5. Translatie Flashcards
Wat bedoelen ze met een gedegenereerde genetische code ?
Meeste AZ hebben meer dan 1 codon dat voor hun codeert
* 1 codon = 1 AZ maar 1 AZ heeft meerdere codons
Wat is een Wobble positie ?
meeste variatie in een triplet/codon zit op de 3de positie
Wat is een ORF ?
= open reading frame
* een boodschap
* 3 ORF’s per mRNA
* Eerste codon = startcodon (AUG)
Met welk experiment is de genetische code ontdekt ?
poly u werd toegevoegd aan een bacterieel extract + AZ + ATP genererend systeem waaruit polyphenylalanine werd teruggevonden (codon UUU codeert voor Phe)
Wat is mRNA ?
= messenger RNA
* bevat een boodschap/ORF voor vorming van eiwitten
* heterogene groep in lengte en sequentie : samenstelling is afhankelijk van het celtype en extracellulaire signalen
Hoe ziet mRNA eruit bij prokaryoten ?
multiple TLN start sides met verschillende ORF’s
= polycistorisch
Wat is polycistorisch ?
verschillende ORF bij prokaryoot mRNA
Hoe ziet mRNA eruit bij eukaryoten ?
single TLN start site
* primair transcript, aangemaakt door RNA poly II, wordt gemodificeerd
Wat is capping ?
modificiëren van het primaire transcript van eukaryoten
* Guanylyltransferase gaat ribosoom en guanine > mRNA verbinden (5’ – 5’)
* Guanine op positie 7 gemethyleerd door guanine-7-methyltransferase
* 1ste ribose van mRNA gemethyleerd op positie 2 door SAM
* Functie : bescherming tegen uiteinde mRNA tegen nucleasen + herkenning door nucleair export-systeem zodat het uit de kern in cytoplasma mag + herkenning door TLN-initiatie complex
Wat is polyadenylering ?
modificiëren van het primaire transcript
* Enzym herkent AAUAAA op nieuw TXN
* Knipt 30 nucleotide later en voegt tot 250 adenines toe aan 3’OH
* Poly A staart herkent door Poly A binding protein
* Zuiveren door : kolom met oligothymidine staart die hybridiseren met polyA staarten - kolom wassen om polyA-RNA af te scheiden
Wat is splicing ?
= introns uit primair transcript verwijderen
* Plaats waar het optreedt : gekenmerkt door 5’-AG/GUAAAGU-3’
* uitgevoerd door spliceosomen
Wat is een brancpoint ?
= 3e intern motief
20 à 25 nucleotiden stroomopwaarts van consensussequentie voor splicing
Wat is een splicesosoom ?
Voeren spicingreactie uit
= transesterificatie
* Korte RNA componenten die snRNPs vormen
* U1-U6 :
* U1 bindt 5’ splice site
* U2 herkent A van intern motief
* U4 en U6 voeren transesterificatie uit
Wat is alternatieve splicing ?
1 of meer exons mee verwijderen voor variatie in eiwitten
Vb. fibronectin
Wat is een snRNP ?
= small nucleair ribonucleoprotein partikel
spelen belangrijke rol in splicing
Wat is fibronectine ?
eiwit dat andere eiwitten kan binden
* meer dan 20 isovormen dus ondergaat alternatief splicing voor TLN
* in fibroblasen ondergaat fibronectin primair TXN andere splicing dan in levercellen
* fibrobalst : binding aan ECM
* lever : in circulatie en functie bij bloedklontering
Wat is tRNA ?
= transfer RNA
brengt geactiveerde AZ naar mRNA waar polypeptide ontstaan
* 80 nucleotide lang
* RNA poly III : TXN tRNA genen
* klaverbladstructuur (niet in 3D : L- vorm)
* D-loop : dihydrouridine
* T-loop : thymine
* gemethyliseerde basen
Wat is een anticodon loop?
bevat anticodon dat gaat hybridiseren met het codon in mRNA
Wat is een acceptorstam ?
AZ aan 3’ ribose verbonden door amonoacyl-tRNA synthase
Wat is amino-tRNA synthase ?
omzetting van genetische code in eiwit sequentie : AZ verbindt met juste tRNA
Hoe gaat met fouten in aa-tRNA tegen?
- hoge specificiteit en affiniteit : hoge complementariteit met juiste AZ
- proofreading thv editingsite in aa-tRNA synthase
Wat is Cryo EM ?
techniek om beeld van ribosomen te bepalen
Wat zijn de gelijkenissen tussen prokaryoot en eukaryoot RNA ?
- grote en kleine subeenheid :
PRO : 70S = grote 50S en kleine 30S
EU : 80S = grote 60S en kleine 40S
Wat zijn de verschillen tussen prokaryoot en eukaryoot RNA ?
PRO mRNA : 3P aan 5’ en OH aan 3’ + coderen voor verschillende eiwitten, ORF’s na elkaar op mRNA (voor elke code een TLN start en stopplaats)
EU mRNA : cap op 5’ en polyA staart op 3’ + introns in kern verwijderd en afgewerkt mRNa pas naar cytoplasma voor TLN
Wat is de Shine Delgarno sequentie ?
= ribosome binding site (RBS)
PRO : Sequentie in mRNA die 5’ naast het startcodon ligt, kan hybridiseren met deel van 16S RNA in kleine subeenheid
Wat is het TLN-initiatiecomplex ?
Pro : juiste AUG triplet herkennen zodat kleine subunit kan associeren met initiatie-tRNA en initiatiefactoren (RBS)
Eu : 5’ cap wordt herkent en zal erop binden, dan wordt mRNA gescand (ATP nodig) voor eerste AUG - grote subeenheid gerecruteerd voor ribosoom vorming (GTP nodig)
Wat is EF-Tu ?
Elongatie factor
Beschermt binding tussen aa en tRNA
* Verlaat complex na juiste codon-anticodon interactie en omzetting dus GTP - GDP
Wat doet het peptidyltransferase centrum ?
Methionine op p-site van tRNA verbinden met AZ
In grote subunit
Wat is EF G ?
2de elongatie factor (EF Z is van eukaryoten)
Bind aan A plaats en schuift kleine subunit op door GTP - GDP
EF G = translocase
Wat is de E site ?
Exit side
* 3de tRNA bindingsplaats
Wat zijn releasefactoren ?
Herkennen, ipv A site van ribosoom, de stopcodon
* Zorgt voor H in peptidyltransferasecentrum van e-site ipv AZ
* Hydrolyse van binding tussen peptideketen en laatste AZ op p-positie
Wat is moleculaire mimicry ?
= factoren van TLN proces lijken op elkaar en bindingsplaatsen komen overeen
Wat is Stremptomycine ?
Antibiotica : inhibeert binding tussen tRNA door binding aan kleine subunit = fouten in elongatie
Wat doen Neomycine, Kanamycine en Gentamycine ?
Fouten bij codon-anticodon interacties : aminoglycoside bindt kleine subeenheid
Wat is tetracycline ?
Blokkeert tRNA binding aan A-site
* komt in verschillende afgeleide vormen terecht in specifieke plaatsen in het lichaam = Specifieke behandeling
Wat is Cloramphenicol ?
Synthetisch en inhibeert peptidyltransferase activiteit = elongatie stopt bij prokaryoten
Wat is cycloheximide ?
Inhibitie peptidyltransferase bij eukaryoten = niet voor medische toepassingen
