2. Replicación

Question 1

Replicación

Answer 1

Copia fiel de DNA
Si no hay división celular, NO debe de haber replicación

Question 2

Cómo es la replicación

Answer 2

Semiconservadora
Si fuera completamente conservadora habría más errores

Question 3

Templado

Answer 3

El templado es el DNA molde

Question 4

Horquilla de replicación

Answer 4

Hay varios puntos de origen. Se hacen múltiples orquillas de replicación.

Teorías de nucleosomas:
1. Se deshace el nucleosoma
2. Se recorre el nucleosoma

Question 5

¿Dónde empieza la replicación?

Answer 5

En la región Ori:
Origin unwinding and helicase recruitment

Se inicia la replicación, se recluta a la helicasa, se une la primasa, se une el sliding clamp y se inicia la replicación con la polimerasa

Se da en doble sentido y termina

Question 6

Helicasa

Answer 6

Utiliza ATP. Rompe puentes de hidrógeno en bases complementarias.

Question 7

¿Cómo inicia la replicación?

Answer 7

La proteína iniciadora se une al sitio iniciador en el DNA. Las cadenas de DNA se separan en las cajas TATA, regiones ricas en AT, después de la unión de la proteína iniciadora.

La proteína iniciadora recluta proteínas de replicación.

La proteína inciadora dobla el DNA en el origen de la replicación. Este doblamiento permite que se separen las regionas de AT.

La DnaC se une a la helicasa DnaB y después se une a la proteína iniciadora en las regiones DnaA.

La DnaC carga a la DnaB helicasa al DNA y se deshace

Question 8

Torsión negativa

Answer 8

La torsión negativa impide el movimiento de la helicasa, ya que no se puede abrir más el DNA.

Se soluciona por la Topoisomerasa

Question 9

Topoisomerasa

Answer 9

Hay 3 tipos:
IA: rompe las dos cadenas y deja que se desenrollen
IB: rompe 1 cadena y deja que se desenrolle
II: rompe dos cachos de DNA y se desenrrolla

Question 10

Topoisomerasa I

Answer 10

Pone 1 tirosina, causa que se separen las cadenas de DNA, se desenrrollan, se forma el enlace que se rompió y ya se va la topoisomerasa

Question 11

Topoisomerasa II

Answer 11

Complejo que se une en donde se dobla el DNA sobre sí mismo, corta 1 cacho, deja que pase el otro y lo vuelve a unir

Question 12

SSBP//RPA

Answer 12

SSBP: single stranded binding protein: se ponen proteínas para que no se vuelva a formar la doble hélice una vez que se separa.

RPA: es en eucariontes.

Question 13

Qué se hace para que no se vuelva a formar la doble hélice

Answer 13

SSBP en bacterias se une
RPA en eucariontes

Question 14

Dirección de la síntesis de DNA durante la replicación

Answer 14

Se sintetiza de 5’ a 3’.
Se lee de 3’ a 5’ para que se pueda crecer de 5’ a 3’

Question 15

Cadenas en la replicación

Answer 15

Cadena continua: la que persigue a la helicasa
Cadena discontinua/resagada: la que forma los fragmentos de Okasaki

Question 16

DNA polimerasa: limitación

Answer 16

La DNA polimerasa no puede comenzar con la síntesis, necesita forzosamente un OH’ para hacer el enlace fosfodiéster.

Question 17

Primer de RNA

Answer 17

Lo pone la RNA polimerasa dependiente de DNA.
Una vez puesto el primer, ya puede trabajar la DNA polimerasa.

Se pone 1 primer en la cadena continua, muchos primers en la cadena discontinua.

Question 18

Enzimas que ponen el primer en eucariontes

Answer 18

Polimerasa alfa pone el primer

Question 19

Enzimas que continúan la elongación en eucariontes

Answer 19

DNA polimerasa delta o épsilon

Delta: hebra discontinua
épsilon: hebra continua

Question 20

DNA polimerasas en bacterias

Answer 20

I
II
III

Question 21

DNA polimerasas en eucariontes:

Answer 21

Familias:
- A (pol 1 (klenow), Taq, T7)
- B: α,δ,ε,ξ, II
- C: III
- D: pol D
- X: pol β,λ,μ,σ
- Y: pol η, κ, REV 1, Din B (pol IV), UmuCD (pol V)
- RT: transcriptasa reversa, telomerasa

Question 22

Forma de la DNA polimerasa:

Answer 22

Como una mano: tiene una exonucleasa por si se equivoca y se va en otro sentido la cadena de DNA

Question 23

Sitio de unión de la DNA polimerasa para juntarse con los nucleótidos de la hebra templada

Answer 23

Está conformado por un ion metálico (principalmente manganeso) y un sitio de unión al substrato. Dependiendo de la base que se une, es la afinidad que tiene y si sí queda o no

Question 24

Primasa

Answer 24

Es la DNA polimerasa alfa, la que continúa la síntesis de DNA a partir del primer de RNA

El complejo alfa primasa DNA polimerasa convierte síntesis de ARN a síntesis de ADN.
Se une el complejo clamp-loader al final 3’ del DNA sintetizado. Este complejo recluta a la polimerasa delta o épsilon

Question 25

Elongación por la DNA polimerasa D/E

Answer 25

DNA polimerasa D: hebra discontinua
DNA polimerasa E: hebra continua

Se encargan literal de seguir poniendo nucleótidos para elongar la cadena:

DNA polimerasa alfa pone el primer, DNA polimerasa D/E ponen cadena de DNA
RNAasa H rompe el primer de RNA y entra la DNA polimerasa y completa.

Ligasa: hace el enlace fosfodiéster

Question 26

Cómo hace la elongación la DNA polimerasa

Answer 26

La DNA polimerasa tiene un sitio de elongación, en el cual se debe de dar el posicionamiento correcto de los deoxinucleótidos trifosfatados nuevos. Se incorporan los nucleótidos y se trasloca el DNA

Question 27

Proofreading

Answer 27

Es la manera que tiene la DNA polimerasa para evitar errores.

En el caso que un nucléotido erróneo se una transitoriamente, esto causa que el extremo 3’ OH no permita la continuación de la elongación por la DNA polimerasa

La DNA polimerasa tiene exonucleasa 3’ a 5’ y quita el nucleótido que se unió incorreactamente, y después sigue añadiendo pares de bases para la elongación

Question 28

Errores en la replicación: números

Answer 28

Pasos en la replicación:
5’ a 3’ polimerización: 1 en 10’5
3’ a 5’ proofreading: 1 en 100
Mismatch repair: 1 en 1000
Combinados: 1 en 10’10

Question 29

CLAMP/PCNA

Answer 29

Es el anillo que se une para que no se caiga la DNA polimerasa
La proteína tau es la que une el anillo a la DNA polimerasa

Se une a la DNA polimeras D/E pq es la de elongación

Question 30

¿Cómo se une el CLAMP?

Answer 30

Se une ATP, que causa cambios conformacionales que permite que se abra el clamp y se una.
El clamp loader se une al extremo 3’ del primer.
Se da hidrólisis de ATP, se cierra el clamp, se va el clamp loader.
El clamp llama a la DNA polimerasa

Question 31

Primosoma

Answer 31

Complejo formado por la DNA helicasa y la DNA primasa, sirve para poner primers en la hebra retardada.

Question 32

Pérdida de DNA

Answer 32

Por remoción del primer:
Siempre se pierde un cacho de DNA, el 1° primer. No se puede evitar, hay cadenas de DNA “inútil”, los telómeros

Question 33

Cómo se unen los fragmentos de Okazaki

Answer 33

Llega la polimerasa hasta el siguiente fragmento, se desplaza el fragmento, se asocia la endonucleasa Fen1 con el fragmento desplazado, Se rompe y continúa la polimerasa hasta que termina

La ligasa une los fragmentos de DNA

Question 34

Cómo se ponen los telómeros

Answer 34

Los telómeros son puestos por la telomerasa. Hay problemas cuando se acaban los telómeros

En cáncer sí está activa la telomerasa

Question 35

Ligasa

Answer 35

Enzima encargada de unir los fragmentos de DNA.

Se usa ATP, se liberan dos fosfatos, se une un extremo con el AMP, después se libera el AMP y queda unido los dos extremos

Question 36

Telomerasa

Answer 36

Actúa en el extremo 3’. Se usa el RNA de la telomerasa como templado, se elonga y después se trasloca el DNA. Para poder seguir elongando varias veces, con DNA repetitivo.

Cuando acaba se forma un t-loop y se une a otra parte de telómeros.