Acidi Nucleici Flashcards
strattura del DNA ( singolo nucleotide )
ricordati, il fosfato è legato con il C5 e la base sta al posto dell’idrogeno del gruppo carbonilico in beta al C1.
ricordati lo zucchero è il 2 deossiribosio
l’altra base si lega al carbonio 3’
struttura del nucleotide di RNA
stessa cosa ricordati che lo zucchero è il ribosio
l’altra base si lega al carbonio 3’ sempre con legame fosfoesterico
stabilità basi azotate ( forma chetonica o forma enolica) , forma imminica o forma aminica?
Adenina e citosina, si può trovare sotto 2 forme: amminica e IMMINICA ( doppio legame con l’azoto e l’altro idrogeno sull’azoyto non legato allo zucchero)
Guanina e timina, dalla forma chetonica con doppio legame con l’ossigeno, possono passare alla forma enolica dove l’idrogeno va a legarsi all’ossigeno.
NEGLI AC. NUCLEICI LA FORMA PIU’ STABILE è LA CHETONICA E LA AMMINICA.
come è fatta la catena polinucleotidica ?
i legami lungo la catena sono legami FOSFODIESTERE
e si instaurano fra un residuo di fosfato contemporaneamente legato sia all’ossidrile del carbonio 3’ sia a quello del carbonio 5’.
se un nucleotide della catena ha l’estremità 5’ libera allora sarà il nucleotide iniziuale
se invece ad essere libero è il carbonio legato all’ossidrile in posizione 3’ allora sarà quello FINALE della catena.
ECCO PERCHè LA CATENA VA DA 5’ A 3’
come mai si chiama ACIDO NUCLEICO
a ph fisiologico lungo la catena i fosfati sono tutti deprotonati nformando un adensità di carica negativa
come si forma il legame fosfo di estere ?
considero una catena polinucleotidica a cui voglio aggiungere un nuovo deossinucleotide quindi una catena di dna nascente
un deossinucleotide con 3 gruppi fosfato reagisce, IL GRUPPO OH SUL 3’ del nucleotide precedente nella catena ( CARBONIO FINALE LIBERO
) FA UN ATTACCO NUCLEOFILO SUL FOSFATO del nucleotide che si sta aggiungendo, e con l’uscita di un gruppo pirofosfato ( con 2 molecole di fosfato ) si forma il legame fosfodiesterico. Questo lascerà libero l’0h sul carbonio 3, che quindi potrà continuare la reazione.
L’ENZIMA CHE CATALIZZA è LA DNA POLIMERASI
i Filamenti sono disposti in maniera antiparallela
avremo una estremità 5’ 3 ‘ ed una 3’ 5’
questi accoppiamenti sono stabilizzati da legami ad idrogeno fra le basi azotate, ( 2 fra adenina e timina e 3 fra citosina e guanina ) e anche da interazioni idrofibiche lungo la catena
Qual’è la struttura secondaria del DNA ?
-esso ha una struttura ad doppia elica destrorsa
-Sono possibili più varianti, diverse in base ai fattori:
1) IL LEGAME N- GLICOSIDICO, PUO’ INSTAURARSI con la B.A dalla stessa parte ( sin) o d parte opposta ( anti ) allo zucchero.
2) CONFORMAZIONE DEL CARBONIO DELLO ZUCCHERO: la forma più stabile dello zucchero pentoso è quella a busta. il C2 può essere sollevato (stessa parte del carbonio 5, quindi endo, oppure eso )
stessa cosa per il carbonio 3 !
3) rotazione dei legami del fosfo deossiribosio
Quando sono favorite Forma A, B o Z ?
Forma A: in condizioni di scarsità di acqua e ha il diametro più grande, andamento destrorso
Forma Z: ha elica SINISTRORSA, ha DIAMETRO MINORE, RISPETTO ALLE ALTRE.
Forma B: la ritroviamo nelle nostre cellule, andamento destrorso
Denaturazione del DNA
-governata dalla legge di Gibbs
-un delta G positivo porta alla rinaturazione
-delta G negativo porta alla denaturazione
-Fattori che influenzano il distacco:
1) il fatto che ci siano cariche negative lungo il filamento, causa la repulsione, quindi il distacco e quindi la denaturazione
2) la denaturazione porta ad un sistema più disordinato quindi un aumento di entropia
Bisogna considerare però anche la variazione di entalpia:
il delta H risulta alto a causa del fatto che i legami ad idrogeno e le interazioni di wan der waals stabilizzano il filamento
abbiamo la doppia elica perchè IL VALORE DI DELTA H SUPERA IL VALORE DI T DELTA S.
Come influenza la denaturazione il fattore temperatura?
a basse temperature il Dna si trova in forma nativa
superata una Tm ( melting= fusione ) il Dna comincia a denaturarsi molto velocemente.
come seguo il processo di denaturazione usando la spettrofotometria?
sapendo che le basi azotate ( aromatiche ) hanno una assorbanza maggiore a 260 nm, e sapendo che l’assorbimento è maggiore quando le basi sono distaccate ( più esposte ) comprendo che il dna nativo assorbe di meno rispetto a quello denaturato, tasle effetto è chiamato effetto IPOCROMICO
man mano che quindi aumento la temperatura osserverò un picco nell’assorbanza.
Come è fatto l’RNA messaggero
-la sua lunghezza dipende dal messaggio da trascrivere
- trasferisce l’informazione genetica dal nucleo al citoplasma.
-viene subito degradato dopo aver svolto la sua funzione
- la trascrizione ad opera della RNA polimerasi
- subito dopo la sintesi gli viene aggiunto un CAP a livello del 5’ fosfato.
-questo comporta l’aggiunta della 7-metilguanosina con 3 gruppi fosfato che si lega al primo nucleotide dell’mRna che si sta formando
-questo serve a proteggere il trascritto dalla degradazione delle ribonucleasi
-il trascritto primario contiene sequenze codificanti e non ( esoni ed introni) e in seguito a processi di splicing, si tagliano introni e si uniscono esoni.
-sul trascritto maturo sil cartbonio 3’ ( parte finale ) si aggiungono una serie di adenine ( POLIADENILAZIONE )
-mentrre nei procarioti questo serve a degradare più velocemente l’rna, negli EUCARIOTI serve ad evitare degradazione.
Come è fatto l’RNA RIBOSOMIALE ?
rappresenta circa il 75% del Rna totale, esso fa da impalcatura fra le subunita de ribosomi. lL a dimensione di essi dipende da i coefficienti di sedimentazione ( s )
come è fatto l’Rna transfer
- ha la funzione di trasportare amminoacidi
-sono fatti da circa 90 nucleotidi
-presentano zone particolari come l’ansa D con purine o pirimidine insolite
-hanno una tripletta ( anticodone ) complementare alla tripletta dell’mRna
-c’è n’è, uno specifico per ogni amminoacido
-ogni AA è legato all’estremità 3’ oh, dove si forma un legame estere ( non c’è il forsforo) tra l’oh sul C3 del trna e Il cooh dell carbonio alfa dell’amminoacido.
poichè il codice genetico è degenerato, a più codoni corrsiponde uno stesso AA.
