacionadas a la cromatina

A

Epigenética: defectos en la impronta genómica
Genética: efectos cis (alteraciones del DNA), efectos trans (pérdida de factores asociados a la cromatina)

68
Q

Enfermedad en cáncer de mama

A

Mutación germinal de BRCA1: 26%
Mutación somática de BRCA1: 11%
Metilación en la región promotora de BRCA1: 33%
Mutación o metilación de BRCA2: 30%

69
Q

Causas epigenéticas de cáncer

A

Hipometilación o hipermetilación
Metilación del DNA, modificación de histonas, RNA no codificante

70
Q

Origen del glioblastoma

A

Genético la mayoría

71
Q

Origen del astrocitoma anaplásico

A

mixto, alteraciones genéticas y epigenéticas

72
Q

Origen del ependimoma

A

Alteraciones epigenéticas

73
Q

Diagnóstico de 80-90% de cáncer de próstata

A

Hipermetilación del gen GST-1

74
Q

Mal pronóstico en px con cáncer de neuroblastoma

A

Hipermetilación de EMP3

75
Q

Mal pronóstico en cáncer de pulmón

A

Hipermetilación de DAPK

76
Q

Mal pronóstico en cáncer de colon

A

Hipermetilación de P16

77
Q

Otros marcadores epigenéticos del cáncer

A

RASSF1A, APC, GSTP1, SERP1

78
Q

Proceso de alteración en cáncer GI

A

Alteraciones epigenéticas: edad, estilo de vida, dieta, microbioma

Causan alteraciones entre 10-15 años en neoplasia maligna, y en 15-20 años en cáncer

79
Q

Categorías de medicamentos relacionadas a histonas

A

Writers: ponen
Erasers: quitan
Readers: leen
Movers: mueven
Shapers: mutaciones
Insulators: protegen de expresión

80
Q

Involucradas en la fibrosis quística

A

Insulators

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