1. DNA Flashcards
Wat zijn de biochemische defenities van het Leven ? (7)
- afgescheiden
- energie-opname en -verbruik
- groei
- voortplanting
- beweging
- interpretatie van prikkels
- communicatie
Wat houdt moleculaire biologie in?
de chemische processen in levende wezens
Wat zijn genen?
informatie-bevattende elementen die coderen voor ergelijke eigenschappen
Bespreek de studies van Mendel
- waarneembare eigenschappen tot overerbare eenheden teruggebracht
- elke cel bevat 2 gekoppelde genen met meerdere allelen
- gen kan dominant, recessief of intermediar zijn
Alkaptonurie
> Garrod
= stofwisselingsziekte waarbij 1 defect gen zorgt voor 1 defect enzym
* zeldzame aandoening met uiteenlopende symptomen :
* urine van baby’s is zwart na contact met lucht
* hogere concentraties homogentisinezuur die normaal afgebroken zouden worden mbv enzyme
* recessief kenmerk
Op welke 2 manier kunnen we componenten zuiveren van een cel?
- homogeniseren : weefsel of cellen in detergent op te lossen - membraan gaat gedeeltelijk oplossen OF sonificatie waardoor celwanden breken door hoge intensiteit van ultrasoon geluid
- fracties oplossen door centrifugatie : differentiële centrifugatie of densiteitscentrifugatie
Hoe werkt het princiepe van differentiële (ultra)centrifugatie ?
- detergenten of mechanisch breken
- homogenaat filteren
- filtraat met lage rotatiesnelheid centrifugeren : grote organellen zinken naar bodem = pellet / bovenste oplossing = supernatans
- pellet in nieuwe buffer en supernatans met hogere snelheid centrifugeren (ultra = hoge toerental = hoge g-krachten)
Hoe werkt het princiepe van densiteitscentrifuge ?
- verschillende lagen sucrose met verschillende dichtheid in proefbuis met dalende concentratie
- bovenop wordt celhomogenaat gebracht
- centrifuge op hoog toerental : organellen migreren naar laag met gelijke densiteit als hen (opwaartse druk = neerwaartse druk)
Welke stoffen kan je gebruiken voor densiteitscentrifuge ?
- sucrose
- cesiumcloride : goed voor zeer kleine verschillen in densiteit
Wat houdt het experiment van Griffith in ?
- 2 stammen Streptococcus pneumoniae vergelijken
- S-stam : gladde (smooth) vorm die longontsteking veroorzaken
- R-stam : ruwe (rough) vorm die geen longontsteking bij muizen veroorzaken
! Als S-stam wordt toegevoegd aan R-stam, veroorzaakt het longontsteking !
BESLUIT : bacteriën kunnen genen uit omgeving opnemen door transformatie - DNA kon R-stam transformeren naar S-stam - Erfelijke eigenschappen zitten in DNA !
Wat houdt het experiment van Hershey-Chase in ?
Men gebruikte 1 faagpartikel met nucleïnezuurmoleculen in eiwitmantel
* E. Coli werd eerste keern geïnfecteerd met P32 (radioactief en werd in DNA ingebouwd)
* E. Coli werd in ander experiment met S35 geïnfecteerd (radioactief en dat enkel in eiwitten van nieuwe bacteriofagen inbouwd)
* centrifugatie : E. Coli in pellet en fagen in supernatans
* in eerste experiment zat P32 in de pellet en werd dus ingebouwd in nieuw geproduceerde fagen
* in 2de experiment werd S35 niet teruggevonden in pellet maar bleef het in supernatans achter
CONCLUSIE : fosfaat zit enkel in DNA dus DNA brengt info over van fagen
Wat is een nucleoside ?
Nucleïne base is verbonden aan een ribose
* de C1 van de suikerrest is verbonden met de N9 van de purine/N1 van de purimidine
Wat is een nucleotide ?
Een fosfaat die aan de C5 van een nucleoside is verbonden
Wat zijn dNTP’s ?
= deoxyribonucleoside-tri-fosfaten
3 fosfaatgroepen in serie aan de C5 van nucleoside gebonden
Wat zijn NTP’s ?
= nucleotide-tri-fosfaten
de ribose is hier niet gedeoxyleerd zoals bij dNTP’s
* voornaamste overdragers van biochemische energie
* vb. ATP / ADP
Wat is cAMP ?
= cyclische adenosine monofosfaat
>cycslisch 3’-5’-fosforzuurester van adenosine
* signaalmolecule : hormoonwerking
* gesynthetiseerd door adenylaatcyclase (bepaald ook concentratie)
* kan vanuit ATP omgezet worden door AC
* kan omgezet worden in AMP door hydrolyse van verbinding tussen P en 3’ OH > fosfodiesterase
Wat is SAM ?
= S-adenosyl-methionine
* basen en eiwitten methyleren
* controleert eiwitactiviteit
Wat is caffeïne ?
- analoog onder purine en pyrimide
- inhibitor van fosfodiesterase (cAMP omzetting naar AMP vb.)
- versterkt het effect dus van cAMP
- Viagra heeft zelfde werking (PDE-5)
Wat is AZT ?
= 3’-azido-2’-deoxythymide
* inhibeert virale DNA synthese - polymerase van AIDS virus gaat stilvallen MAAR polymerase van mens niet
* AIDS remmer (vroeger)
* hedendaagse AIDS remmer : Tenofovir
Wat is NAD ?
= nicotinamide adenine dunucleotide
* electron transfer
Wat is FAD ?
= flavin adenine dinucleotide
* electron tranfer
Wat zijn de regels van Chargaff ?
- voor hetzelfde organisme zijn de relatieve hoeveelheden van de 4 basen gelijk
- hoeveelheid adenine = thymine / hoeveelheid cytosine = guanine
Wat deed Rosalind Franklin ?
- X-straaldiffractie op gekristalliseerd DNA
- ontdekking dat DNA helicaal is
Wat deden Watson en Crick ?
- ontdekte dat A-T en C-G koppels waren in DNA
- DNA is dubbelstrengig : dubbele helix en antiparallel
- H-bruggen : 2 tussen A en T en 3 tussen G en C
- fosfaten en ribosen zitten aan de buitenkant van de ruggengraat
- purines en pyrimides zitten op gelijke afstand
- neg lading van fosfaatgroep zit naar buitenkant zodat het geneutraliseerd kan worden door Na+ van lichaam
- complementaire koppels staan loodrecht op ruggengraat
Hoeveel basenpare heeft een dubbele helix per winding ?
10,4
B-helix bestaat uit ?
- kleine groeve : binding tussen O van pyrimidine en N van purine
- grote greoven : eiwitten passen hierin om zo DNA te lezen
Waardoor hebben DNA helixen een grote stabiliteit?
- grote aantallen H-bruggen
- van der Waals krachten : belangrijk bij lange DNA ketens
- polaire oppervlakken : belangrijk bij lange DNA ketens
Wat is hyperchromiteit ?
de absorptie van DNA oplossing in functie van temperatuur, smelttemperatuur : de absortpie neemt toe tot plateau bij smelttemperatuur
Wat is hybridiseren ?
indien DNA denatureert bij hoge temperatuur zullen complementaire strengen elkaar terugbinden bij trage temperatuur daling
