Chap 5 : Protease à Cystéine et Zinc Flashcards
Qu’est ce que reflete l’influence du pH sur Kcat/Km ?
Ionisation des groupes sur l’Enzyme libre et sur le substrat
Est ce que le pkA des AA libres est le mm que celui des AA dans les réactions enzymatiques ?
Nonnn souvent tres diff
Les 4 types de protease a cys chez mamif ?
Cathepsine
Caspases
Calpaine
USP
Proteine cys etudie en classe ? Et composition ?
2 domaines
Avec site liaison et actif dans une poche a l’intersection de ses 2 domaines
Les 2 inhibiteurs de prot a cys ?
E-64
Iodoacetate
En combien d’etapes se deroulent le mecanisme des prot a cys ?
3 etapes
Liason substrat
Et 2 etapes de catalyse
Quelle est la triade catalytique des prot a cys ?
Asn175
His159 protone
Cys 25 deprotonne
explication du mecanisme des prot a cys ? 3 etapes
S- de la cys25 attaque nucleophile sur C=O du substrat = liaison subtrat
Intermediaire tetraedrique devient acyl-enzyme via HIS159 qui joue role d’acide et donne un H = ETAPE LIMITANTE
Hydrolyse de l’acyl-enzyme et regeneration forme active de l’enzyme
Qu’est ce qui stabilise l’intermidaire instable dans la papaine
Groupements dans la cavité oxyanionique qui font liaison H
Quel est le residu phare de la cavite oxyanionique de la papaine et son role ?
Gln19 stabilisation de l’intermidiaire par des pont H
Par quoi peut etre remplacer Gln19 chez la papaine ?
Glu sous forme acide donc OH a la place de NH2
Quel est le pka de Gln19Glu ? Et a quel pH il est fonctionnel ? Et pk ?
Pka = 6
Il est fonctionnel jusqu’a environ 5,5 car au dela OH vient O- ce qui diminue l’activité
L’ingenierie de l’activite nitrile hydrase a partir de la papaine a montrer quoi ? 2
Thiomidate au site actif de la papaine sous forme deprotonee
Hydrolyse des thiomidate se fait a pH acide
Comment fonctionne le mecanisme de prot a cys pour l’activité nitrile hydrase ?
Meme principe
Gln19Glu joue un role d’acide et donne un proton H
C’est quoi l’une des specifite de la papaine dans l’hydrolyse d’un ester ?
Kcat/Km est maximisé si le residu en P2 est une Phe
La specifite de la cathepsine B pour l’hydrolyse des ester ?
En P2 elle peut aussi hydrolyser tres efficacement une Arg plutot qu’une Phe
On a voulu donner la specifite de la cathepsine B a la papaine,
Donnez la composition des sous sites s2 de la papaine son double mutant et son triple mutant
Val157 - Val133 - Ser205
Val157 - Ala133 - Glu205
Gly157 - Ala133 - Glu205
Lequel des mutants au site S2 donne un bon changement de spécificite ?
Le double mutant
Val157 Ala133 Glu205
De quoi dependant le bon fonctionnement du doublue mutant Ala133 Glu205
Ionisation de Glu205 il doit etre negatif
Quel activité possede la cathepsine B ?
Activite carboxypeptidase dipeptidique
= coupe tous les 2 peptides en partant du COOH terminal
Chez la cathapsine B, La boucle d’occlusion qui occupe tous les sous sites S’ de l’enzyme contient quoi et interagit avec quoi ? A quoi ca sert ?
2 residus His positif
Avec CO- du P2’ de l’extremite du substrat
Base de l’activité exopetptidase
Est ce que la papaine a aussi une boucle d’occlusion ?
noooon
Si je mute la cathepsine B en His110Ala Asp22Ala va t elle tjrs avoir une activité exopeptidase ?
Nonnn que endo
Qu’est ce qui permet l’activité exoptidase de la cathepsine B ? Et endopeptidase ? Et leur specificite ?
Exopeptidase : sous site S2’ specificite positionnelle
Endopeptidase : sous site S2 specificite pour une Phe en P2
