Brainscape's Knowledge GenomeTM

Browse over 1 million classes created by top students, professors, publishers, and experts.


See full index

Moleculaire biologie > 9. Regeling TXN bij eukaryoten > Flashcards

9. Regeling TXN bij eukaryoten Flashcards

1
Q

Wat is Giemsa kleurstof ?

A

kleuring van A/T-rijke gebieden waardoor specifieke bandenpatronen ontstaan

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Wat doen kankercellen ?

A

frequente translocatie of uitwisselen van chromosoomfragmenten waardoor de genexpressie verstoord is en er ocogenen/tumersuppresorgenen ontstaan

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Wat is de paternosterstructuur ?

A

beads on a string (nucleosomen)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Wat zijn nucleosomen ?

A

basic unit chromatine : 146 bp lang DNA en 8 histonen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Wat is een hand shake ?

A

dimerisatie tussen H2A en H2B en tussen H3 + en H4

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Hoe ziet de hogere organisatie eruit van chromatine ?

A

vorm van histon-octameer : wigvorm - zo passen nucleosomen tegen elkaar met een solenoïde van telkens 30 nm

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Wat weet je over de solenoïde rond de histons ?

A

Afhankelijk van histon 1 :
* euchromatine : 300 nm
* heterochromatine : 700 nm
* 10% constitutief euchromatine
* 10% constitutief heterochromatine : rond centromeren en telomeren dat niet-coderend is (satelliet DNA)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Wat vinden we terug in fruitvliegen ?

A

Reuzenchromosomen
= polytene chromosomen die ontstaan zijn doordat DNA repliceerd en homologe ketens naast elkaar blijft terwijl de cel niet meer deelt

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Wat zijn puffs ?

A

Ontstaan op plaatsen waar vroeger heterochromatine was
* Op die plaats actief RNA pol II en nieuw gevormd RNA

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Hoe wordt de controle van TXN regeling doorgegeven aan dochtercellen ?

A

via de structuur van chromatine en NIET via de DNA seq
= epigenetische controle

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Wat is epigenetische controle ?

A

Doorgeven van info via structuur chromatine en NIET via DNA sequentie

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Wat doen epigenetische modificaties ?

A

modificaties aan de promotoreb zorgen ervoor dat dit deel van het genoom NIET tot expressie zal komen (heterochromatine)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Wat is een Barr-lichaampje ?

A

donker lichaampje in kern van elke vrouwelijke cel
= sterk gecondenseerd x-chromosoom (inactief)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Wat is het XIC ?

A

= x-inactivatie centrum
* inactivering van 1 x-chromosoom bij vrouwelijke zoogdieren start hieruit
* bevat gen voor een RNA dat niet tot TLN komt (XIST)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Wat is het XIST ?

A

= x-inactivation specific transcript
* signaal voor chromatine-condensatie
* gaat niet over naar ander x-chromosoom

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Hoe gebeurt x-inactivering ?

A

willekeurig en na een aantal deling van de bevruchte eicel
* inactieve x wordt gecondenseerd tot heterochromatine

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

Wat is er typisch aan geïnactiveerde x-chromosomen ?

A

ze zijn gekenmerkt door XIST-RNA
= gemethyleerde cytosines en aanwezigheid van histon 2A variant

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

Wat is epi-genetische controle ?

A

signalen voor controle liggen in de modificatie
* bij hemi-gemethyleerd DNA (1 streng gemethyleerd) gaat er een signaal gegeven worden om op de andere streng de cytosines ook de methyleren

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

Waar treedt x-inactivatie niet op ?

A

in kiemcellen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
20
Q

Wat was het experiment met ADE gen ?

A

Gist met gen = wit / mutatie = rode kolonie
* Als gewoon ADE-gen verplaatst wordt in de buurt van een telomeer = rode en witte vlekken (ADE gen wel nog actief maar inactief gebied van telomereren kan uitbreiden zodat genen niet meer tot TXN komen)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
21
Q

Wat was het experiment met de oogkleur van fruitvliegen ?

A
  • white gen : witte ogen
  • translocatie van white gen naar fragment in heterochromatine resulteerd in inactivering
  • soms inactivering omgekeerd en was er een mozaïk patroon in de ogen
22
Q

Wat begrenst het hetero-/euchromatine ?

A

insulators
* stroomopwaarts of stroomafwaarts van veel genen

23
Q

Wat is genomic imprinting ?

A

Slechts 1 allel van ouders komt tot expressie - bepaalt voor bevruchting door DNA methylatie
* Parentale genen door modificatie van omliggend chromatine blijven inactief

24
Q

Wat zijn enhancers ?

A

zones in het genoom die 10 - 100 ‘en bp lang zijn en een gen kunnen beïnvloeden vanop grote afstand
* Onafhankelijk van oriëntatie tov promotor
* Modulaire structuur : korte DNA motieven (vaak palindromisch)
* DNA seq = Cis-acting elements (tov TXN factoren = trans)

25
Q

Wat zijn TF ?

A

= transcriptie factoren
* eiwitten die transcriptie beïnvloeden van nabije promotoren en binden aan enhancersequenties
* hebben grote specificiteit en affiniteit
* DBD en transactivatiedomeinen

26
Q

Wat zijn transactivatiedomeinen ?

A

activeren TXN van nabije doelwitorganen

27
Q

Wat is een DBD ?

A

= DNA bindend domein
* DNA binding door specifieke interacties tussen AZ residu’s in TXN factoren
* vaak alfa - helices in grote groeve van DNA
* DBD van TF dimeriseren vaak voor vergroting van specifiteit en affiniteit

28
Q

Welke 4 types DBD’s interageren met specifieke DNA seq ?

A
  • Helix-turn-helix
  • homeobox
  • zinkvingers
  • Leucine-zipper
29
Q

Wat is een helix-turn-helix ?

A

Vaak teruggevonden in TF
* 1 α – helix in grote groef en andere zal stabiliserend werken
* Bij prok operons en cAMP responsive protein
* Ze dimeriseren

30
Q

Wat is een homeobox ?

A

Specifieke AZ seq in switches
* 3 alfa helices (1 voor in grote groef en 2 voor stabilisatie
* Genen vaak in tandem op chromosoomfragment
* In kopstaart richting
* PAX 6 = eyeless gen bij mensen maar zorgt niet voor fruitvlieg zonder ogen doordat ze facet ogen hebben

31
Q

Wat zijn switches ?

A

Zorgen voor aanmaak lichaamsdelen

32
Q

Wat zijn zinkvingers ?

A
  • Cys en His hebben interactie met zink
  • Gevouwen in alfa helices en bèta sheets
  • alfa-helix past in grote groeve van DNA waardoor er specifieke DNA-proteïne interactie mogelijk is
  • vb. AR DBD : androgeen-receptor DNA bindend domein
33
Q

Wat is het AR DBD ?

A

= androgeen-receptor DNA bindend domein
* palindroom herkenning door 1ste zinkvinger
* terwijl 2de zorgt voor eiwitdimerisatie zodat een 2de DBD zal binden met seq in andere streng

34
Q

Wat is een leucine zipper ?

A
  • Leu aan zelfde kant van α-helix door regelmatige afstand = dimerisatie mogelijk (om de 7 residu’s een Leu of Ileu)
  • Verlenging alfa helices interageren met grote groef
  • Helicaal wheel
  • Amphipathische helix
  • Langs hydrofobe zijde : eiwit-eiwit interacties
35
Q

Wat is een helicaal wheel ?

A

= alfa helix loodrecht op blad en zijketens ( positie a en d = hydrofobe interacties)

36
Q

Wat is een amphipatische helix ?

A

= langs andere kant helix geladen residuen

37
Q

Wat is Chip ?

A

= chromatin immunopricipitatie essay
* techniek om alle bindingsplaatsen in het genoom te bepalen

38
Q

Wat is een mediator ?

A

helpt in de onrechtstreekse interactie van activatiedomeinen met componenten van het TIC zoals TAF’s

39
Q

Wat is een AD ?

A

Activatie domein van TF :
* eiwit-bindingsplaatsen
* co-regulatoren : vertonen enzymatische activiteit
* interactie met componenten van TIC via mediators

40
Q

Wat is een histonstaart ?

A

aminoterminale einde van histonen die uit nucleosomen steken
* Lys en Arg kunnen elektrostatisch interageren met de neg lading van de fosfaatruggengraat
* Lys en Arg kunnen geacetyleerd of gemethyleerd worden zodat chromatine een meer open structuur heeft zodat RNA poly II makkelijker kan binden

41
Q

Wat zijn chromatine remoddeling complexen ?

A

herkennen modificaties van lys en Arg, die modificaties geven aanleiding tot verschillende processing van chromatine en DNA
* binden aan gemodificieerde histonstaart
vb. HAT : op lysine en herkent door bromodomein
vb. HMT : op lysine en herkent door chromodomein

42
Q

Wat is miRNA ?

A

= micro RNA
* Korte fragmenten RNA in cytoplasma
* Hybridiseren met 3’ UTR
* 100% complementariteit = afbraak mRNA dus gen expressie gen en geen aanmaak eiwit
* Niet 100% complementair = hybridisatie leidt tot transport mRNA naar p-bodies waar geen TLN kan gebeuren maar het proces is omkeerbaar
* 1 miRNA kan bepaald proces controleren
* 1 mRNa geregeld door meerdere miRNA
* Ook miRNAs in intronseq van eiwitcoderende genen
* Geprocest uit 1 lang transcript : 1 gen codeert voor verschillende miRNAs - korte haarspelstructuren in lage TXN eruit geknipt door dsRNasen

43
Q

Wat is een UTR ?

A

= untranslated region

44
Q

Wat is een Dicer-complex ?

A

zal haarspelden uit langere transcripten verder knippen tot dubbelstrengig RNA

45
Q

Wat is dsRNAse ?

A

knipt kortere haarspeldstructuren uit langere transcripten van miRNA

46
Q

Wat is een RISC-complex ?

A

= RNA-induced silencing complex
* incorporeerd 1 streng van het dubbelstrengig RNA
* transport naar P-bodies waar RNA inactief wordt gehouden

47
Q

Wat is RNAi ?

A

= RNA interference
* korte RNA’s werken als inhibitor van eiwitexpressie

48
Q

Wat is shRNA ?

A

korte RNA hairpins die tot expressie komen en door Dicer worden omgezet tot miRNA of 21-22 nucleotide lang dubbelstrengig RNA

49
Q

Wat is siRNA ?

A

= short interference RNA
* 1 streng shRNA hybridiseert met 1 mRNA meestal thv ORF
* via RISC naar mRNA geleid, dat wordt afgebroken door cellulaire RNAse

50
Q

Wat is lncRNA ?

A

= long non-coding RNA
codeert niet maar werkt als bindingsplaats voor verschillende eiwitten
vb. SRA : steroïd receptor RNA activator

Moleculaire biologie (10 decks)

Brainscape helps you reach your goals faster, through stronger study habits.
© 2024 Bold Learning Solutions. Terms and Conditions