Chap 9 Bis : Allosterie Et Dynamique Des Proteines

Question 1

1 etape cle de controle dans la glycolyse ?

Answer 1

F6P qui devient F1,6P par la PFK1 qui lie aussi l’ATP et le Mg2+

Question 2

Quel type d’enzyme est PFK1

Answer 2

Allostérique concertée

Question 3

Pour quel etat a une meilleure affinite PFK1 ?

Answer 3

L’etat R

Question 4

dans la PFK bacterienne qui sont des inhibiteurs et activeurs ? Mol effectrices

Answer 4

Mg2+ et ADP = activateur

ATP et PEP = inhibiteur

Question 5

dans la PFK eucaryote qui sont des inhibiteurs et activeurs ? Mol effectrices

Answer 5

F2,6P et AMP = activateur

ATP et citrate = inhibiteur

Question 6

Pourquoi l’etat R est preferable ?

Answer 6

Stabilité grace a une arg dans site actif interagit avec substrat les phosphates du F6P

Question 7

est ce que le mouvement glu et arg joue le role central dans l’inhibition allostérique par PEP ?

Answer 7

Nooonn

Question 8

Qu’est ce qui fait le fonctionnement de l’enzyme ?

Answer 8

Structure + dynamique

Question 9

A quoi servent les reseaux de résidus conserves dans les enzymes ?

Answer 9

Voie de transfert d’energie jusqu’au site actif

Question 10

Qu’est ce qui permet un couplage énergétique entre le solvant externe et le site actif de l’enzyme ?

Answer 10

Une hiérarchie de fluctuations conformationnelles

Question 11

Quand on change les conditions environnementales externes de l’enzyme il se passe quoi ?

Answer 11

Remodelage du paysage conformationnel

Question 12

Est ce qu’une enzyme sans substrat aura a peu pret les memes changements conformationnels que lorsqu’elle catalyse ??

Answer 12

OUIIII pour en gros être toujours prete a recevoir un substrat

Question 13

Les types de fluctuations d’une enzyme et leurs caractéristiques ?

Answer 13

Mouvements rapides : aleatoire depend de la chaleur

Fluctuations conformationnelles : necessite pas mal d’énergie, un peu lent pour passer des barrieres (ex changement de position d’une boucle)

Changement structurel :
Deplacement de l’équilibre thermoD
Correspond a la liaison de qqch ou libération de produit

Question 14

Cest quoi les effets longue portee ?

Answer 14

En gros c’est l’allosterie : des regions loins du site actif qui influencent la fonction de l’enzyme

Question 15

Qu’est ce qui aide a franchir la barriere d’activation chez les enzymes ?

Answer 15

Energie thermique disponible dans le solvant a la surface de la prot qui va aller au SA grace au reseaux conserves

Question 16

Comment son détectés les reseaux de residus conserves ? (5)

Answer 16

Analyse coevolution des sequences

Bio info structural

Approches d’apprentissage automatique

Validation expérimentale

Analyse comparative

Question 17

Comment se divise la hierarchie de mouvement de la proteine dans le reseaux conserve ?

Answer 17

1ere etape : convertir energie rapide de surface en moyenne de regions de boucle

2e etape : transfert de ça dans les conformations globales a grande echelle (repliement)

Question 18

Est ce que l’energie transmise du solvant au site actif est dissipative ?

Answer 18

Nooonn

Question 19

Quelle est la technique principale chez les macromol d’etude des fluctuations conformationnelles ?

Answer 19

L’analyse des modes normaux NMA

Question 20

C’est quoi les modes normaux ?

Answer 20

Energie vibratoire qui peut etre transferee entierement par résonance

Question 21

Les modes normaux pertinents sont ils robustes au changement de sequences ?

Answer 21

Oui

Question 22

Est ce que tous les mouvements d’une enzyme permettent d’accélérer la catalyse ?

Answer 22

Noonn une majorité n’ont pas d’effet sur la réaction les conformations correctes sont «rares»

Question 23

Comment s’appellent les fluctuations conformationnelles qui permettent l’interconversion entre des sous-états différents

Answer 23

Transition conformationnelles

Question 24

Comment sont décrits les etats conformationnels avec de petites populations a plus haute energie ?

Answer 24

Etat conformationnel fonctionnellement pertinent

Question 25

Est ce que les fluctuations conformationnels sont gardes dans le pli global s’il elles sont importantes pour la fonction ?

Answer 25

Oui absolument il y’a une conservation de la dynamique ou la catalyse

Question 26

Quels sont les caractéristiques communes des residus conserves ?

Answer 26

Residus avec longue chaînés latérales
Liaison H
Interaction hydrophobe au SAQ
On conserve les interactions, pas nécessairement la séquence en elle meme

Question 27

Est il possible d’augmenter la catalyse d’une enzyme ?

Answer 27

Oui si tu cibles les regions specifiques avec des mouvements specifiques et que tu y mets de l’energie c’est good