Chap 4 : Protease à Serine

Question 1

Est ce que les protease hydrolysent uniquement les liens peptidiques ?

Answer 1

Non parfois aussi les liens ester
Ex : chymotrispine

Question 2

La difference au niveau de la dégradation entre une exo et endopeptidase ?

Answer 2

Exopeptidase : degradation complete
Endopeptidase : degradation limite

Question 3

C’est quoi la différence entre le site actif et le site de specificite ?

Answer 3

Site actif : region de l’enzyme ou y’a les résidus directement impliques dans la réaction chimique

Site specifique : residus de l’enzyme en contact avec le substrat qui forme la liaison

Question 4

Est ce qu’un sous site de l’enzyme correspond forcément a serie continue d’acide aminé ?

Answer 4

Non ca peut etre des residus qui ne sont pas adjacents dans la sequence de l’enzyme

Question 5

Qu’est ce que la chymotripsine catalyse le mieux ?

Answer 5

Les liens amide et ester du cote C-t (P1) des residus tyr trp phe et met

Question 6

Grace a quel substrat a on elucide l’activite de la chymotripsine ?

Answer 6

Activite esterase sur le PNPA qui prouve la formation rapide d’un intermédiaire acyl-enzyme

Question 7

Qu’est ce qui permet de donner la concentration initiale d’enzyme active ?

Answer 7

L’extrapolation de l’etat stationnaire des courbes au temps zero

Question 8

C’est quoi le Kcat ?

Answer 8

Vitesse de renouvellement : nb de mol de substrat changer en produit en 1sec si E est saturee par S

Question 9

Cest quoi KM

Answer 9

Constante de Michaelis-Menten

Question 10

Kcat/Km

Answer 10

Constante de specificite qui donne l’efficacité catalytique de E envers S

Question 11

Lors de l’hydrolyse de la liason ester du PNPA il y’a formation rapide d’un intermédiaire et hydrolyse lente de celui ci c’est quel type de mecanisme ? Ça aurait ete pareil si c’etait un lien amide ?

Answer 11

3 etapes donc 2 phases
Nonn la la formation de l’intermédiaire aurait ete l’etape limitante

Question 12

C’est quoi la triade catalytique des prot serine ?

Answer 12

Asp102 His57 Ser195

Question 13

C’est quoi le DFP ? PMSF ? AEBSF ?

Answer 13

Inhibiteur irreversible acetylcholine en faisant un lien covalent avec la ser
Comme le gaz sarin

Question 14

Quel role joue la serine195 ? Dans la chymotripsine

Answer 14

Nucleophile

Question 15

Role de l’his57 et de l’asp102 chez la chymotrispine ?

Answer 15

Catalyse acide/basique
Stabilisation charge et bonne tautomerisation de l’His

Question 16

Qu’est ce qui augmente en général le caractère nucléophile d’un AA ?

Answer 16

Les ponts H

Question 17

A quoi sert le LBHB ?

Answer 17

Stabilise etat de transition et baisse energie reaction en augmentant la basicite de His57 et son efficacite a deprotonner Ser195

Question 18

En plus de stabiliser le bon tautomere de l’his57 quel role joue l’asp102

Answer 18

Confere un caractère nucleophile eleve a la ser195

Question 19

Le site specifique de la chymotripsine est plutot hydrophile ou hydrophobe ?

Answer 19

Hydrophobe

Question 20

A part Asp102 His57 et Ser195 quel autre residu est aussi impliqué dans le site catalytique de la chymotripsine

Answer 20

Gly193

Question 21

Les proteases a serine utilize un mecanisme ping pong ?

Answer 21

Ouii c’est d’abord réactif qui forme un intermediare avec liberation d’un premier produit et cette enzyme modifié rencontre le deuxième substrat puis deuxième produit

Question 22

C’est quoi zymogene ?

Answer 22

Enzyme sous forme inactive souvent pour eviter des degat cellulaire
Ex : enzyme digestive chymotripsine active par clivage endroit et moment precis

Question 23

Difference entre pi-chymotripsine et alpha-chymotripsine

Answer 23

Pi = active pour l’autocatalyse
Alpha = active pour la catalyse (vraie forme)

Question 24

Est ce que les residus de la triade catalytique sont au mm endroit pour chaque protease serine de type 1 ?

Answer 24

Oui his57 Asp102 Ser195

Question 25

Comment est la structure 3D de la chymotrispine ?

Answer 25

2 Tonneau Beta antiparallele site actif entre les deux

Question 26

Ou sont les principales dif entre chymotrispine trypsine et elastase ? 3D

Answer 26

Au niveau des régions exposees et boucles externes

Question 27

Difference entre chymotrispine et son zymogene ?

Answer 27

Asp194 et Ile16 doivent etre proche pour interagir dans la forme active ca fait des changements de conformation pour site de liaison

Question 28

Qu’est ce qui stabilise l’oxyanion forme lors de la reaction ?

Answer 28

La poche d’oxyanion formee des groupes nh2 de la ser195 et gly193 Stabilise charge -

Question 29

Les subtilisines sont un exemple de quelle type d’evolution ?

Answer 29

Évolution convergente car elles ont une structure 3D et séquence AA diff dés chymotrispine mais comme leur site catalytique reste presque le mm y’a le mm mecanisme et spécificite

Question 30

La trypsine elastase et chymotripsine sont quel type d’évolution ?

Answer 30

Divergente car elles viennent d’une prot ancestrale (bcp de similitude) et certes elles ont le mm mécanisme mais pas la mm spécificité

Question 31

Pour la chymotripsine trypsine et elastase par quoi est exprimee leur specificite ?

Answer 31

Position de l’acide aminée en P1 du substrat

Question 32

Specifite exact de substrat P1 pour: chymotripsine trypsine elastase

Answer 32

Phe,tyr,trp,met Lys,Arg Gly,Ala

Question 33

Explication de la specifite des sous sites S1 de l’enzyme pour chymotripsine trypsine et elastase

Answer 33

Grosse poche avec des gly donc y’a la place Poche avec Asp donc - qui veut un + Toute petite poche deja encombrée veut un petit truc

Question 34

2 Subtrats modeles detectables pour methodes spectroscopiques ?

Answer 34

MCA : fluo PNA : Jaune Fluo mieux

Question 35

2 methodes pour quantifier l’activité des proteases ?

Answer 35

Fluorescence reduite = gooood Augmentation de fluorescence = ok

Question 36

Une autre utilité de kcat/km que la specifite ?

Answer 36

Evaluer la contribution d’une interaction dans la stabilité de l’etat de transition

Question 37

Quel lien et quel residu stabilise l’Ea chez les subtilisines ?

Answer 37

Les ponts H Asn155

Question 38

Chez les subtilisines quelle interaction et quel residu sont essentiels pour stabiliser l’etat de transition ?

Answer 38

Ponts H Asn155

Question 39

C’est quoi les deux termes qui composent la barriere energetique ?

Answer 39

DeltaG0 = energie activation chimique comme mutation Asn155 DeltaG1 = energie de liaison de l’etat de transition

Question 40

Specificite de la mutation asp189 en lys189 dans la tryspisine

Answer 40

Clivage aux liaisons Leu