Chap 9 Bis : Allosterie Et Dynamique Des Proteines Flashcards
1 etape cle de controle dans la glycolyse ?
F6P qui devient F1,6P par la PFK1 qui lie aussi l’ATP et le Mg2+
Quel type d’enzyme est PFK1
Allostérique concertée
Pour quel etat a une meilleure affinite PFK1 ?
L’etat R
dans la PFK bacterienne qui sont des inhibiteurs et activeurs ? Mol effectrices
Mg2+ et ADP = activateur
ATP et PEP = inhibiteur
dans la PFK eucaryote qui sont des inhibiteurs et activeurs ? Mol effectrices
F2,6P et AMP = activateur
ATP et citrate = inhibiteur
Pourquoi l’etat R est preferable ?
Stabilité grace a une arg dans site actif interagit avec substrat les phosphates du F6P
est ce que le mouvement glu et arg joue le role central dans l’inhibition allostérique par PEP ?
Nooonn
Qu’est ce qui fait le fonctionnement de l’enzyme ?
Structure + dynamique
A quoi servent les reseaux de résidus conserves dans les enzymes ?
Voie de transfert d’energie jusqu’au site actif
Qu’est ce qui permet un couplage énergétique entre le solvant externe et le site actif de l’enzyme ?
Une hiérarchie de fluctuations conformationnelles
Quand on change les conditions environnementales externes de l’enzyme il se passe quoi ?
Remodelage du paysage conformationnel
Est ce qu’une enzyme sans substrat aura a peu pret les memes changements conformationnels que lorsqu’elle catalyse ??
OUIIII pour en gros être toujours prete a recevoir un substrat
Les types de fluctuations d’une enzyme et leurs caractéristiques ?
Mouvements rapides : aleatoire depend de la chaleur
Fluctuations conformationnelles : necessite pas mal d’énergie, un peu lent pour passer des barrieres (ex changement de position d’une boucle)
Changement structurel :
Deplacement de l’équilibre thermoD
Correspond a la liaison de qqch ou libération de produit
Cest quoi les effets longue portee ?
En gros c’est l’allosterie : des regions loins du site actif qui influencent la fonction de l’enzyme
Qu’est ce qui aide a franchir la barriere d’activation chez les enzymes ?
Energie thermique disponible dans le solvant a la surface de la prot qui va aller au SA grace au reseaux conserves
Comment son détectés les reseaux de residus conserves ? (5)
Analyse coevolution des sequences
Bio info structural
Approches d’apprentissage automatique
Validation expérimentale
Analyse comparative
Comment se divise la hierarchie de mouvement de la proteine dans le reseaux conserve ?
1ere etape : convertir energie rapide de surface en moyenne de regions de boucle
2e etape : transfert de ça dans les conformations globales a grande echelle (repliement)
Est ce que l’energie transmise du solvant au site actif est dissipative ?
Nooonn
Quelle est la technique principale chez les macromol d’etude des fluctuations conformationnelles ?
L’analyse des modes normaux NMA
C’est quoi les modes normaux ?
Energie vibratoire qui peut etre transferee entierement par résonance
Les modes normaux pertinents sont ils robustes au changement de sequences ?
Oui
Est ce que tous les mouvements d’une enzyme permettent d’accélérer la catalyse ?
Noonn une majorité n’ont pas d’effet sur la réaction les conformations correctes sont «rares»
Comment s’appellent les fluctuations conformationnelles qui permettent l’interconversion entre des sous-états différents
Transition conformationnelles
Comment sont décrits les etats conformationnels avec de petites populations a plus haute energie ?
Etat conformationnel fonctionnellement pertinent
