Chap 9 : Allostérie Et Coopérativité Flashcards
Quels sont les deux niv de régulation de l’activité enzymatique ?
Long terme : modif quantite enzyme
Court terme : modif activité enzyme
Les 2 types de mécanismes principaux pour contrôler l’activité d’une enzyme ?
Changement structure covalente
Changement conformation reversible
quels sont les mecanismes secondaires de controles d’activité ? (4)
Inhibiiton de macromol specifiques
Disponibilité de substrat
Inhibition par produit de la réaction
Reactions catalysees non-enzymatiques
Exemple de reaction catalyse non enzymatique ?
specificite anomerique dans le metabolisme des carbohydrates ou B FBP en A FBP peut etre limitant
Dans la modif de l’activité covalente elle peut etre quoi ou quoi ?
Reversible ou irreversible
Exemple de modif covalente irreversible ?
Amplification de enteropeptidase qui donne trypsine
Exemple de modif covalente reversible ?
Glycogene phosphorylase
Ou
phosphorylase a = active absence AMP
Phosphorylase b = active avec AMP
Seul diff = phosphorylation ser14
Phosporylase a —> b
Phosporylase b —> a
??
Phosphatase
Kinase (Mg2+)
Qu’utilise la majorite des modifs covalentes et reversibles d’enzymes ?
Cycle phosphorylation-dephosphorylation
2 avantages d’une modif covalente reversible ?
Rapide et permet un contrôle bcp plus sophistiqué
Quels sont les deux exemples de controle de l’activité par changement conformationnel induits par des ligands ?
Inhibiton mixte de la threonine deshydratase
Inhibition par des voies biosynthetiques
Exemple d’inhibition par voie des biosynthetiques ?
Carbamoyl-P synthase qui est inhibie par le produit final de la voie soit CTP
Du fait que les ligands impliques dans le controle enzymatique soient souvent tres diff des substrats et produits de l’enzyme suggere que ? (2)
Improbable que le le ligand se lie au site actif
L’inhibition est mixte
Comment est la courbe de regulation d’une enzyme ?
Sigmoide montre qu’avec un moindre changement de substrat la vitesse peut vite augmenter
Les enzymes sujettes a la régulation sont elles oligomeriques ?
Oui elles ont plusieurs domaines
C’est quoi l’allostérie finalement ?
Effecteur qui se lie au site regulateur différent du site actif ce qui va faire un changement conformationnel reversible pour modifier la cinétique de l’enzyme
Comment est la liaison entre entre la proteine et son site de liaison ?
Fortement coopérative
A quoi correspond h dans equation de hill ? Et valeur de ref ?
H = mesure du degrés de cooperztives entre les sites
Si h>1 = cooperativite positive
Si h=1 pas de cooperativite
Si h<1 = cooperativite negative
Modele de MWC Def effet homotropique / heterotropique ?
Lorsque l’effecteur allostérique est le substrat
Lorsque l’effecteur allostérique est différent du substrat
Model MWC les 4 énoncés de bases ?
Chaque sous unites sont equivalentes
Conformation du protomere existe en T ou R
Les etats R ou T ont des affinités diff pour un ligand
4 la transition R T et vice-versa conserve la symetrie (concerté)
Comment est la coopérative dans le cas d’interaction homotropique ?
Elle est plus prononcé si L (terme de liaison) est GRAND = forte affinité et c petit car cela minimise les transitions entre les états
Comment est la coopérative dans le cas d’interaction heterotropique ou L’effecteur se lie au deux formes R et T (Rubin et Changeux)
Il y’a deux 2 systemes K et V
K : sub et effecteur ont affinite diff pour etat R et T
Ex : ACTase
V : sub et effecteur mm affinite pour R et T mais des activites diff
Ex : phosphorylase b avec AMP
3 aspects a retenir du model KNF
A = Absence du ligand = 1 seul etat conformationnel
B = changement conformationnel est sequentiel
C = interaction sous-unites positives ou negatives
quel modele est mieux pour detecter la cooperativite negative ?
KNF avec NAD+ et GAPDH
Comment sont les liaisons
AMP phosphorylase b
NAD+ GAPDH de LAPIN
Concerté
Séquentielle
Comme est NAD+ GAPDH de LEVURE ?
Complexe avec isomeration
Quel est un bon coeff de hill et comment est delta S ??
H = 2 ; 3 ou 4 (entk haut)
Et delta S doit etre PETIT
Dans le model MWC quels sont les deux paramètres suffisants pour decrire l’etat du système allostérique ?
Y : la saturation fractionnelle des sites présents dans la protéine
R : la fraction des protéines dans l’état R.
Dans le modele MWC Deux effets importants à noter dans les interactions hétérotropiques ?
1) La liaison de l’activateur (γ > 0) diminue le degré de coopérativité pour
le substrat, L’ plus petit. Ceci augmente la concentration de l’état R qui
lie le substrat et par conséquenceY .
2) La présence de l’inhibiteur (β > 0) augmente la concentration de l’état
T et le degré de coopérativité, L’ plus grand. Ceci diminue l’affinité
pour le substrat, puisque R est plus petit, et ce qui rend Y plus petit.
Diff principale entre MWC et KNF
MWC est concerté pck la liaison a un ligand provoque une transition concertée de toutes les sous-unités donc que cooperativite positive tandis que KNF peut etre negatif ou positif d’un ligand a un autre
Dans le modele KNF quelles sont les 3 composantes d’une constante de dissociation ?
Constante de dissociation avec ligand prefere
Constante equilibre du changement conformationnel
Constante d’interaction de stabilité
