D1 - Cours 1 de biomédecine : modélisation des maladies émergentes et infectieuses

Question 1

Taux d’incidence

Answer 1

• rapporte
  
  • le nombre de NOUVEAUX cas d’une pathologie observés pendant une période donnée : population incidente
  • à la population dont sont issus les cas (pendant cette même période) : population cible
• REMARQUE
  
  • ​Le taux d’incidence s’exprime généralement en « nombre de personnes pour 100 000 personnes par année », afin de permettre des comparaisons entre les populations et dans le temps.
  • INDICATEUR DYNAMIQUE

Question 2

Taux d’attaque

Answer 2

• Rapporte
  
  • le nombre de malades causées par une épidémie : population attaquée
  • au nombre de personnes dans la population étudiée (enfants de moins 15 ans, adultes…)
  • C’est un taux qu’on calcule à la fin d’une épidémie pour faire un bilan du nombre de malades
• REMARQUE
  
  • le taux d’attaque peut donc changer selon l’âge des patients

Question 3

Taux de prévalence

Answer 3

• Nombre total de cas d’une maladie à un moment donné (sur une période donné)
• Divisé par
• Population à ce moment
• REMARQUE
  
  • Indicateur statistique

Question 4

Courbe épidémique

Answer 4

• C’est une courbe avec
  
  • en x : le temps
    
    • en jour
    • en semaine
  • en y : le nombre de NOUVEAUX cas
• Donc une courbe épidémique = une courbe d’incidence

Question 5

R₀

Answer 5

• S’appelle le Ratio de Reproduction
• Nombre de cas IIaires directement infectés par une unique personne infectieuse

Formule

• R₀ = β × c × N × D avec :
  
  • β : probabilité de transmettre l’infection pdt un contact
  • c : le nombre de contacts / unité de temps
  • N : taille de la population
  • D : durée de la phase infectieuse

Question 6

La description compartimentale de maladie infectieuse est un outil mathématique permettant la modélisation dynamique d’une infection.

Le modèle le + simple et le + utilisé : modèle SIR

Expliquez-le

Answer 6

Modèle SIR

• Boîte 1 : S = Susceptible
  
  • Avant d’être infecté
• Boîte 2 : I = Infectieux
  
  • Personne infectée et devenue contagieuse
• Boîte 3 : R = Retirés
  
  • Personne guérie, isolée ou décédée

Les paramètres détermiant la vitesse de mouvement d’une boîte à une autre

• Pour passe de 1 à 2
  
  • β × c avec :
    
    • β : la probabilité que la maladie soit transmise au cours d’un contact
    • c : le taux de contact par unité de temps entre personne
• Pour passe de 2 à 3
  
  • ​1/D avec :
    
    • D : durée moyenne de la phase infectieuse

Question 7

L’intervalle intergénérationnel (IG)

Answer 7

• Il s’agit du Δt entre
  
  • l’apparition de la maladie chez un individu A
  • et
  • l’apparition de la maladie chez un indivudu B contaminé par A
• • l’IG est petit, plus l’amplification de l’épidémie est rapide.

Question 8

FORMULE du calcul de l’incidence I

avec les paramètre : R₀ et IG

Answer 8

I(t) = R₀^t/IG

• ☞ le R0 peut se calculer en utilisant
  
  • la courbe épidémique pour trouver I(t)
  • l’IG

Question 9

R_e

Answer 9

• S’appelle Ratio Effectif
• Sa formule est la même que le R₀
• La seule différence est qu’on le calcule après intervention
  
  • β : préservatif, masque, SHA…
  • c : distanciation sociale, couvre-feu, quarantaine, isolement
  • N : vaccins
  • D : antiviraux, ATB

Si R_e < 1 ☞ succès de l’intervention

Question 10

Comment se calcule p ?

p : proportion de la pop. à immuniser pour casser l’épidémie

Answer 10

• p = (1 - 1 / R₀)
• p = seuil d’immunisation à maintenir dans la population

Il faut que : p > (1 - 1 / R₀)

Question 11

Le R_t : c’est quoi ?

Answer 11

R_t : C’est le R au cours du temps donc :

• soit le R₀
• soit le R_e si une action est menée