9. Regeling TXN bij eukaryoten Flashcards
Wat is Giemsa kleurstof ?
kleuring van A/T-rijke gebieden waardoor specifieke bandenpatronen ontstaan
Wat doen kankercellen ?
frequente translocatie of uitwisselen van chromosoomfragmenten waardoor de genexpressie verstoord is en er ocogenen/tumersuppresorgenen ontstaan
Wat is de paternosterstructuur ?
beads on a string (nucleosomen)
Wat zijn nucleosomen ?
basic unit chromatine : 146 bp lang DNA en 8 histonen
Wat is een hand shake ?
dimerisatie tussen H2A en H2B en tussen H3 + en H4
Hoe ziet de hogere organisatie eruit van chromatine ?
vorm van histon-octameer : wigvorm - zo passen nucleosomen tegen elkaar met een solenoïde van telkens 30 nm
Wat weet je over de solenoïde rond de histons ?
Afhankelijk van histon 1 :
* euchromatine : 300 nm
* heterochromatine : 700 nm
* 10% constitutief euchromatine
* 10% constitutief heterochromatine : rond centromeren en telomeren dat niet-coderend is (satelliet DNA)
Wat vinden we terug in fruitvliegen ?
Reuzenchromosomen
= polytene chromosomen die ontstaan zijn doordat DNA repliceerd en homologe ketens naast elkaar blijft terwijl de cel niet meer deelt
Wat zijn puffs ?
Ontstaan op plaatsen waar vroeger heterochromatine was
* Op die plaats actief RNA pol II en nieuw gevormd RNA
Hoe wordt de controle van TXN regeling doorgegeven aan dochtercellen ?
via de structuur van chromatine en NIET via de DNA seq
= epigenetische controle
Wat is epigenetische controle ?
Doorgeven van info via structuur chromatine en NIET via DNA sequentie
Wat doen epigenetische modificaties ?
modificaties aan de promotoreb zorgen ervoor dat dit deel van het genoom NIET tot expressie zal komen (heterochromatine)
Wat is een Barr-lichaampje ?
donker lichaampje in kern van elke vrouwelijke cel
= sterk gecondenseerd x-chromosoom (inactief)
Wat is het XIC ?
= x-inactivatie centrum
* inactivering van 1 x-chromosoom bij vrouwelijke zoogdieren start hieruit
* bevat gen voor een RNA dat niet tot TLN komt (XIST)
Wat is het XIST ?
= x-inactivation specific transcript
* signaal voor chromatine-condensatie
* gaat niet over naar ander x-chromosoom
Hoe gebeurt x-inactivering ?
willekeurig en na een aantal deling van de bevruchte eicel
* inactieve x wordt gecondenseerd tot heterochromatine
Wat is er typisch aan geïnactiveerde x-chromosomen ?
ze zijn gekenmerkt door XIST-RNA
= gemethyleerde cytosines en aanwezigheid van histon 2A variant
Wat is epi-genetische controle ?
signalen voor controle liggen in de modificatie
* bij hemi-gemethyleerd DNA (1 streng gemethyleerd) gaat er een signaal gegeven worden om op de andere streng de cytosines ook de methyleren
Waar treedt x-inactivatie niet op ?
in kiemcellen
Wat was het experiment met ADE gen ?
Gist met gen = wit / mutatie = rode kolonie
* Als gewoon ADE-gen verplaatst wordt in de buurt van een telomeer = rode en witte vlekken (ADE gen wel nog actief maar inactief gebied van telomereren kan uitbreiden zodat genen niet meer tot TXN komen)
Wat was het experiment met de oogkleur van fruitvliegen ?
- white gen : witte ogen
- translocatie van white gen naar fragment in heterochromatine resulteerd in inactivering
- soms inactivering omgekeerd en was er een mozaïk patroon in de ogen
Wat begrenst het hetero-/euchromatine ?
insulators
* stroomopwaarts of stroomafwaarts van veel genen
Wat is genomic imprinting ?
Slechts 1 allel van ouders komt tot expressie - bepaalt voor bevruchting door DNA methylatie
* Parentale genen door modificatie van omliggend chromatine blijven inactief
Wat zijn enhancers ?
zones in het genoom die 10 - 100 ‘en bp lang zijn en een gen kunnen beïnvloeden vanop grote afstand
* Onafhankelijk van oriëntatie tov promotor
* Modulaire structuur : korte DNA motieven (vaak palindromisch)
* DNA seq = Cis-acting elements (tov TXN factoren = trans)
Wat zijn TF ?
= transcriptie factoren
* eiwitten die transcriptie beïnvloeden van nabije promotoren en binden aan enhancersequenties
* hebben grote specificiteit en affiniteit
* DBD en transactivatiedomeinen
Wat zijn transactivatiedomeinen ?
activeren TXN van nabije doelwitorganen
Wat is een DBD ?
= DNA bindend domein
* DNA binding door specifieke interacties tussen AZ residu’s in TXN factoren
* vaak alfa - helices in grote groeve van DNA
* DBD van TF dimeriseren vaak voor vergroting van specifiteit en affiniteit
Welke 4 types DBD’s interageren met specifieke DNA seq ?
- Helix-turn-helix
- homeobox
- zinkvingers
- Leucine-zipper
Wat is een helix-turn-helix ?
Vaak teruggevonden in TF
* 1 α – helix in grote groef en andere zal stabiliserend werken
* Bij prok operons en cAMP responsive protein
* Ze dimeriseren
Wat is een homeobox ?
Specifieke AZ seq in switches
* 3 alfa helices (1 voor in grote groef en 2 voor stabilisatie
* Genen vaak in tandem op chromosoomfragment
* In kopstaart richting
* PAX 6 = eyeless gen bij mensen maar zorgt niet voor fruitvlieg zonder ogen doordat ze facet ogen hebben
Wat zijn switches ?
Zorgen voor aanmaak lichaamsdelen
Wat zijn zinkvingers ?
- Cys en His hebben interactie met zink
- Gevouwen in alfa helices en bèta sheets
- alfa-helix past in grote groeve van DNA waardoor er specifieke DNA-proteïne interactie mogelijk is
- vb. AR DBD : androgeen-receptor DNA bindend domein
Wat is het AR DBD ?
= androgeen-receptor DNA bindend domein
* palindroom herkenning door 1ste zinkvinger
* terwijl 2de zorgt voor eiwitdimerisatie zodat een 2de DBD zal binden met seq in andere streng
Wat is een leucine zipper ?
- Leu aan zelfde kant van α-helix door regelmatige afstand = dimerisatie mogelijk (om de 7 residu’s een Leu of Ileu)
- Verlenging alfa helices interageren met grote groef
- Helicaal wheel
- Amphipathische helix
- Langs hydrofobe zijde : eiwit-eiwit interacties
Wat is een helicaal wheel ?
= alfa helix loodrecht op blad en zijketens ( positie a en d = hydrofobe interacties)
Wat is een amphipatische helix ?
= langs andere kant helix geladen residuen
Wat is Chip ?
= chromatin immunopricipitatie essay
* techniek om alle bindingsplaatsen in het genoom te bepalen
Wat is een mediator ?
helpt in de onrechtstreekse interactie van activatiedomeinen met componenten van het TIC zoals TAF’s
Wat is een AD ?
Activatie domein van TF :
* eiwit-bindingsplaatsen
* co-regulatoren : vertonen enzymatische activiteit
* interactie met componenten van TIC via mediators
Wat is een histonstaart ?
aminoterminale einde van histonen die uit nucleosomen steken
* Lys en Arg kunnen elektrostatisch interageren met de neg lading van de fosfaatruggengraat
* Lys en Arg kunnen geacetyleerd of gemethyleerd worden zodat chromatine een meer open structuur heeft zodat RNA poly II makkelijker kan binden
Wat zijn chromatine remoddeling complexen ?
herkennen modificaties van lys en Arg, die modificaties geven aanleiding tot verschillende processing van chromatine en DNA
* binden aan gemodificieerde histonstaart
vb. HAT : op lysine en herkent door bromodomein
vb. HMT : op lysine en herkent door chromodomein
Wat is miRNA ?
= micro RNA
* Korte fragmenten RNA in cytoplasma
* Hybridiseren met 3’ UTR
* 100% complementariteit = afbraak mRNA dus gen expressie gen en geen aanmaak eiwit
* Niet 100% complementair = hybridisatie leidt tot transport mRNA naar p-bodies waar geen TLN kan gebeuren maar het proces is omkeerbaar
* 1 miRNA kan bepaald proces controleren
* 1 mRNa geregeld door meerdere miRNA
* Ook miRNAs in intronseq van eiwitcoderende genen
* Geprocest uit 1 lang transcript : 1 gen codeert voor verschillende miRNAs - korte haarspelstructuren in lage TXN eruit geknipt door dsRNasen
Wat is een UTR ?
= untranslated region
Wat is een Dicer-complex ?
zal haarspelden uit langere transcripten verder knippen tot dubbelstrengig RNA
Wat is dsRNAse ?
knipt kortere haarspeldstructuren uit langere transcripten van miRNA
Wat is een RISC-complex ?
= RNA-induced silencing complex
* incorporeerd 1 streng van het dubbelstrengig RNA
* transport naar P-bodies waar RNA inactief wordt gehouden
Wat is RNAi ?
= RNA interference
* korte RNA’s werken als inhibitor van eiwitexpressie
Wat is shRNA ?
korte RNA hairpins die tot expressie komen en door Dicer worden omgezet tot miRNA of 21-22 nucleotide lang dubbelstrengig RNA
Wat is siRNA ?
= short interference RNA
* 1 streng shRNA hybridiseert met 1 mRNA meestal thv ORF
* via RISC naar mRNA geleid, dat wordt afgebroken door cellulaire RNAse
Wat is lncRNA ?
= long non-coding RNA
codeert niet maar werkt als bindingsplaats voor verschillende eiwitten
vb. SRA : steroïd receptor RNA activator
