Chap 12 : Enzymologie In Vivo - Systèmes Organisés

Question 1

Qu’est ce qui est favorisé par de hautes concentrations en protéines rapprochées ?

Answer 1

Interactions sporadiques ou quinaires

Question 2

Quels types de complexes sont favorises par des interactions entre enzyme ?

Answer 2

Noncovalent multienzymatique
Ou
Multifonctionnel (eucaryote)

Question 3

Par quoi est favorisé ces types de complexes enzymatiques ?

Answer 3

Minimisation de la dilution des metabolites intermediaires et de leurs pertes par leurs interactions non specifiques

Question 4

FAS fongique fait quoi

Answer 4

communication allosterique complexe

Question 5

Est ce que la structure quinaire correspond a une tres faible stabilité thermodynamique ?

Answer 5

Oui avec un Kd> 1uM pour qu’elle soit sujette a des modif par forces cellulaires

Question 6

Que doit faire la cellule au niv des interactions proteines ?

Answer 6

Empecher les mauvaises et promouvoir les bonnes

Question 7

Est ce que le surpeuplement du cytosol peut modifier les propriétés des macromolécules ?

Answer 7

Oui

Question 8

Quel est l’avantage au fait que les macromolécules soient toutes mélangées dans la cellule

Answer 8

Les metabolites sont canalisés entre des enzymes séquentielles donc le produit d’une est le substrat de l’autre

Question 9

Comment appelle t on ces assemblages d’enzymes dans la cellule ?

Answer 9

Metabolons

Question 10

Un autre type d’assemblage d’enzymes ?

Answer 10

Assemblages d’enzymes consécutifs

Question 11

Qu’est ce qui favorise la canalisation des substrats ?

Answer 11

Association consécutive d’enzyme : metabolon

Question 12

Avantages d’un metabolon ?

Answer 12

Le metabolite s’equilibre pas avec le milieux aqueux global donc si le métabolite est toxique c’est benef

Favorise la regulation des flux au points de branchement du reseau metabolique car si métabolite canalise il peut pas etrebpris pas une enzyme concurrente

Question 13

Quelle est l’idee recue mais fausse sur la canalisation des substrats ?

Answer 13

Que cela accélère la cinetique de la réaction

Question 14

2 exceptions ou la canalisation de substrat peut augmenter la cinetique de réaction ?

Answer 14

Si kcat/km est grand

Si la concentration d’enzyme est tres faible

= limitation par la diffusion

Question 15

Rappelle les deux avantages des canaux de substrat ?

Answer 15

Regulation flux metabolique

Sequestration des intermédiaires toxiques

Question 16

Dans un complexe multi-enzymes stables, comment les intermédiaires enfermes communiquent ?

Answer 16

Diffusion diriges
Bras oscillant
Cofacteur

Question 17

Les deux couples d’ enzymes dont on a pu faire la modélisation ?

Answer 17

Malate deshydrogenase - citrate synthase

Citrate synthase - aconitase

Question 18

Ou sont disposes les charges positives dans un complexe de 2 enzymes a substrat negatif ?

Answer 18

Dans le sillon qui relie les sites actifs

Question 19

Que permet la rentention electrostatique ?

Answer 19

Que l’intermédiaire colle à la surface de l’enzyme reduise l’echange avec le milieu

Question 20

Y’a t il eu une coevolution de ces enzymes ?

Answer 20

Ouii pour avoir des caractéristiques complementaires

Question 21

C’est quoi les clusters ou microdomaines enzymatiques ?

Answer 21

Point de nucleation facilitant la formation des interactions specifiques entre les enzymes séquentielles

Comme y’a bco d’enzymes y’aura surement des canalisations de substrats qui vont se former et une augmentation de la catalyse

Question 22

Qu’est ce qui peut accélérer le flux métabolique ?

Answer 22

Interaction de proteine-proteine non specifique (metabolon enzymatique en grappe des clusters quoi)
Surtout pour les enzymes limitees par la reaction

Question 23

Qu’assure la canalisation du subsrat dans la glycolyse ? 2

Answer 23

Assez de pyruvate fourni si demande augmente

Évite la compétition des metabolites

Question 24

Est ce que les métabolons sont tjrs la ?

Answer 24

Non ce sont des assemblages biomoléculaires spatio-temporels

Question 25

Ou se situe le metabolon glycolitique ?

Answer 25

Bcp d’endroit de la cellule depend des conditions et du type cellulaire (ex filament actine)

Question 26

Est ce que l’ARN a un role dans le métabolon glycolityque ?

Answer 26

Oui mais on comprend pas bien
Il sert a l’échafaudage

Question 27

C’est quoi les condensats biomoléculaires ?

Answer 27

Separation de phase pour faire le compartimentage des composants de la cellules si y’a pas de mb

Question 28

Difference entre condensant et agregat ?

Answer 28

Condensat : dynamique et reversible

Agregat : pathologique et endommagé cible pour etre detruit

Question 29

Avantage de separation de phase liquide - liquide ? 3

Answer 29

Controle spatial de confinement sans avoir à transporter les mol

Augmentation des concentrations effectives = coarcervation

Possibilité de remelange de l’organite cree par séparation de phase

Question 30

C’est quoi les conditions moléculaires qui régissent la composition des condensats

Answer 30

La multivalence des molécules separant les phases provenant des domaines d’interaction replies ou IDR

Question 31

C’est quoi des proteines intrinsequement desordonnees ?

Answer 31

Prot ou il y’a un manque de structure 3D stable (tres courant et utile dans le corps)

Question 32

C’est quoi le nom de la separation de phase provoquée par les interactions entre les polyions complexants ?

Answer 32

Coacervation complexe

Question 33

Des regions intrinsèque désordonné peuvent elles former des séparations liquide liquide ? Qu’est ce qui les favorisent ?

Answer 33

Ouiii
PEU DE SEL et PEU ARN

Question 34

Est ce que les gouttelettes separees en phase se stabilisent au fil du temps ?

Answer 34

Oui par la formation de fibres de type amyloide

Question 35

Les 4 conséquences fonctionnelles possibles de condensats moléculaires ?

Answer 35

1 - augmentation cinetique et specificite reaction

2 - diminuer la cinetique a cause la fibrilisation

3 - sequestration de mol bloque la cinetique

4 - pas compris

Question 36

On cherche a savoir si le microenvironnement biochimique au sein d’un condensat peut reguler la fonction enzymatique ? On utilise quoi ?

Answer 36

Réaction enzymatique dans un condensat minimal avec

1- region IDR
2- ARN poly A
3- Enzyme qui clive ARN poly A

Question 37

On cherche a savoir si le microenvironnement biochimique au sein d’un condensat peut reguler la fonction enzymatique ? On obtient quoi ?

Answer 37

Que en effet le condensat possede des fonctions importantes dans la régulation enzymatique

En effet y’a eu formationde queue Ct de l’enzyme qui était dynamique et meilleure catalytiquement parlant

Question 38

Est ce que les interactions quinaires influencent le repliement des proteines a l’interieur des cellules ? Le principe derrière ?

Answer 38

Oui en modifiant la compétition entre effet stabilisateur et déstabilisateur

Plus la surface de la proteine est en interaction avec d’autres biomol plus c’est dur d’être stable