Cours 12 : Synthèse protéique Flashcards
Vrai ou faux : le code génétique classique est utilisé par tous les organismes (à part quelques exceptions)
Vrai
Qu’est ce qu’un codon
3 lettres associées à des triades nucléotiques d’ARNm (ou ADN d’un gène)
Dans quel sens sont traduits les codons
Un à la suite de l’autre dans le sens 5’–>3’
Combien de codons existe-t-il
64 codons (61 qui codent des AA et 3 qui donnent un signal STOP)
Vrai ou faux : le code génétique est dépourvu d’ambiguïté
Vrai, tout codon ne prescrit qu’une seule espèce d’AA
Vrai ou faux : le code génétique est dégénéré
Vrai, Plusieurs codons pour un AA (codons synonymes)
Quel est l’avantage des codons synonymes
Atténuer l’effet des mutation
Quels sont les codons de terminaison
UAA
UGA
UAG
Qu’est ce que le cadre de lecture
Le point de départ potentiel d’une suite de codon
Combien y a-t-il de cadre de lecture possible
3
Qu’est ce qu’une mutation génétique silencieuse
Ne change pas l’AA dans la protéine
Qu’est ce qu’une mutation faux sens
Change l’AA dans la protéine (effet important)
Qu’est ce qu’une mutation non-sens
Un AA devient un STOP (accumulation de fragments de protéines)
Qu’est-ce qu’une mutation de continuation
STOP devient un AA (protéine a une extension = mauvais pour la cellule)
Qu’est ce que peut entraîner un décalage de lecture
Une mutation, une addition ou la perte d’un ou 2 nucléotides
Quel est le rôle des ARNt
Interprètes à la lecture du code génétique (médiatrice entre la séquence nucléotidique de l’ARNm et la séquence d’AA)
Combien doit-il y a voir, au minimum, d’ARNt
20 différents (1 pour chaque AA)
Forme 2D des ARNt
feuille de trèfle avec tige
Que forme les bases de l’extrémité 3’ et 5’ de l’ARNt
La tige acceptrice
Qu’est ce qu’un anti-codon
séquence de 3 bases qui se fixe de façon complémentaire au codon de l’ARNm
Que comporte le lobe t-psy-c de l’ARNt
Thymidine
Pseudo-uridine
cytidine
Que comporte le lobe D de l’ARNt
résidus dihydro-uridine
Comment se fait l’appariement codons-anticodons
De type Watson-Crick (A-U et G-C)
Brins anti-parallèles dans les zones bicaténaires
Qu’est-ce que l’appariement de Wobble (codons-anticodons)
Appariement à choix multiple où la position 5’ de l’anticodon possède une flexibilité de conformation
Comment est appelée la position 5’ de l’anticodon
Position de flottement
Comment se nomme la molécule désaminée d’adénine en position 5’ de l’anticodon
Une inosine
Avec quelle molécule l’inosine peut partager des liaisons hydrogènes
Adénine
Cytosine
Uridine
Qu’est-ce qu’un ARNt isoaccepteur
Diverses molécules d’ARNt qui portent tous le même AA
Quel est le produit de la réaction de liaison par covalence d’un AA à l’extrémité 3’ d’un ARNt
Une réaction d’aminoacylation nommé aminoacyl-ARNt (ARNt activées ou chargées)
Vrai ou faux : la liaison formée dans l’aminoacyl-ARNt est riche en énergie
Vrai, on dit alors que l’AA est activé
Quelle sont les enzymes qui catalysent la réaction d’aminoacylation entre l’ARNt et l’AA
aminoacyl-ARNt synthétases
Combien de sorte d’aminoacyl-ARNt synthétase
Au moins 20 (1 synthétase peut reconnaître plusieurs ARNt isoaccepteurs)
Réaction globale de synthèse d’aminoacyl-ARNt
AA + ARNt + ATP –> Aminoacyl-ARNt + AMP + PPi
2 étapes de la synthèse d’aminoacyl-ARNt
- Formation d’un intermédiaire réactionnel (aminoacyl-adénylate)
- Transfert du groupe aminoacyle de l’intermédiaire à l’ARNt
Vrai ou faux : Les ribosomes sont des ribonucléoprotéines
Vrai, ils sont fait 2/3 d’ARN et 1/3 de protéines
Ribosomes des procaryotes vs eucaryotes
Procaryote : 50S + 30S = 70S
Eucaryotes : 60S + 40S (unité Svedberg) = 80S
Que fait le site de fixation P (peptidyle) du ribosome
Contient une molécule d’aminoacyl-ARNt qui porte la chaîne polypeptidique naissante
Que fait le site de fixation A (aminoacyl) du ribosome
Contient l’autre molécule d’aminoacyl-ARNt
Quelle est la matrice de la synthèse protéique
ARNm
3 étapes de la synthèse protéique
- Initiation (assemblage du complexe de traduction autour du 1er codon de l’ARNm)
- Allongement/élongation
- Terminaison
Qu’est ce qui est obligatoire pour le démarrage de la synthèse protéique
L’assemblage d’un complexe d’initiation au départ du cadre de lecture
Que comprend le complexe d’initiation du ribosome
les 2 éléments du ribosome
ARNm servant de matrice à la traduction
ARNt initiateur particulier
Protéines auxiliaires (facteurs initiations)
Quel est le rôle de la formation d’initiation
Imposer le bon codon d’initiation et le bon cadre de lecture soit choisis (avant que la traduction ne démarre)
2 types de molécules de méthionyl-ARNtMét qui reconnaissent le codon AUG
- ARNt initiateur : reconnait seulement le codon AUG
- ARNt initiateur qui reconnait les codons AUG (méthionine) à l’intérieur de la séquence codante
Vrai ou faux : chez les eucaryotes, l’ARNt initiateur est formylé
Faux, seulement les ARNt initiateurs des bactéries (ARNtfMet)
Comment se nomme l’ARNtinitiateur non-formylé chez les eucaryotes
Met-ARNtiMet
Quel est le premier AA incorporé en tête des protéines chez les bactéries vs eucaryotes
Bactérie : formylméthionine
Eucaryotes : méthionine
3 étapes de l’initiation de la traduction chez les procayotes
- Dissociation des s-unités ribosomales (avec facteurs 1 et 3)
- Assemblage du complexe d’initiation 30S (fMetARNtfMet + IF-2 + GTP)
- La s-unité 50S s’associe (ribosome prêt à se fixer à un 2e ARNt)
Quels sont les rôles de IF-1, IF2, et IF3 (facteurs d’initiation traduction protéique; procaryotes)
IF-1 : Dissociation de la grande et de la petite s-unité
IF-2 : Protéine de liaison au GTP, lie le f-MetARNtMet initiateur et aide sa fixation à la petite s-unité
IF-3 : fixe l’ARNm sur le ribosome et empêche l’association des 2 s-unités du ribosome
De quoi dépend le choix du codon d’initiation chez les procaryotes (2)
- Interaction codon-anticodon
- Interaction petite s-unité ribosomale-matrice ARNm
À quel endroit sur l’ARNm s’attache la sous-unité 30S du ribosome
À une région riche en purines, placée en amont du codon initiateur de l’ARNm
Comment est appelée la région riche en purine en amont du codon initiateur à laquelle se lie la sous-unité 30S
Séquence Shine-Dalgarno
Vrai ou faux : la séquence Shine-Dalgarno est complémentaire d’un segment riche en purines du bout 3’ de la molécule d’ARNr 16S
Faux, elle est complémentaire à une séquence riche en pyrimidines
Vrai ou faux : l’ARNm des eucaryotes contient des séquences de Shine-Delgarno
Faux, l’ARNm en est dépourvu
Qu’est ce que le balayage (initiation de la traduction ; eucaryotes)
La s-unité 40S se fixe à l’extrémité 5’ et parcourt l’ARNm de 5’ en 3’ jusqu’à ce qu’elle rencontre le codon initiateur
Qu’est ce que la séquence Kozak
La séquence consensus qui désigne le bon codon d’initiation (ACCAUGG)
4 étapes le l’initiation de la traduction protéique chez les eucaryotes
- Dissociation des 2 s-unités du ribosome
- Assemblage du complexe ternaire avec 40 S (MetARNtMet + IF2 + GTP)
- Recrutement de 40 S (attachement à la coiffe) + balayage
- Association 60S-40S
Combien de facteurs d’initiation sont désignés par le sigle eIF
12
Rôle eIF2 (initiation traduction; eucaryotes)
Liaison au GTP, lie MetARNtMet initiateur et aide sa fixation à 40S
3 sous unités de eIF4F + rôles
eIF4E : reconnait la coiffe
eIF4G : pont entre protéine et 40S
eIF4A : Balayage (reconnait codon d’initiation)
microcycle de 3 étapes pour allonger la chaîne d’AA lors de la traduction
- Mise ne place correcte de l’aminoacyl-ARNt au site A
- Formation de la liaison peptidique (entre AA du site A et P)
- Translocation (avancerment du ribosome d’un codon sur l’ARNm)
Chez les bactéries, quel facteur catalyse l’étape de la mise en place (1) du microcycle d’allongement (traduction protéique)
Facteur d’élongation EF-Tu (a un site de fixation pour le GTP)
Rôle du complexe EF-Tu-GTP (traduction protéique)
Reconnaît des propriétés communes à la structure tertiaire des molécules d’ARNt et se fixe fermement à toutes les molécules d’aminoacyl-ARNt (sauf fMet)
Qu’arrive-t-il quand les bases de l’anticodon de l’aminoacyl-ARNt d’un complexe ternaire sont correctement appariées au codon du site A
Hydrolyse du GTP en GDP +Pi et changement de conformation de EF-Tu-GDP
Quelle conséquence a l’hydrolyse du GTP en GDP lors de l’association codon-anticodon au site A
EF-Tu-GDP abandonne l’aminoacyl-ARNt et quitte le complexe d’élongation
Que fait EF-Ts et quel est son équivalent chez les eucaryotes (et EF-Tu)
EF-ts = EF1B : aide EF-Tu à échanger GDP pour GTP
EF-Tu = EF1A
Vrai ou faux : il est possible de former une liaison peptidique avant l’hydrolyse du GTP par EF-Tu
Faux (mécanisme de limitation d’erreurs)
Enzyme responsable de la formation du lien peptidique dans la traduction protéique
Peptidyl transférase (dans la grande s-unité du ribosome)
Dans quel sens se fait la synthèse protéique et dans quel sens se déplace le ribosome
Synthèse : Du N-terminal au C-terminal
Ribosome : 5’ vers 3’
Qui catalyse la translocation une fois la liaison peptidique formée (traduction protéique)
EF-G
Quelle est la conséquence du glissement du ribosome d’un codon
Il fait passer le peptidyl-ARNt du site A au site P
Vrai ou faux : La translocation lors de la traduction protéique requiert l’hydrolyse d’un GTP
Vrai
Que se passe-t-il au site E du ribosome
L’ARNt déchargé y arrive en provenance du site P pour ensuite être libéré
Quel est l’énergie requise pour la formation d’une liaison peptidique
4 ATP
- 2 ATP (aminoacyl-ARNt)
- 2 GTP (Facteur Tu + translocation)
Que permet l’hydrolyse du GTP pendant l’élongation (traduction protéique)
Assure l’irréversibilité des réactions d’élongation
3 facteurs de terminaison chez E. Coli + rôle (traduction protéique)
RF1 : Reconnait UAA et UAG
RF2 : Reconnait UAA et AGA
RF3 : lié à GTP et rend + efficace l’action de RF1 et RF2
Quand est-ce que se produit la terminaison
Lorsque qu’après une translocation, le site A du ribosome rencontre un codon d’arrêt (UGA, UAG, UAA)
Vrai ou faux : les codons de terminaison sont reconnus par un ARNt
Faux, ils sont reconnus par des facteurs de relargage
Qu’arrive-t-il lorsque RF3/GTP + RF1 ou RF2 se fixe à l’ARNm au site A
Modification de l’activité de la peptidyl-transférase : hydrolyse la liaison ester du peptidyl-ARNt
2 facteurs de relargage chez les eucaryotes + rôle
eRF1 : reconnait les 3 codons de terminaison
eRF3 : équivaut à RF3 (procaryotes)
