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BCM Laue > Cours 10 : ADN > Flashcards

Cours 10 : ADN Flashcards

1
Q

Acides nucléiques dans l’ADN

A

Adénine
Thymine
Guanine
Cytosine

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Q

Acides nucléiques dans l’ARN

A

Adénine
Uracil
Guanine
Cytosine

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Q

De quoi sont composés les nucléotides

A

Nucléoside + PO4(2-)

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4
Q

De quoi sont composés les nucléosides

A

Baze azotée + Pentose

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5
Q

Liaison entre Pentose et Baze azotée

A

Liaison glycosidique

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6
Q

Liaison entre Pentose et phosphate

A

Liaison phosphoester

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7
Q

Nommez les purines

A

Adenine
Guanine

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8
Q

Nommez les pyrimidines

A

Uracil
Thymine
Cytosine

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9
Q

Différence entre acide ribonucléique et acide désoxyribonucléique

A

Présence (Ribo) ou abscence (Désoxy) du groupe hydroxyle sur le carbone C2’

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10
Q

Qu’est ce qu’une liaison osidique

A

Liaison covalente entre le groupement hydroxyle du carbone anomère d’un ose et le groupement acide d’une autre molécule

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11
Q

Que produit la formation d’une liaison osidique

A

De l’eau

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12
Q

Liaison entre le 2e et le 3e phosphate des nucléotides

A

Liaison phosphoanhydre (riche en énergie)

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13
Q

Principale fonction des nucléotides (2)

A
  1. Transfert d’un groupe phosphate (P) ou diphosphate (PP) à différents substrats
  2. Transfert d’un groupe «Adénilyl, guanidilyl, etc.»
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14
Q

Sens de nomenclature des chaînes de nucléotides

A

De l’extrémité 5’-3’

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15
Q

Combien de charge négative à l’extrémité 5’

A

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16
Q

liaison entre les nucléotides

A

3’-5’ phosphodiester

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17
Q

Structure de l’ADN (2 éléments)

A

2 brins antiparallèles appariés
Squelette sucre-phosphate

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18
Q

Règle de Chargaff

A
  1. Ration purine/pyrimidine = 1
  2. A=T, G=C, donc A+G=T+C
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19
Q

Combien de liens entre A et U (ou A et T)

A

2

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20
Q

Combien de liens entre G et C

A

3

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21
Q

Caractéristiques de la double hélice d’ADN (ADN-B) (5)

A
  1. Bases empilées dans le plan perpendiculaire à la page (escalier en spirale)
  2. Sucre-P-Sucre hydrophile sur les bords de l’hélice
  3. Centre de l’hélice hydrophobe
  4. Hélice droite
  5. Sillon majeur et mineur
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22
Q

Caractéristiques ADN déshydratée (ADN-A) (3)

A
  1. Hélice droite
  2. Sillons égaux
  3. Plus compacte (moins espace entre les bases)
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23
Q

Caractéristiques ADN-Z (3)

A
  1. Hélice gauche
  2. Pas de sillon
  3. Riche en G et C
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24
Q

Forces qui stabilisent l’ADN-B (4)

A
  1. Effet hydrophobe (paires de bases)
  2. Forces de Van der Waals (empilement bases)
  3. Pont H (AT vs GC)
  4. Ponts salins (gr phosphodiesters négatif et cations Mg+)
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25
Q

Qu’est ce que la température de fusion Tm

A

Température de détachement des brins (50% est en simple brin)

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26
Q

1er niveau d’enroulement de l’ADN

A

Nucléosome

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27
Q

Qu’est ce que les histones

A

5 protéines basiques octamériques autour desquels s’enroule l’ADN

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28
Q

Quel est le facteur de condensation du nucléosome

A

10X

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29
Q

Qu’arrive-t-il à la chromatine en milieu de faible force ionique

A

Décondensation et formation d’un «collier de perles»

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30
Q

Quel est le 2e niveau de condensation de l’ADN

A

La chromatine (solénoïde)

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31
Q

Quel est le rôle de l’histone H1

A

Stabiliser la chromatine

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32
Q

Facteur de condensation de la chromatine

A

4X

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33
Q

lorsque la chromatine forme des boucles, sur quoi s’accrochent-elles

A

une charpente de protéines non-histones

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34
Q

Quelle est le facteur d’enroulement des boucles en mini-bandes

A

200X

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35
Q

Quel est le facteur de condensation total de l’ADN

A

8000X

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36
Q

Quelle est la structure du chromosome

A

Empilement de mini-bandes stabilisées par des complexes de protéines et d’ARN

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37
Q

Combien de chromosome chez l’humain

A

23 paires (donc 46 molécules d’ADN double brin)

38
Q

Qu’est ce qui est nécessaire dans la division cellulaire

A

Une copie intacte et parfaite du génome

39
Q

Dogme central de la biologie moléculaire

A

Réplication-Transcription-Traduction

40
Q

2 fonctions de l’ADN

A
  1. Stabilité de l’information (transmission fidèle)
  2. Transmission de l’information
41
Q

Pourquoi la structure de l’ADN est favorable à jouer le rôle de gardien de l’info génétique

A
  1. Réplication est fidèle
  2. Mécanismes de réparation efficaces
  3. Transfert de l’information à l’ARN
42
Q

3 possibilité pour la réplication de l’ADN

A
  1. Semi-conservative
  2. Conservative
  3. Dispersive
43
Q

De quelle façon se réplique l’ADN

A

Semi-conservative
2 brins se détordent et chaque brin sert de matrice pour la formation d’un nouveau brin complémentaire

44
Q

Comment a-t-on découvert que la réplication d’ADN était semi-conservative

A

Fait pousser des E. Coli en présence de N15 (biomolécules faites de N15), puis on les transfert dans un environnement riche en N14
1 brin N15 et 1 brin N14

45
Q

Par quelle enzyme la polymérisation de nucléotides est-elle catalysée

A

ADN polymérase

46
Q

Sens de la polymérisation des nucléotides

A

5’ vers 3’

47
Q

Qu’est ce qui est nécessaire pour débuter la polymérisation de nucléotides

A

Une amorce d’ARN

48
Q

Enzyme séparant les 2 brins matrices d’ADN

A

Hélicases

49
Q

Point de départ du déroulement chez E. Coli et les eucaryotes

A

Origine de réplication (riche en AT)

50
Q

Origine de réplication des procaryotes

A

OriC : déclenche le déroulement de l’ADN par les hélicases

51
Q

Origine de réplication chez les eucaryotes

A

Levure : similaire aux séquences des procaryotes
Eucaryotes supérieurs : Variable, dépend de la structure de la chromatine (régions dépourvus de nucléosomes)

52
Q

Qu’est-ce que l’ORC

A

Complexe de reconnaissance de l’origine de réplication
S’associe à des protéines pour recruter hélicases

53
Q

Eucaryote ou E. Coli : une seule origine de réplication qui progresse dans les 2 sens

A

E. Coli

54
Q

Eucaryote ou E. Coli : plusieurs origines de réplication qui progressent dans les 2 sens

A

Eucaryotes

55
Q

Enzyme qui relâche le surenroulement de l’ADN

A

Topoisomérase

56
Q

3 étapes pour relâcher le surenroulement de l’ADN

A
  1. Coupure
  2. Désenroulement
  3. Réparation
57
Q

Comment s’Appelle la machinerie protéique capable de répliquer le génome chez les procaryote

A

Réplicateur (ou réplisome)

58
Q

Qu’arrive-t-il quand les 2 fourches de réplication se rencontrent chez les procaryotes

A

Les 2 chromosomes se séparent

59
Q

Enzyme qui ajoute l’amorce d’ARN pour la synthèse du brin avancé

A

Primase

60
Q

3 avantages de l’utilisation d’amorce d’ARN

A
  1. Ajouté sans contrôle-qualité
  2. ARN va être facilement reconnu puis dégradé
  3. Conservation de l’ADN seulement
61
Q

Rôle ADN polymérase I (chez E. Coli)

A

Répare ADN et prend part à la synthèse de l’un des brins au cours de la réplication

62
Q

Rôle ADN polymérase II (chez E. Coli)

A

Collabore à la réparation de l’ADN

63
Q

Rôle ADN polymérase III (chez E. Coli)

A

Composant-clef du réplicateur
Enzyme principale de la réplication de l’ADN
Assure l’élongation de la chaîne au cours de sa réplication

64
Q

Rôle ADN polymérase alpha et delta (eucaryotes)

A

Allongement de la réplication d’ADN

65
Q

Rôle ADN polymérase bêta (eucaryotes)

A

Enzyme de répartion dans le noyau

66
Q

Rôle ADN polymérase gamma (eucaryotes)

A

Réplication de l’ADN mitochondrial

67
Q

De quelle façon est synthétisé le brin retardé

A

Discontinue (petits fragments 5’-3’)
Dans le sens opposé au déplacement de la fourche

68
Q

Comment s’appelle les petits fragments synthétisés à partir du brin retardé

A

Les fragments d’Okazaki

69
Q

Enzyme digérant les amorces d’ARN

A

Rnase H

70
Q

Enzyme liant les fragments d’Okazaki

A

ADN ligase

71
Q

2 domaine que possède la Rnase pour digérer les amorces d’ARN

A
  1. HBD (hybrid binding domain)
  2. Catalytique (H-domain)
72
Q

Qu’est ce que l’activité 3’-5’ exonucléase de l’ADN polymérase lui permet de faire

A

De reculer quand il y a une erreur pour enlever le nucléotide et reprendre la synthèse

73
Q

Quand est ce qu’on termine la réplication de l’ADN

A

E. Coli : au site de terminaison (protéine tus empêche la fourche de dépasser le site)
Eucaryote : Rencontre de 2 répliosomes provenant de 2 OR différentes

74
Q

Que fait-on avec les histones lors de la réplication de l’ADN (2)

A
  1. On les déplace pour décompacter l’ADN
  2. Synthèse concomitante d’histones
75
Q

2 raisons pourquoi l’ADN est la seule macromolécule réparable

A
  1. Lésions ans l’ADN menacent l’intégrité de l’organisme (même si très couteux énergétiquement)
  2. La cellule ne tire aucun avantage à réparer les autres macromolécules
76
Q

3 raisons pourquoi l’altération de l’ADN est inévitable

A
  1. ADN polymérase commet des erreurs
  2. Métabolisme cellulaire expose l’ADN aux effets dommageables des espèces réactives de l’oxygène
  3. Agents environnementaux (UV, agents chimiques, etc.) endommagent physiquement l’ADN
77
Q

Que provoque les rayons UV (à la thymine)

A

Dimérisation des thymines

78
Q

Pourquoi la réplication de l’ADN est impossible en présence de dimères de thymine

A

Les dimères distordent le brin matrice

79
Q

Réparation par photoréaction

A

Photolase se fixe sur l’ADN en face du dimère de thymine et la dimérisation s’inverse dès que l’enzyme est activée par la lumière

80
Q

Réaction par excision de bases (BER)

A

ADN glycosylases catalysent l’élimination des bases altérées (hydrolyse la liaison N-glycosidique)

81
Q

En milieux aqueux, que forme la désamination hydrolitique de la cytosine

A

De l’uracil

82
Q

Quelle enzyme peut réparer l’ADN (BER) en remplaçant l’uracil par la cytosine

A

L’uracil-ADN glycosylase

83
Q

Utilité de la réparation par excision de nucléotide (NER)

A

Réparation des dommages causés par la lumière UV et les radicaux libres

84
Q

Fonctionnement de la réparation par excision de nucléotide (NER)

A

Segment contenant le nucléotide endommagé + 30 de ses voisins est retiré. La lacune résultante est comblée par une ADN polymérase qui utilise le brin complémentaire intact comme matrice

85
Q

Qu’est ce que les radiations et les radicaux libres peuvent causer à l’ADN

A

Des cassures de la double hélice

86
Q

Fonctionnement de la réparation par jonction des extrémités non-homologues (NHEJ) (3 étapes)

A
  1. Ku reconnait les extrémités cassées et les aligne
  2. Ku recrute des endonucléases et des polymérases pour rogner jusqu’à 10 résidus
  3. ADN ligase, polymérase et nucléase termine la réparation
87
Q

Vrai ou faux : L’ADN réparer par jonction des extrémités non homologues (NHEJ) génère une molécule dont la séquence est identique à l’ADN originale

A

Faux, la séquence peut différée de celle de l’originale

88
Q

Vrai ou faux : La réparation de l’ADN par jonction des extrémités non homologues est propice aux erreurs

A

Vrai

89
Q

Qu’est ce qui est nécessaire dans la réparation par recombinaison homologue (HR)

A

Une autre molécule d’ADN double brin homologue

90
Q

Qu’est ce qui est nécessaire pour qu’un simple brin d’ADN puisse envahir un autre ADN homologue (réparation par recombinaison homologue)

A

Des protéines de recombinaison liant l’ADN simple brin (Rad51)

91
Q

Vrai ou faux : la réparation par recombinaison homologue est plus propice aux erreurs que la réparation par jonction des extrémités non homologues

A

Faux, elle est moins propice aux erreurs

92
Q

Quelle peut être la conséquence d’accumulation de mutations

A

Augmentation de la susceptibilité au cancer

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