Chap 5 : Protease à Cystéine et Zinc

Question 1

Qu’est ce que reflete l’influence du pH sur Kcat/Km ?

Answer 1

Ionisation des groupes sur l’Enzyme libre et sur le substrat

Question 2

Est ce que le pkA des AA libres est le mm que celui des AA dans les réactions enzymatiques ?

Answer 2

Nonnn souvent tres diff

Question 3

Les 4 types de protease a cys chez mamif ?

Answer 3

Cathepsine
Caspases
Calpaine
USP

Question 4

Proteine cys etudie en classe ? Et composition ?

Answer 4

2 domaines
Avec site liaison et actif dans une poche a l’intersection de ses 2 domaines

Question 5

Les 2 inhibiteurs de prot a cys ?

Answer 5

E-64
Iodoacetate

Question 6

En combien d’etapes se deroulent le mecanisme des prot a cys ?

Answer 6

3 etapes
Liason substrat
Et 2 etapes de catalyse

Question 7

Quelle est la triade catalytique des prot a cys ?

Answer 7

Asn175
His159 protone
Cys 25 deprotonne

Question 8

explication du mecanisme des prot a cys ? 3 etapes

Answer 8

S- de la cys25 attaque nucleophile sur C=O du substrat = liaison subtrat

Intermediaire tetraedrique devient acyl-enzyme via HIS159 qui joue role d’acide et donne un H = ETAPE LIMITANTE

Hydrolyse de l’acyl-enzyme et regeneration forme active de l’enzyme

Question 9

Qu’est ce qui stabilise l’intermidaire instable dans la papaine

Answer 9

Groupements dans la cavité oxyanionique qui font liaison H

Question 10

Quel est le residu phare de la cavite oxyanionique de la papaine et son role ?

Answer 10

Gln19 stabilisation de l’intermidiaire par des pont H

Question 11

Par quoi peut etre remplacer Gln19 chez la papaine ?

Answer 11

Glu sous forme acide donc OH a la place de NH2

Question 12

Quel est le pka de Gln19Glu ? Et a quel pH il est fonctionnel ? Et pk ?

Answer 12

Pka = 6
Il est fonctionnel jusqu’a environ 5,5 car au dela OH vient O- ce qui diminue l’activité

Question 13

L’ingenierie de l’activite nitrile hydrase a partir de la papaine a montrer quoi ? 2

Answer 13

Thiomidate au site actif de la papaine sous forme deprotonee
Hydrolyse des thiomidate se fait a pH acide

Question 14

Comment fonctionne le mecanisme de prot a cys pour l’activité nitrile hydrase ?

Answer 14

Meme principe
Gln19Glu joue un role d’acide et donne un proton H

Question 15

C’est quoi l’une des specifite de la papaine dans l’hydrolyse d’un ester ?

Answer 15

Kcat/Km est maximisé si le residu en P2 est une Phe

Question 16

La specifite de la cathepsine B pour l’hydrolyse des ester ?

Answer 16

En P2 elle peut aussi hydrolyser tres efficacement une Arg plutot qu’une Phe

Question 17

On a voulu donner la specifite de la cathepsine B a la papaine,
Donnez la composition des sous sites s2 de la papaine son double mutant et son triple mutant

Answer 17

Val157 - Val133 - Ser205
Val157 - Ala133 - Glu205
Gly157 - Ala133 - Glu205

Question 18

Lequel des mutants au site S2 donne un bon changement de spécificite ?

Answer 18

Le double mutant
Val157 Ala133 Glu205

Question 19

De quoi dependant le bon fonctionnement du doublue mutant Ala133 Glu205

Answer 19

Ionisation de Glu205 il doit etre negatif

Question 20

Quel activité possede la cathepsine B ?

Answer 20

Activite carboxypeptidase dipeptidique
= coupe tous les 2 peptides en partant du COOH terminal

Question 21

Chez la cathapsine B, La boucle d’occlusion qui occupe tous les sous sites S’ de l’enzyme contient quoi et interagit avec quoi ? A quoi ca sert ?

Answer 21

2 residus His positif
Avec CO- du P2’ de l’extremite du substrat
Base de l’activité exopetptidase

Question 22

Est ce que la papaine a aussi une boucle d’occlusion ?

Answer 22

noooon

Question 23

Si je mute la cathepsine B en His110Ala Asp22Ala va t elle tjrs avoir une activité exopeptidase ?

Answer 23

Nonnn que endo

Question 24

Qu’est ce qui permet l’activité exoptidase de la cathepsine B ? Et endopeptidase ? Et leur specificite ?

Answer 24

Exopeptidase : sous site S2’ specificite positionnelle
Endopeptidase : sous site S2 specificite pour une Phe en P2

Question 25

La metalloprotease aux quelles on s’interesse ?

Answer 25

Carboxypeptidases A et B

Question 26

Dans le site actif de la carboxypeptidase A a quoi est complexe l’atome de zinc ?

Answer 26

2 His
1 H20
1 glu
(Un autre Glu intervient)

Question 27

Carboxypeptidase A c’est quoi et elle fait quoi ? des specificites ?

Answer 27

Exopeptidase qui hydrolyse C-N au groupe C-t d’un AA
Fonctionne mieux si le AA est hydrophobe ou aromatique

Question 28

Qui est le nucleophile dans le mecanisme de la carboxydase A ? La base generale ?

Answer 28

H20
Glu270

Question 29

Y’a t il un intermediaire covalent dans le mecanisme de la carboxypeptidase A ?

Answer 29

Non mecanisme simple 2 etapes

Question 30

Le groupe ct negatif de carboxypeptidase A interagit avec qui ?

Answer 30

Arg145 positive

Question 31

Quelles sont les trois caractéristiques communes aux mécanismes des protéases ?

Answer 31

1-groupement nucléophile, pouvant réagir avec le carbonyl du substrat
2- un acide ou une base pour la catalyse générale, acide ou basique
3- des donneurs de pont H ou une espèce chargée positivement pour stabiliser l’intermédiaire tétraédrique formé durant la réaction