Brainscape's Knowledge GenomeTM

Browse over 1 million classes created by top students, professors, publishers, and experts.


See full index

Moleculaire biologie > 2. DNA replicatie > Flashcards

2. DNA replicatie Flashcards

1
Q

3 mogelijkheden om DNA door te geven

A
  • conservatief
  • semi-conservatief : bij de mens
  • dispersief
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Hoe werkt semiconservatieve doorgeving van DNA ?

A

dochtercel krijgt DNA : 1 streng van moedercel en 1 nieuw aangemaakte streng

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Experiment van Watson en Crick

A

Inbouw van denser 15N in DNA - samen met bacteriën met lichter 14N in densiteit centrifuge
* Eerste hybride DNA molecule = 50% zware ketens en 50% lichte ketens (1 streng met N15 wordt van de moeder doorgegeven en 1 streng wordt aangemaakt met N14 uit het medium)
* Tweede generatie = DNA heeft nog lagere dichtheid want 1 van de strengen wordt doorgegeven aan de dochtercel maar deze kan maar 1op 2 kansen N15 bevatten

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Wat is DNA polymerase?

A

een enzyme dat instaat voor DNA synthese
* op basis van deoxyrebonucleotiden gaat het DNA aanmaken
* deoxyribonucleoside-monofosfaten activeren door 2 fosfaatgroepen toe te voegen door kinasen
* 3’OH groep nodig om te kunnen polymeriseren want kunnen zelf niet starten met DNA-replicatie
* polymerisatie door alfa - fosfaat - 5’C van bestaande streng een complementaire base te selecteren
* purofosfaat van dNTP wordt verwijderd en verder gehydrolyseerd tot anorganisch fosfaat

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Wat is een ORI ?

A

= origin of replication
* startpunt van DNA replicatie
* strengen gaan uit elkaar en synthese van nieuwe strengen begint

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Wat is Helicase ?

A
  • enzyme van 6 moleculen in een ring
  • 1 van strengen wordt door ring gehaald waarvoor ATP hydrolyse nodig is
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Wat is Topoisomerase I ?

A

een enzyme dat superwindingen relaxeert door 1 streng te openen waardoor de andere streng vrij kan ronddraaien - later wordt streng terug gesloten

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Wat is Topoisomerase II ?

A

een enzyme dat superwindingen introduceert
* Beide strengen worden verbroken en de tweede helix wordt door de opening gehaald - later wordt origenele helix herstelt
* heeft specifieke inhibitoren die verschillen tussen eurkaryoten en prokaryoten

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Wat is Camptothecin ?

A

> Schors van Campotheca
* anti-tumor agens dat topoisomerase I inhibeert
* replicatie wordt bemoeilijkt

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Wat is SSBP ?

A

= single stranded binding protein
* beschermd enkelstrengig DNA tegen afbraak

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Wat is primase ?

A
  • maakt 3’OH uiteinden aan
  • RNA polymerase : korte RNA fragmenten complementair maken aan enkelstrengig DNA - die worden vastgehecht met primase
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Welke soorten DNA polymerase zijn er (E. Coli) ?

A
  • DNA polymerase III > E. Coli : kan DNA aanmaken van 5’-3’
  • DNA polymerase I > E. Coli : gaat primer vervangen door DNA (ook RNA primer aan uiteinde van Okazaki fragment)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Wat is de sliding Clamp ?

A

eiwit dat DNA polymerase in plaats houdt en zorgt dat synthese processief gebeurt

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Welke 3 enzymatische activiteiten zijn er bij DNA polymerase ?

A
  • 5’-3’ polymerase activiteit
  • 5’-3’ exonuclease activiteit : RNA primers verwijderen
  • 3’-5’ exonuclease voor proofreading
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Wat is het princiepe van proofreading ?

A
  • indien foute nucleotide zijn ingebouwd, kunnen er geen correcte waterstofbruggen vormen
  • nucleotide niet meer in polymerase site - wel in exonuclease centrum
  • het nucleotide wordt afgesplitst

bij juiste nucleotide, wordt conformatieverandering in enzyme geintroduceerd door H-bruggen waardoor polymerase centrum kan werken

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Wat is DNA ligase ?

A
  • gaat 2 uiteinden van nicks met elkaar verbinden : 3’OH van DNA dat primer vervangt en 5’ P van DNA
  • vergt ATP hydrolyse
16
Q

Wat is de leading strand ?

A

de streng die in de 5’-3’ richting loopt
= volledig processief

17
Q

Wat is de lagging strand ?

A

de streng die in de 3’-5’ loopt
meerdere korte RNA primers met korte DNA fragmenten ertussen
* RNA wordt verwijderd door DNA poly I > prokaryoten of het herstelpolymerase > eukaryoten

18
Q

Wat is er speciaal aan het ORI van prokaryoten ?

A
  • specifieke fragmenten genomisch DNA
  • veel A-T baseparen
19
Q

Welke 3 eiwitten zijn betrokken bij de start van replicatie bij prokaryoten ?

A
  • DnaA : initiator proteine
  • DnaB : helicase
  • DnaC : helicase inhibitor
20
Q

Hoe ziet de start van DNA replicatie eruit bij prokaryoten ?

A
  • bindt aan 9-mers
  • 40 tal DnaA’s gaan complexeren
  • grotere torsie op DNA waardoor 13-mers gaat denaturern
  • DnaC gaat DnaB afzetten
  • 6 DnaB eiwitten gaan een ringstructuur vormen dat DNA uit elkaar kan halen
  • ATP hydrolyse nodig
21
Q

Hoeveel ORI’s zijn er in circulair DNA van prokaryoten ?

A

1

22
Q

Hoeveel ORI’s bevat chromosomaal DNA van eukaryoten ?

A

3.10^4

23
Q

Hoe vaak start DNA replicatie bij eukaryoten ?

A

Replicatie start 1x per ORI, per celcyclus

24
Q

Wat is een ORC ?

A

=Origin recognition complex
* eiwit complex op elk ORI dat specifieke sequenties herkent zoals cdc6 of Cdk

25
Q

Wat is cdc6 ?

A

= cell division cycle
* associeert met ORC in vroege G1 fase
* vormt helicase ringen die een pre-replicatie complex vormen

26
Q

Wat is Cdk ?

A

= cycline-dependent kinase
* activeert replicatie-start in de S-faze
* enzymes gaan naar replicatievork (vb. helicase wordt gefosforyleerd)
* verhindert re-replicatie : dissociatie cdc6 van het ORC door fosforilatie en herkenning door ubiquinine/proteasoom systeem
* teveel helicase subunits uit de kern gepompt
* activiteit stopt aan het einde van mitose waardoor cdc6 en helicase niet meer gefosforyleerd worden

27
Q

Hoe eindigt DNA replicatie bij prokaryoten ?

A
  • bijna alle DNA is gerepliceerd : 2 replicatievorken lopen in elkaar over = 2 DNA cirkels
  • 2 dochterchromosomen aan celwand vastgehecht : tijdens celdeling zijn er aanhechtingspunten in elke dochtercel
28
Q

Hoe eindigt DNA replicatie bij eukaryoten ?

A
  • leading strand wordt processief aangemaakt en de replicatie-machinery komt los van volledig dubbelstrengig DNA
  • replicatie lagging strand is discontinu : start bij RNA primer maar einde chromosoom kan niet worden aangemaakt omdat primase niet kan vasthechten dus RNA primer kan niet vervangen worden
  • DNA eindigd op deze manier enkelstrengig - oplossing : telomeren (uiteinde wordt langer gemaakt zodat primase wel kan aangrijpen)
  • tijdens interfase zal het uiteinde nog steeds enkelstrengig zijn : DNA uiteinde gaat een heel stuk terug het dubbelstrengig DNA binnendringen = tripple helix - ontstaat lasso-structuur waardoor het enkelstrengig DNA niet herkent wordt door DNAse en herstelmechanismen
29
Q

Wat zijn telomeren ?

A

herhalingen van korte sequenteis dat ervoor zorgt dat er geen info tijdens de replicatie verloren gaat en beschermt het chormosoom uiteinde

30
Q

Wat is telomerase ?

A

een enzym dat korte DNA sequenties aanmaakt a.d.h.v. eigen template (RNA)
* grijpt aan enkelstrengig DNA en verlegt het voor een kort stukje
* proces wordt herhaald zodat men repetitieve sequenties krijgt op het einde
* princiepe : reversed transcriptase
* enkel actief in voortplantingscellen, stamcellen en kankercellen

31
Q

Wat is reversed transcriptase ?

A

DNA synthese op basis van RNA template

32
Q

Wat is PCR ?

A

= polymerase chain reaction
het is een manier om snel en veel DNA fragmenten aan te maken in vitro

33
Q

Welke stappen zijn er in PCR ?

A
  1. denaturatie : temperatuur tot 95°C
  2. hybridisatie : 2 oligonucleotide-primers die complementair zijn aan 3’ uiteinden, gaan hybridiseren met 1 van de 2 gedenatureerde strengen, temperatuur zal dalen tot 65°C
  3. elongatie : 3’OH einde van primer wordt herkent door DNA polymerase waardoor DNA synthese kan opgestart worden met oorsponkelik DNA als template

stappen typisch 25x herhaald

34
Q

Wat is Taq polymerase ?

A

DNA polymerase van Thermophilus Aquaticus bacterie dat gekloond is zodat het tegen hoge temperatuur resistent is

Moleculaire biologie (10 decks)

Brainscape helps you reach your goals faster, through stronger study habits.
© 2024 Bold Learning Solutions. Terms and Conditions