Chap 6 : Les nucleases Et Ribozymes Flashcards
C’est quoi le role mecanistique des nucleases ?
Hydrolysent des liens phospho diesters des acides nucléiques
5 fonctions cellulaires des nucleases qu’on va retenir
Replication ADN
Réparation ADN
Traduction
Reponse immunitaire innee
Apoptose
3 maladies causées par mutation nucleases
Syndrome Dicer1 : tumeur poumon,reins, ovaires ect
Dnase 1 Lupus erythemeux systemique : immunitaire inflammatoire
Rnase h2 Syndrome Aicardi-goutiere : neurologique enfant
Les deux types de nucleases ?
Nuclease ribose-specifique
Nuclease non ribose-specifique
Les deux nuclease sur lesquelles on va se pencher
Ribonuclease A : endoribonuclease
3,5 exonuclease DNase 1 : exodesoxyribonucleaqe
Quelles sont les 2 etapes du mecanisme de la ribonuclease A
1-Transesterification : transfert 3’-5P en 2’-3P
2-hydrolyse du 2’-3P en 3’-monophosphate
La ribonuclease A degrade quoi ?
ARN simple brin avec résidu C ou U en 5’ et 3’ en A
Comment est la géométrie de l’etat de transition ?
Geometrie trigonale bipyramidale
Par quoi peut etre remplacer U dans ribonuclease A ?
C mais pas A OU G car encombrement stérique
D’où provient la specificite pour U dans la ribonuclease A
Empilement de base avec Phe120 et ponts H face de Watson Crick
C’est quoi le role de la lysine 41 ? Dans ribonuclease A
Stabilise l’etat de transition chargé negativement
par interaction électrostatique
et par un pont H fort
Quels sont les deux autres AA impliques dans la ribo A
His 12
His119
Aident a l’etat de transition
Quel type d’enzyme est la phosphatase alcaline ? Role ? Type de mecanisme ?
Monoesterase non specifique qui enleve les 5’phosphate de l’Adn,Arn ect et ser thr tyr
Mecanisme a 3 cations
Explication mécanisme phosphate alcaline a 2 cations
2 Zn+ qui stabilisent
Tranesterfication avec Ser102 nucleophile
Hydrolyse
Explication mecanisme a 3 cations de la p alcaline
Zn x2+ Mg
Mg stabilise un groupe OH- et une mol H20 qui sont impliques dans l’ionisation de la ser102 = bon nucleophile
OH- = base generale
Les introns 1 peuvent faire de l’auto epissage ?
Oui
Explication des 3 etapes de la réaction autoepissage des introns 1 et la spécification
Groupe 3’OH G attaque 5’P intron et libere exon 5’
3’OH attaque le phosphate en 3’
3’OH cyclise intron
Que des réactions transesterifixations
ENZYME PAS REGENERE
La structure 3D des ribozymes est complexe ?
Ouii necessaire a son activite
Les acides nucléiques ont ils des residus avec un pKa pres du pH physiologique ? Charge positivement ? Jouent ils un role dans reaction des ribozymes ?
Non
Non
Oui seulement si ce sont des bases avec pKa modifies
Pour le Ribozymr hairpin c’est quel type de mecanisme ?
Acide base general
Explication du mecanisme hairpin ?
2 boucles internes AG qui s’empilent
Ou G8 est le nucleophile (base general si deprotonee)
L’Enzyme RNAse A a t elle un avantage catalytique ?
Oui sur les proteines et elle est plus specifique (intron 1)
Methode qui permet de creer des ribozymes artificiels ?
SELEX
C’est quoi un aptamere ?
Petite sequence d’ARN/ADN qui lie qqch de specifique
