Chap 4 : Protease à Serine Flashcards
Est ce que les protease hydrolysent uniquement les liens peptidiques ?
Non parfois aussi les liens ester
Ex : chymotrispine
La difference au niveau de la dégradation entre une exo et endopeptidase ?
Exopeptidase : degradation complete
Endopeptidase : degradation limite
C’est quoi la différence entre le site actif et le site de specificite ?
Site actif : region de l’enzyme ou y’a les résidus directement impliques dans la réaction chimique
Site specifique : residus de l’enzyme en contact avec le substrat qui forme la liaison
Est ce qu’un sous site de l’enzyme correspond forcément a serie continue d’acide aminé ?
Non ca peut etre des residus qui ne sont pas adjacents dans la sequence de l’enzyme
Qu’est ce que la chymotripsine catalyse le mieux ?
Les liens amide et ester du cote C-t (P1) des residus tyr trp phe et met
Grace a quel substrat a on elucide l’activite de la chymotripsine ?
Activite esterase sur le PNPA qui prouve la formation rapide d’un intermédiaire acyl-enzyme
Qu’est ce qui permet de donner la concentration initiale d’enzyme active ?
L’extrapolation de l’etat stationnaire des courbes au temps zero
C’est quoi le Kcat ?
Vitesse de renouvellement : nb de mol de substrat changer en produit en 1sec si E est saturee par S
Cest quoi KM
Constante de Michaelis-Menten
Kcat/Km
Constante de specificite qui donne l’efficacité catalytique de E envers S
Lors de l’hydrolyse de la liason ester du PNPA il y’a formation rapide d’un intermédiaire et hydrolyse lente de celui ci c’est quel type de mecanisme ? Ça aurait ete pareil si c’etait un lien amide ?
3 etapes donc 2 phases
Nonn la la formation de l’intermédiaire aurait ete l’etape limitante
C’est quoi la triade catalytique des prot serine ?
Asp102 His57 Ser195
C’est quoi le DFP ? PMSF ? AEBSF ?
Inhibiteur irreversible acetylcholine en faisant un lien covalent avec la ser
Comme le gaz sarin
Quel role joue la serine195 ? Dans la chymotripsine
Nucleophile
Role de l’his57 et de l’asp102 chez la chymotrispine ?
Catalyse acide/basique
Stabilisation charge et bonne tautomerisation de l’His
Qu’est ce qui augmente en général le caractère nucléophile d’un AA ?
Les ponts H
A quoi sert le LBHB ?
Stabilise etat de transition et baisse energie reaction en augmentant la basicite de His57 et son efficacite a deprotonner Ser195
En plus de stabiliser le bon tautomere de l’his57 quel role joue l’asp102
Confere un caractère nucleophile eleve a la ser195
Le site specifique de la chymotripsine est plutot hydrophile ou hydrophobe ?
Hydrophobe
A part Asp102 His57 et Ser195 quel autre residu est aussi impliqué dans le site catalytique de la chymotripsine
Gly193
Les proteases a serine utilize un mecanisme ping pong ?
Ouii c’est d’abord réactif qui forme un intermediare avec liberation d’un premier produit et cette enzyme modifié rencontre le deuxième substrat puis deuxième produit
C’est quoi zymogene ?
Enzyme sous forme inactive souvent pour eviter des degat cellulaire
Ex : enzyme digestive chymotripsine active par clivage endroit et moment precis
Difference entre pi-chymotripsine et alpha-chymotripsine
Pi = active pour l’autocatalyse
Alpha = active pour la catalyse (vraie forme)
Est ce que les residus de la triade catalytique sont au mm endroit pour chaque protease serine de type 1 ?
Oui his57 Asp102 Ser195
Comment est la structure 3D de la chymotrispine ?
2 Tonneau Beta antiparallele site actif entre les deux
Ou sont les principales dif entre chymotrispine trypsine et elastase ? 3D
Au niveau des régions exposees et boucles externes
Difference entre chymotrispine et son zymogene ?
Asp194 et Ile16 doivent etre proche pour interagir dans la forme active ca fait des changements de conformation pour site de liaison
Qu’est ce qui stabilise l’oxyanion forme lors de la reaction ?
La poche d’oxyanion formee des groupes nh2 de la ser195 et gly193
Stabilise charge -
Les subtilisines sont un exemple de quelle type d’evolution ?
Évolution convergente car elles ont une structure 3D et séquence AA diff dés chymotrispine mais comme leur site catalytique reste presque le mm y’a le mm mecanisme et spécificite
La trypsine elastase et chymotripsine sont quel type d’évolution ?
Divergente car elles viennent d’une prot ancestrale (bcp de similitude) et certes elles ont le mm mécanisme mais pas la mm spécificité
Pour la chymotripsine trypsine et elastase par quoi est exprimee leur specificite ?
Position de l’acide aminée en P1 du substrat
Specifite exact de substrat P1 pour:
chymotripsine
trypsine
elastase
Phe,tyr,trp,met
Lys,Arg
Gly,Ala
Explication de la specifite des sous sites S1 de l’enzyme pour chymotripsine trypsine et elastase
Grosse poche avec des gly donc y’a la place
Poche avec Asp donc - qui veut un +
Toute petite poche deja encombrée veut un petit truc
2 Subtrats modeles detectables pour methodes spectroscopiques ?
MCA : fluo
PNA : Jaune
Fluo mieux
2 methodes pour quantifier l’activité des proteases ?
Fluorescence reduite = gooood
Augmentation de fluorescence = ok
Une autre utilité de kcat/km que la specifite ?
Evaluer la contribution d’une interaction dans la stabilité de l’etat de transition
Quel lien et quel residu stabilise l’Ea chez les subtilisines ?
Les ponts H
Asn155
Chez les subtilisines quelle interaction et quel residu sont essentiels pour stabiliser l’etat de transition ?
Ponts H
Asn155
C’est quoi les deux termes qui composent la barriere energetique ?
DeltaG0 = energie activation chimique comme mutation Asn155
DeltaG1 = energie de liaison de l’etat de transition
Specificite de la mutation asp189 en lys189 dans la tryspisine
Clivage aux liaisons Leu
