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BCM Laue > Cours 11 : Transcription + maturation ARN > Flashcards

Cours 11 : Transcription + maturation ARN Flashcards

1
Q

À l’aide de quelle enzyme la cellule peut-elle utiliser le lactose comme source d’énergie

A

La Bêta-galactosidase

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Q

En quoi la bêta-galactosidase convertit-elle le lactose

A

En glucose et en galactose
Allolactose (isomérisation : 50%)

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Q

Que veut-on dire par : la bêta galactosidase est inductible

A

Seulement présente en grande quantité en présence de lactose

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4
Q

Que se passe-t-il lorsque le répresseur Lac est attaché à l’opérateur

A

Impossible de faire la transcription de l’opéron de l’enzyme bêta galactosidase

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Q

Que se passe-t-il lorsque l’allolactose se fixe sur le répresseur Lac

A

Entraîne la dissociation du répresseur, ce qui permet à l’ARN polymérase de commencer à transcrire l’opéron

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6
Q

Mécanisme d’action du répresseur Lac

A

Se fixe simultanément sur 2 sites voisins du promoteur (O1 et O2) en induisant la formation d’une boucle dans l’ADN

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7
Q

Vrai ou Faux : La fixation du répresseur Lac empêche l’ADN polymérase de s’attacher au promoteur

A

Faux, elle s’y lie, mais le Lac empêche l’enzyme de démarrer la transcription

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8
Q

En absence d’AMPc, CRP a-t-elle une forte ou une faible affinité pour l’ADN

A

Faible
En présence d’AMPc, CRP se fixe à l’ADN

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9
Q

Qu’induit la liaison de CRP à l’ADN

A

L’accélération de l’initiation de la transcription par ARN polymérase
(catabolyte activator protein)

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10
Q

Quel composé inhibe la formation de l’AMPc

A

Le glucose

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11
Q

Qu’arrive-t-il à la transcription de l’opéron Lac quand :
1. Présence glucose + lactose
2. Absence glucose et lactose
3. Absence glucose, présence lactose

A
  1. Pas beaucoup de transcription
  2. Pas de transcription
  3. Beaucoup de transcription
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12
Q

À quoi servent les activateurs lors de la transcription

A

Accélérer la transcription à partir de promoteur peu puissants

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13
Q

Que font les répresseurs lors de la transcription

A

Freiner la transcription

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14
Q

2 façons utilisés par les répresseurs pour freiner la transcription

A
  1. Empêcher l’ARN polymérase d’atteindre le promoteur (encombrement)
  2. Inhibation de la réaction d’initiation (isomérisation) ou empêche l’enzyme de quitter le promoteur
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15
Q

Que possèdent les facteurs de transcription (FT) chez l’humain (2)

A
  1. Un ou plusieurs domaines de fixation à l’ADN qui se fixe à une séquence spécifique régulatrice de l’ADN
  2. Un domaine qui module la transcription
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16
Q

Qu’est ce que les facteurs de transcriptions constitutifs

A

Facteurs qui sont toujours nécessaires dans la cellule

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17
Q

Qu’est ce que les éléments de réponse

A

Site de fixation initial des FT (séquences consensus)

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18
Q

Que font les éléments de réponses

A

Ils recrutent des médiateurs, les facteurs généraux et l’ARN polymérase

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19
Q

Vrai ou faux : chaque facteur de transcription régule l’expression d’un seul gène

A

Faux, il régule l’expression de milliers de gènes

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20
Q

Où sont situés les éléments de réponses par rapport au promoteur

A

En amont

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21
Q

Vrai ou faux : les facteurs de transcription peuvent réprimer des gênes

A

Vrai

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22
Q

Par quoi sont régulés les FT

A

Modifications post-traductionnelles
Liaisons d’hormones
Autres FT

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23
Q

Vrai ou faux : chaque type cellulaire est régulé par une ou une combinaison spécifique des FT

A

Vrai

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24
Q

FT fibroblaste en cellule musculaire

A

MyoD

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25
Q

FT régulateur d’érythrocytes

A

GATA1

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26
Q

FT fibroblaste en cellules souches

A

Oct4
Sox2
Klf4
Myc

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27
Q

TF Bcells en macrophage

A

C/EBP alpha

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28
Q

TF Bcells en Tcells

A

Pax5
ablation

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29
Q

TF cellules exocrine en cellules bêta

A

Pdx1
Ngn3
MafA

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30
Q

À quoi contribue les protéines de domaine homéodomaine

A

Établissement de motifs spaciaux le long de l’axe corporel (identité des structures corporelles)

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31
Q

Propriétés des amplificateurs (4)

A
  1. Plusieurs centaine de bps
  2. Plusieurs éléments de réponse
  3. Lient plusieurs FT
  4. Liaison coopérative
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32
Q

Qu’est ce qu’un coactivateur

A

Aide à enlever l’effet répresseur des histones (modifie les histones)

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33
Q

Qu’est ce qu’un corépresseur

A

Oppose l’action de coactivateurs, ferme la chromatine ce qui empêche la transcription

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34
Q

Vrai ou faux : l’ARN acquière sa structure finale dès qu’ils sont libérés du complexe transcripteur

A

Faux, leur structure finale et leurs fonctions biologiques qu’après avoir subi de profonds remaniements

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35
Q

3 types de remaniement des transcrits primaires de l’ARN

A
  1. Soustraction de nucléotides aux transcrits primaires d’ARN
  2. Addition de séquences nucléotiques non-codées par le gène correspondant
  3. Modification covalente de certaines bases
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36
Q

Comment se nomme l’ensemble des modifications qui transforment les transcrits primaires d’ARN en molécules matures

A

Maturation de l’ARN

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37
Q

Vrai ou faux : chez les procaryote, le transcrit primaire d’ARNm est traduit tel quel

A

Vrai, la traduction démarre avant même que la transcription soit terminé

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38
Q

Où se passe la traduction et où se passe la transcription de l’ARN chez les eucaryotes

A

Transcription : Dans le noyau
Traduction : Dans le cytoplasme

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39
Q

Que permet le fait que la traduction et la transcription de l’ARN ne soit pas fait au même endroit chez les eucaryotes

A

Les précurseurs d’ARNm sont remaniés dans le noyau, sans interférer avec le processus de traduction

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40
Q

Quelle est la porte de sortie des ARNm chez les eucaryotes

A

Le pore nucléaire

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41
Q

Modification de l’extrémité 5’ de l’ARN messager (3)

A
  1. Élimination du groupe phosphate terminal (phosphohydrolase)
  2. Groupe 5’-diphosphate réagit avec GTP = liaison 5’-5’-triphosphate (coiffe) (guanylyltransférase)
  3. Coiffe modifiée par méthylationde la nouvelle guanine (méthyltransférase) Possible groupes hydroxyles-2’ 2 premier nucléotides
42
Q

Rôle de la coiffe (3)

A
  1. Protège la molécule d’ARNm de l’action des 5’ exonucléases
  2. Transforme ARNm en subtrat pour des enzymes nucléaires de maturation
  3. Ancrage des ribosomes (synthèse protéique
43
Q

Où sont associées les enzymes qui catalysent la formation de la coiffe

A

À la queue C-terminale de l’ARN polymérase II

44
Q

Modification de l’extrémité 3’ de l’ARNm

A
  1. Addition d’une série d’adénosine à l’aide d’ATP (PolyA polymérase)
45
Q

À quel moment l’ARN naissant est-il scindé

A

Dès que l’ARN polymérase II a transcrit la séquence consensus du signal de polyadénylation (AAUAAA)

46
Q

À quel endroit se produit la coupure de l’ADN naissant

A

À distance d’environ 10-20 nucléotides en aval du signal poly A

47
Q

Comment se nomme les 250 nucléotides qui constitue l’appendice de polyadénylate

A

Queue polyA

48
Q

Quelle enzyme dégrade l’ARN naissante après clivage

A

Une exonucléase (Rat1) 5’-3’

49
Q

Quand est-ce que la transcription de l’ARN se termine

A

lorsque Rat1 fait une collision avec l’ARN polymérase II

50
Q

Vrai ou faux : les queues poly-A d’ARNm précurseurs et d’ARN matures s’associent fermement à un protéine de 78kDa (PABP)

A

Vrai

51
Q

Quel est le rôle du complexe ARN-PABP

A

Stabilise l’ARNm en le protégeant d’une dégradation à partir de 3’

52
Q

Qu’est-ce qu’un intron

A

Séquence intercalaire excisée du transit primaire d’ARN (absente de la molécule mature)

53
Q

Qu’est ce qu’un exon

A

Séquence présente à la fois dans le transcrit primaire d’ARN et dans la molécule mature d’ARN

54
Q

Qu’est ce que les sites d’épissage

A

Séquences consensus se trouvant aux extrémités 5’ et 3’ des introns

55
Q

2 étapes du processus d’épissage

A
  1. 2’ OH sur l’adénosine de l’intron attaque la liaison phosphodiester à l’extrémité 5’ de l’intron, ce qui forme un lasso e libérant l’extrémité 3’ de l’exon
  2. le 3’OH libre de l’exon attaque le 5’ phosphate du 2e exon, ce qui forme une liaison phosphodiester entre les 2 exons
56
Q

Qui s’occupe de l’épissage

A

Les spliceosomes

57
Q

De quoi sont formés les spliceosomes

A

5 molécules d’ARN (snARN : petits ARN nucléaires)

58
Q

Vrai ou faux : les spliceosomes ont besoin d’ATP pour fonctionner

A

Vrai, pour permettre le changement de conformation

59
Q

À quoi sont spécifiques les produits d’épissage alternatif

A

Aux tissus spécialisés

60
Q

Rôle ARN polymérase I

A

Synthèse de l’ARN ribosomique

61
Q

Initiation de la transcription avec ARN polymérase I (2 étapes)

A
  1. UBF (facteur de transcription) s’attache à UCE (élément de commande)
  2. SL1 (contient TATA binding protein) lie le complexe UBF-ADN
62
Q

Rôle ARN polymérase III

A

Synthèse de l’ARNt et l’ARNr 5S

63
Q

Initiation de la transcription avec ARN polymérase III

A
  1. TFIIIC lie les boîtes A et B (commande transcription gènes ARNt) du promoteur
  2. TFIIIB arrive et recrute l’ARN pol. III
64
Q

Caractéristiques snARN

A
  1. petits ARN contenant beaucoup de U
  2. Fortement appariés et modifiés et présents en grande qté dans noyau
  3. Font partie des spliceosomes
  4. Sm=site de liaison aux protéines
65
Q

Qu’est-ce qu’un ribozyme

A

ARN avec une activité catalytique
Peut s’autoépisser

66
Q

Qu’est-ce que l’interférence d’ARN

A

inhibition de l’expression des ARNm par des petits ARN interférents (siARN, miARN, pi ARN)

67
Q

Comment fonctionne l’interférence d’ARN (siARN, 3 étapes)

A
  1. Dicer catalyse la conversion de l’ARn double brin en siARN double brin
  2. RISC choisit un brin de l’ARN double brin comme guide
  3. RISC a une activité de coupure de l’ARN cible
68
Q

Différence entre interférence avec siARN et miARN

A

RISC en coupe pas les cibles, mais inhibe leur traduction

69
Q

2 options d’attaque du miARN

A
  1. Attaquer le gène le plus important
  2. Attaquer une panoplie de petits gènes
70
Q

Quelle technologie aurait modifié le gène CCR5 rendant des bébés résistants au VIH

A

CRISPR-Cas9

71
Q

Qu’est ce qu’un ARN codant et non-codant

A

Codant : porte l’information pour déterminer la séquence d’une protéine
Non-codant : ne code pas pour une protéine, leur fonction est accomplie par l’ARN

72
Q

Quel type d’ARN, en terme de masse et de molécule, est le plus abondant

A

Masse : L’ARNr
Molécule : ARNt

73
Q

Caractéristiques structure de l’ARN

A

Ribose (2’OH)
U au lieu de T
Ribopolynucléotides monocaténaires
Structure 3D variés
Régions appariés + courtes
Bases modifiées
Appariement bases intramoléculaires

74
Q

Quelle est l’utilité d’avoir des bases modifiées dans l’ARN

A

Augmenter la diversité structurale en
- Déterminant la liaison à des protéines ou d’autres ARN

75
Q

Qu’est ce que la transcription

A

Processus par lequel l’information dans l’ADn est communiquée à l’ARN (disponible synthèse protéines)

76
Q

Qu’est ce qu’un ARNt, ARNm et ARNr

A

ARNt : apporte les AA à la machinerie de traduction
ARNm : Séquence complémentaire à 1 des brins d’ADN qui est traduit en protéine par les ribosomes
ARNr : Occupe la + grande partie du ribosome

77
Q

Vrai ou faux : L’ARN nouvellement synthétisée est libéré seulement sous la forme simple brin

A

Faux, il y a une petite hélice ARN/ADN

78
Q

Combien de sous-unités compte l’ARN polymérase bactérienne

A

5

79
Q

Synthèse d’ARN (simplifiée, 3 étapes)

A
  1. 3’OH attaque le P-alpha d’un NTP
  2. Formation de la liaison phosphodiester
  3. Libération de PPi
80
Q

Qu’est ce qui est indispensable à la reconnaissance du promoteur chez les batéries

A

Élément sigma

81
Q

Chez les eucaryotes, qui fait la reconnaissance du promoteur

A

Les facteurs généraux de transcriptions

82
Q

Quels types de séquence lie sigma chez les bactéries

A

Séquences -35 et -10

83
Q

Pourquoi l’initiation de la transcription ne peut pas commencer avec l’ARN polymérase et ses facteurs accessoires qui lie le promoteur

A
  1. L’ADN est beaucoup plus abondant
  2. L’ADN est condensé dans la chromatine
84
Q

3 étapes de l’initiation de la transcription

A
  1. Remodelage de la chromatine
  2. Recrutement du médiateur
  3. Recrutement de l’ARN pol + facteurs généraux
85
Q

Que font les pionniers (initiation de la transcription)

A

reconnaissent leur site de liaison à l’ADN et recrutent des complexes de remodelage

86
Q

Que font les complexes de remodelage de la chromatine

A

Vont ouvrir la chromatine et exposer la région du promoteur

87
Q

Fonctionnement complexes de remodelage de la chromatine

A

Contiennent une ATPase (superfamille SNF2) et catalyse le glissement/déroulement de nucléosomes et l’éviction/échange des histones

88
Q

Comment peuvent être modifiés les queues N-terminales des histones contenant des lysines

A

Acétylation
Méthylation

89
Q

Que détermine le code des histones

A

La liaison des différents facteurs à la chromatine et sa conformation ouverte/fermée

90
Q

Quelle modification des histones servent à l’activation de la chromatine et à la répression des gênes

A

Activation : Méthylation lysine 4 (H3), acétylation lysines 9 (H3) et 16 (H4)
Répression : Méthylation lysines 9 et 27 (H3)

91
Q

Quelle enzyme font l’acétylation des histones, et enlève le groupe acétyl

A

Acétylation : histone acétyltransférase
Enlève : Histone désacétylases

92
Q

Que recrute le médiateur

A

Facteurs généraux
ARN polymérase
(contact avec facteurs de transcription, chromatine modifiée)

93
Q

Quel facteur général est similaire au facteur sigma bactérien

A

TFIIB

94
Q

Quelle est la sous unité de TFIID lie le TATA box

A

TBP

95
Q

TAF1 (protéine de TFIID) a plusieurs motifs qui lui permettent de :

A
  1. Lier TBP
  2. Activité HAT
  3. Bromodomaine (lier lysine acétylées)
  4. Activité kinase
  5. Activité monoubiquitine ligase de l’histone H1
96
Q

Utilité TFIIH lors de l’initiation

A
  1. possède des hélicases qui déroulent l’ADN et forment la bulle de transcription
  2. Activité kinase sur la sérine 5 du domaine C terminal génère la forme active de l’ARN pol. II
97
Q

Qu’est ce qui permet le changement de l’ARN po. II du mode d’initiation au mode d’élongation

A

Phosphorylation du CTD en sérine 2 par la kinase CDK9

98
Q

Quelle partie de l’ARn pol. II sépare l’hybride ARN-ADN

A

Le gouvernail

99
Q

Que se passe-t-il lorsque l’ARN pol. II commet une erreur

A
  1. ARN mésapparié ressort du site actif à travers le canal par lequel rentrent les ribonucléotides
  2. TFIIS stimule l’ARN polymérase à raboter l’ARN
  3. La transcription reprend à l’extrémité 3’ de l’ARN tronqué
100
Q

Est-ce que les nucléosomes se détache de l’ADN pour permettre sa transcription

A

Non, l’ARN polymérase fait le tour

101
Q

2 types de mécanisme pour la terminaison de la transcription

A
  1. Séquence d’ADN rend le complexe d’élongation instable après la transcription (boucle)
  2. Protéine qui favorise la dislocation du complexe d’élongation (Rho-dépendante)
102
Q

Que lie la protéine Rho (terminaison transcription)

A

Lie les séquences libres de ribosomes dans l’ARNm (riches en C, pauvres en G, pas de structures secondaires)

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