Chap 6 : Les nucleases Et Ribozymes Flashcards
C’est quoi le role mecanistique des nucleases ?
Hydrolysent des liens phospho diesters des acides nucléiques
5 fonctions cellulaires des nucleases qu’on va retenir
Replication ADN
Réparation ADN
Traduction
Reponse immunitaire innee
Apoptose
3 maladies causées par mutation nucleases
Syndrome Dicer1 : tumeur poumon,reins, ovaires ect
Dnase 1 Lupus erythemeux systemique : immunitaire inflammatoire
Rnase h2 Syndrome Aicardi-goutiere : neurologique enfant
Les deux types de nucleases ?
Nuclease ribose-specifique
Nuclease non ribose-specifique
Les deux nuclease sur lesquelles on va se pencher
Ribonuclease A : endoribonuclease
3,5 exonuclease DNase 1 : exodesoxyribonucleaqe
Quelles sont les 2 etapes du mecanisme de la ribonuclease A
1-Transesterification : transfert 3’-5P en 2’-3P
2-hydrolyse du 2’-3P en 3’-monophosphate
La ribonuclease A degrade quoi ?
ARN simple brin avec résidu C ou U en 5’ et 3’ en A
Comment est la géométrie de l’etat de transition ?
Geometrie trigonale bipyramidale
Par quoi peut etre remplacer U dans ribonuclease A ?
C mais pas A OU G car encombrement stérique
D’où provient la specificite pour U dans la ribonuclease A
Empilement de base avec Phe120 et ponts H face de Watson Crick
C’est quoi le role de la lysine 41 ? Dans ribonuclease A
Stabilise l’etat de transition chargé negativement
par interaction électrostatique
et par un pont H fort
Quels sont les deux autres AA impliques dans la ribo A
His 12
His119
Aident a l’etat de transition
Quel type d’enzyme est la phosphatase alcaline ? Role ? Type de mecanisme ?
Monoesterase non specifique qui enleve les 5’phosphate de l’Adn,Arn ect et ser thr tyr
Mecanisme a 3 cations
Explication mécanisme phosphate alcaline a 2 cations
2 Zn+ qui stabilisent
Tranesterfication avec Ser102 nucleophile
Hydrolyse
Explication mecanisme a 3 cations de la p alcaline
Zn x2+ Mg
Mg stabilise un groupe OH- et une mol H20 qui sont impliques dans l’ionisation de la ser102 = bon nucleophile
OH- = base generale
Les introns 1 peuvent faire de l’auto epissage ?
Oui
Explication des 3 etapes de la réaction autoepissage des introns 1 et la spécification
Groupe 3’OH G attaque 5’P intron et libere exon 5’
3’OH attaque le phosphate en 3’
3’OH cyclise intron
Que des réactions transesterifixations
ENZYME PAS REGENERE
La structure 3D des ribozymes est complexe ?
Ouii necessaire a son activite
Les acides nucléiques ont ils des residus avec un pKa pres du pH physiologique ? Charge positivement ? Jouent ils un role dans reaction des ribozymes ?
Non
Non
Oui seulement si ce sont des bases avec pKa modifies
Pour le Ribozymr hairpin c’est quel type de mecanisme ?
Acide base general
Explication du mecanisme hairpin ?
2 boucles internes AG qui s’empilent
Ou G8 est le nucleophile (base general si deprotonee)
L’Enzyme RNAse A a t elle un avantage catalytique ?
Oui sur les proteines et elle est plus specifique (intron 1)
Methode qui permet de creer des ribozymes artificiels ?
SELEX
C’est quoi un aptamere ?
Petite sequence d’ARN/ADN qui lie qqch de specifique
C’est quoi la diff entre ribozyme hairpin et son mutant ?
Guanine devient Diamino purine
Soit une mutation de la base pKa de 7 au lieu de 9 seul la forme deprotonee est active
C’est quoi la seule forme active du ribozymr hairpin ?
Quand base est deprotonee
Et Acide protonee
Au niveau du Kobs entre Rnase A, ribozyme hairpin et sa version mutee ? Qui est le meilleur ? Pk ?
Rnase A 37% de forme active et c’est pck les pKa sont tres rapprochés entre eux et que l’acide et la base sont meilleures
Selon Bronsted comment doivent etre les pKa pour une bonne valeur de K1 ?
Les pKa doivent être éloignés de la neutralité
Toute fois entre l’effet des K1 (pKa) et l’effet acide base qui est le plus important ?
Effet acide base qui contribue le plus a la vitesse de réaction meme si le pkA avec l’effet k1 joue un role
