Biokemi begrepp Flashcards
Acyl
- Funktionell grupp
- En karbonyl grupp
- En intiliggande kolkedja
Ex:
Metyl –> acetyl
Etyl –> Proprionyl
propyl –> butyryl
Aldehyd
Kolförening med karbonylgrupp på terminala kolet
Alkohol
Kolförening med hydroxylgrupp
Karbonylgrupp
En kolatom dubbelbunden till en syreatom C=O
Hydroxylgrupp
En syreatom och en väteatom.
-OH
Polär och tenderar att bilda vätebindningar med andra molekyler
Anhydrid
Bildas då två karboxylsyror reagerar och vatten avgår.
Karbonyl-syre-Karbonyl
Basparning
Bindning som sker mellan två kvävebaser, ex i DNA eller RNA, guanin-cytosin, tymin-adenin
Coenzym
- Hjälpfaktor som deltar i enzymkatalyserad reaktion.
- Nödvändig för enzymets funktion
Deriverad
Skapad från eller med ursprung från
Donator
Givare, används ofta för att beskriva ämnen som lämnar ifrån sig elektroner, elektrodonator
Ester
Förening med en karbonylgrupp intill ett etersyre
eter
Ett syre inbyggt i en kolkedja (mellan kolen)
Fettsyra
Terminal karboxylsyra med en minst, tre kol lång kolkedja
Helixkonformation
Spiralform
Karbonyl
Kol med dubbelbundet syre
karboxylsyra
Karbonylgrupp och hydroxylgrupp som sitter på samma kol.
Detta leder till att hydroxylen får syrakaraktär, alltså protonen kan lämna i en vattenlösning
Keton
Kolkedja med karbonylgrupp i
Kiralt centrum
Assymetrisk position med stereokemisk potential. För kolatomer i de fall de har fyra olika substituenter bundna till sig.
Meta
Mellanposition
Se hydroxylgruppers förhållande till varandra på en ring
Mättad
- Utan dubbelbindningar
- Fyra enkelbindningar till varje kol
Oligo
Få
- Används vanligen för kedjor med längder mellan 3-20 subenheter
Omättad
vanligen:
Med dubbel och/eller trippelbindningar i strukturen
Orto
Närliggande position
Om substitutenheter på en ring motsvarar när hydroxylgruppernas position i förhållande till varandra
Oxidation
- Lämnar ifrån sig elektroner
- i biokemi ofta kopplat till att mer syre byggs in i en molekyl
Para
Tvärsöver
Om substitutenheter är mittemot, avser hydroxylgruppernas position i förhållande till varandra
Polaritet
- en förskjutning av elektrontäten mellan delar av en molekyl
- Beror på olika atomer eletrkoaffinitet/negativitet
Hur gärna de vill ha elektroner
Ex:
Syre har litet elektronöverskott, delvis negativt laddad
Väte har ett elektronunderskott, delvis positivt laddad
Polymer
Kedja som består av många, >20, enheter
prekursor
Försteg
Reduktion
- Tar emot elektroner
- I biokemi ofta kopplat till att syre förloras från en molekyl eller att väte tas emot
Redox
Reduktion-oxidation
- I reaktioner där reduktion sker
- samtidigt sker oxidation ac ett annat substrat också
Sackarid
Sockerinnehållande förening, sockerart
Substituent
Atom eller grupp av atomer som ersätter en annan grupp på en molekyl vid reaktion.
Terminal
Avslutning, längst ut
Vätebindning
- Polär
- Icke-kovalent
- Fluor-Väte
- Syre-kväve
Alifatisk
Föreningar som består av icke cykliserade kolkedjor
Amingrupp
-NH2 (primäramin)
-NH- (sekundäramin)
Amid
karbonylgrupp och amingrupp invid varandra
Antikropp
Stort protein som uttrycks i mängd av immunförsvaret vid infektion, specifik del i sin struktur som binder till olika antigen
Aromatiskt
Typiskt:
Bensen och strukturer som bygger på bensenringar
- De har alltid konjugerade dubbelbindningar
Asymmetri
I kemi menas ofta att olika grupper runt tetreader är olika
Bas
Ett ämne som i vattenlösning har förmåga att ta upp en proton
Dissociera
Släppa från eller sönderfalla
Exempelvis;
När en proton lämnar en syramolekyl eller när ett socker löses i vatten
Efterledet -at
- Används för salter
- Ofta efterled då en syra lämnat en proton
- Ex då ättiksyra lämnar sin proton kallas den acetat
fenylgrupp
När en bensenring i namngivning betecknas som en funktionell grupp
Ex fenylalanin som är en alanin, där ett av vätena i det ena kolet byts ut mot en bensenring
Fibröst protein
- Strukturella proteiner
- Tertiärstrukturen är utsträckt/långsmal
- Ex kollagen
Fosforylering
En reaktion där en fosfatgrupp kopplas till en struktur
Fysiologiskt pH
Normal rådande pH i kroppen
normal sätt 7.35-7.45
Globulärt protein
Typiskt sfäriska proteiner som är vattenlösliga, med undantag för membranproteiner
Hydroxylering
Reaktion där HO-grupp kopplas till en struktur
G-proteinkopplad receptor
Ett membranprotein (sitter i cellens membran)
- på utsidan specifik bindningsyta för ett hormon eller liknande
- På insidan kopplad till signaleringsfunktion med G-protein
Guanidiniumgrupp
En grupp som bl.a sitter på aminosyran arginin.
Är permanent positivt laddad
Immunoglobin
Samlingsnamn för antikroppar
Betyder egentligen globulärt protein som har med immunförsvaret att göra
Indol
Särskild ringstruktur som bygger upp. ex tryptofan och serotonin
Karboxylering
Reaktion där CO2 kopplas till en struktur
Katalytisk
Påskynande av kemisk process genom tillsatts av katalysator, katalysatorn själv förbrukas inte
Kiral
En struktur som skiljer sig från sin spegelbild
Kondensationsreaktion
- En reaktion
- Två eller fler molekyler sammanfogas
- Samtidigt avgår en restprodukt, vanligen vatten
Metyl
Beteckning på en en-kolgrupp
-CH3
Metylering
Reaktion där en metylgrupp kopplas på
Neurotransmittor
Signalsubstans som verkar i nervsystemet
ex acetylkolin, adrenalin och dopamin
Posttranslationellt
Sker efter translation
Alltså efter proteinet bildats på ribosomen
protoner
Vätekärnor/vätejoner
Svavelbrygga/disulfidbrygga
En -S-S-bindning
- Bildas ofta då två cysteiner reagerar med varandra i en proteinkedja
- s
Stabiliserande, låsande effekt på proteinstrukturen
Syra
Ett ämne med förmåga att avge en proton i vattenlösning
Alloster
- Inbindning till annan plats på ett enzym/protein än det aktiva sätet
Alloster reglering
reglering sker via inbindning till alosteriskt bindningssäta som inte är samma som aktiva sätet där ex katalys sker
Affinitet
- Hur starkt två ämnen binder till varandra
Hög affinitet leder till
Stark bindning
Låg affinitet leder till
svag bindning
Glykosylering
En reaktion där en glukosgrupp kopplas till en struktur
HbA - Adult
En form av hemoglobin som dominerar efter födseln
Hemgrupp
Den poryfyrinstruktur med järn(II) jon i centrum, återfinns i hemoglobin (4 st per hb) och myoglobin (1)
Hydrofil
Polära, vattenlösliga ämnen
Hydrofob
Opolära, löser sig inte väl i vatten
Icke-kovalent bindning
- Involverar inte delning av elektroner mellan molekyler
Jonbindning
Bindning mellan två laddade grupper
Kovalent bindning
- ## Elektroner delas mellan de atomer som deltar i bindningen
Lipofil
Löslig ihop med feta ämnen, är hydrofoba
Messenger-RNA
Budbärar RNA
- Nukleinsyra som bildas med DNA som templat
- går till ribosomer och innehåller ritningen till ett protein som ska bildas
Pyrrolring
Byggsten bl.a i heme
H
I
N
dedär är bindninger
Sigmoidal
S-formad
Van der Waals bindningar
- svaga bindningar
- Uppstår av partiklar som förs nära varandra
Ångström
1/10 nanometer
