Cours 9 - Principes de cytogénétique Flashcards
Qu’est-ce qu’un variant génétique rare ?
Un variant dont la fréquence allélique est inférieure à 1 % dans la population.
Pourquoi les variants rares ne sont-ils pas détectés par les GWAS ?
Parce qu’ils ne sont pas en déséquilibre de liaison (LD) avec les SNPs communs génotypés.
Quel est l’avantage fonctionnel des variants rares ?
Ils sont souvent situés dans des régions codantes, ce qui facilite l’interprétation fonctionnelle.
Pourquoi les variants rares peuvent-ils avoir de plus grands effets ?
La sélection naturelle empêche leur diffusion s’ils diminuent la fitness.
Quelle est la principale méthode pour identifier les variants rares ?
Le séquençage de l’exome ou du génome entier.
Quel est l’objectif du séquençage pan-exomique ?
Identifier toutes les variations dans les exons (~2 % du génome).
Qu’est-ce que le projet 1000 Genomes a permis ?
La création d’un répertoire de variants rares dans plusieurs populations.
Pourquoi faut-il regrouper les variants rares dans les analyses statistiques ?
Parce qu’individuellement, ils sont trop rares pour avoir une puissance statistique suffisante.
Qu’est-ce que l’approche utilisée dans l’étude d’ABCA1 ?
Comparer la présence de variants rares chez des individus aux extrêmes d’un trait (HDL).
Qu’est-ce que PCSK9 ?
Un gène impliqué dans la dégradation du récepteur LDL, important pour le cholestérol.
Que montre l’étude de Cohen sur PCSK9 ?
Les porteurs de mutations rares dans PCSK9 ont moins de LDL-C et moins d’événements cardiovasculaires.
Qu’est-ce que le spectre allélique d’un gène ?
L’ensemble des mutations privées, variants rares et polymorphismes communs dans un gène.
Pourquoi les variants rares sont-ils souvent spécifiques à une population ?
Parce qu’ils sont récents dans l’évolution et ne se sont pas encore diffusés.
Comment tester le rôle fonctionnel d’un variant rare ?
Par des études de co-ségrégation, association ou analyses biochimiques.
Qu’est-ce qu’une mutation de novo ?
Une mutation présente chez l’enfant mais absente chez les deux parents.
Comment identifie-t-on une mutation de novo ?
En séquençant des trios (père, mère, enfant).
Quel facteur augmente le nombre de mutations de novo ?
L’âge du père à la conception.
Quel est le taux moyen des mutations de novo SNV ?
Environ 1,2 x 10⁻⁸ par base par génération.
Pourquoi les mutations de novo sont importantes pour les maladies rares ?
Parce qu’elles peuvent être la seule cause génétique d’un syndrome sporadique.
Qu’est-ce que le syndrome Proteus ?
Une maladie causée par une mutation somatique de novo dans AKT1, avec mosaïcisme.
Quelles maladies neuropsychiatriques sont associées aux mutations de novo ?
Spectre autistique, schizophrénie, déficience intellectuelle.
Pourquoi ces maladies posent-elles un paradoxe évolutif ?
Parce qu’elles sont fréquentes malgré une faible fécondité, suggérant un apport constant de nouvelles mutations.
Que signifie le fait que des gènes soient mutés de façon récurrente ?
Qu’ils sont souvent retrouvés avec des mutations de novo chez plusieurs individus malades.
Qu’est-ce que l’interaction protéine-protéine observée chez les gènes mutés dans l’autisme suggère ?
Que ces gènes sont fonctionnellement liés et impliqués dans les mêmes voies biologiques.
