3. Transcripción Flashcards
Dirección de síntesis de RNA
La síntesis de RNA se da 5’-3’ por la RNA polimerasa
Genes constitutivos y facultativos:
Genes constitutivos: siempre prendidos
Genes facultativos: se prenden o se apagan dependiendo de la señalización
Región promotora de la transcripción
-15, -35. Son regiones conservadoras donde se pega la RNA polimerasa
Región reguladora de la transcripción
Se dan tanto en cascadas río arriba como en río abajo.
Son enhancers o silencers
Quién abre el DNA en la transcripción
La misma RNA polimerasa
Iniciación de la transcripción
La RNA polimerasa reconoce a la región promotora, se une y se abre el DNA. Se genera la burbuja de transcripción y se da la iniciación.
Se mueve de la región promotora, se elonga hasta que llega a la región de término y se acaba
RNA polimerasa en bacterias, archaea y eucariotes
Bacterias: subunidad β y β’. A estas subunidades están unidas las subunidades αI y αII. ω está unido a β’.
Archaea: Subunidad A’/A’’ y B. A la subunidad A’/A’’ están unidas las subunidades K,E,F,H. A la subunidad B están unidas: L,D,N,P,X.
Eucariotes: Subunidad 1 y 2. A la subunidad 1 está unida la 4,5,6,7,8. A la subunidad 2 está unida la 3, 9,10,11,12.
¿Cuántas RNA polimerasas hay?
En bacterias 1.
En eucariotes 3.
¿Cuántas DNA polimerasas hay?
En bacterias 3.
En eucariotes 17.
En eucariontes: RNA polimerasa I, II y III. Funciones
RNA polimerasa I: Transcripción de RNA ribosomal
RNA polimerasa II: transcripción de RNA mensajero (IMPORTANTE)
RNa polimerasa III: transcripción de miRNA y tRNA
Estructura de una RNA polimerasa
Tiene: pared, puente, tunel, poro. Clamp, zipper, tapa. Mandíbula, rudder. Magnesio
El DNA entra por la mandíbula, el rudder lo separa. Los nucleótidos de RNA entran por el túnel y poro, se unen al magnesio en el puente y ahí se confirma que es el adecuado, de ahí sale el RNA y el DNA por la tapa, y el zipper une de regreso el DNA.
Factores asociados a la RNA polimerasa tipo II
- TFIIA: estabiliza la unión entre la proteína de unión a TATA y el factor TFIIB
- TFIIB: reconoce a la región promotora, estabiliza el complejo temprano de transcripción
- TFIID: Importante en la TBP, TAFs. Reconoce a la región promotora, dobla al DNA. Interactúa con factores reguladores
- TFIIE: recluta a TFIIH
- TFIIF: suprime unión a DNA no específico. Captura la hebra no templada durante el melting
- TFIIH: desenrrolla la región promotora de ADN, fosforila la CTD
Región promotora en bacterias
Caja TATA en -10, caja en -35. Son regiones promotoras. Factor sigma 4 (-35) y 2 (-10).
Estos son los factores sigma primarios
Hay factores sigma alternativos en las mismas regiones, pero variables.
Regiones en células eucariotas en la transcripción
Regiones promotoras: Caja TATA en -25, Caja en -75.
Regiones reguladoras (UAS, silencer, enhancer, etc): en -100 a -3,000.
Estructura del gen en el DNA para la transcripción
Enhancer, cajas CAAT y GC y TATA en la región promotora
Cap site, proteína de señalización de inicio, intrones, proteína de paro, señal de adición de PoliA, sitio de poliadenilación
En dónde se une el TFIIB
En BRE: TFIIB recognition element, que está por detrás de la caja TATA, en -37 a -32.
Región promotora río abajo
Está en +28 a +32
Lugar de señalización para el complejo de iniciación de la transcripción
-2 a +4
Complejo de preiniciación
Se unen los factoires TFIIB al BRE y el TFIID (TAFs y TBP) a la caja TATA
De ahí se une la RNA polimerasa II, y se unen los factores TFIIF, TFIIE y TFIIH para estabilizar el complejo
Proteínas mediadoras de la transcripción
Empujan a la RNA polimerasa a unirse al DNA.
Son enzimas modificadoras de histonas, enzimas remodeladoras del nucleosoma, y otras enzimas
Proteínas mediadoras de la transcripción en gen rRNA, RNA polimerasa I
Se une la TBP y el SL1 a la caja TATA, y se unen 2 UBF a la UCE (caja más atrás)
Proteínas mediadoras de la transcripción en gen de tRNA, RNA polimerasa III
Se une TFIIIC a la caja A y C. Más arriba se une la TBP y el TFIIIB
Proteínas mediadoras de la transcripción en gen de 5S RNA, RNA polimerasa III
Se une TFIIIC a la caja A y C. Más arriba se une la TBP y el TFIIIB
Por debajo de la caja A y C se une la TF IIIA
Respuesta abortiva
Se une la RNA polimerasa al complejo cerrado. Se abre y empieza el complejo de iniciación.
La respuesta abortiva se da porque el complejo empieza río arriba de donde se da la iniciación, entonces tira los primeros RNA
Inicia normal, el factor sigma forma un loop 3.2 en el ADN, se remueve la región promotora transcrita y ya se empieza el complejo de elongación de la transcripción