5. Translatie Flashcards
Wat bedoelen ze met een gedegenereerde genetische code ?
Meeste AZ hebben meer dan 1 codon dat voor hun codeert
* 1 codon = 1 AZ maar 1 AZ heeft meerdere codons
Wat is een Wobble positie ?
meeste variatie in een triplet/codon zit op de 3de positie
Wat is een ORF ?
= open reading frame
* een boodschap
* 3 ORF’s per mRNA
* Eerste codon = startcodon (AUG)
Met welk experiment is de genetische code ontdekt ?
poly u werd toegevoegd aan een bacterieel extract + AZ + ATP genererend systeem waaruit polyphenylalanine werd teruggevonden (codon UUU codeert voor Phe)
Wat is mRNA ?
= messenger RNA
* bevat een boodschap/ORF voor vorming van eiwitten
* heterogene groep in lengte en sequentie : samenstelling is afhankelijk van het celtype en extracellulaire signalen
Hoe ziet mRNA eruit bij prokaryoten ?
multiple TLN start sides met verschillende ORF’s
= polycistorisch
Wat is polycistorisch ?
verschillende ORF bij prokaryoot mRNA
Hoe ziet mRNA eruit bij eukaryoten ?
single TLN start site
* primair transcript, aangemaakt door RNA poly II, wordt gemodificeerd
Wat is capping ?
modificiëren van het primaire transcript van eukaryoten
* Guanylyltransferase gaat ribosoom en guanine > mRNA verbinden (5’ – 5’)
* Guanine op positie 7 gemethyleerd door guanine-7-methyltransferase
* 1ste ribose van mRNA gemethyleerd op positie 2 door SAM
* Functie : bescherming tegen uiteinde mRNA tegen nucleasen + herkenning door nucleair export-systeem zodat het uit de kern in cytoplasma mag + herkenning door TLN-initiatie complex
Wat is polyadenylering ?
modificiëren van het primaire transcript
* Enzym herkent AAUAAA op nieuw TXN
* Knipt 30 nucleotide later en voegt tot 250 adenines toe aan 3’OH
* Poly A staart herkent door Poly A binding protein
* Zuiveren door : kolom met oligothymidine staart die hybridiseren met polyA staarten - kolom wassen om polyA-RNA af te scheiden
Wat is splicing ?
= introns uit primair transcript verwijderen
* Plaats waar het optreedt : gekenmerkt door 5’-AG/GUAAAGU-3’
* uitgevoerd door spliceosomen
Wat is een brancpoint ?
= 3e intern motief
20 à 25 nucleotiden stroomopwaarts van consensussequentie voor splicing
Wat is een splicesosoom ?
Voeren spicingreactie uit
= transesterificatie
* Korte RNA componenten die snRNPs vormen
* U1-U6 :
* U1 bindt 5’ splice site
* U2 herkent A van intern motief
* U4 en U6 voeren transesterificatie uit
Wat is alternatieve splicing ?
1 of meer exons mee verwijderen voor variatie in eiwitten
Vb. fibronectin
Wat is een snRNP ?
= small nucleair ribonucleoprotein partikel
spelen belangrijke rol in splicing
Wat is fibronectine ?
eiwit dat andere eiwitten kan binden
* meer dan 20 isovormen dus ondergaat alternatief splicing voor TLN
* in fibroblasen ondergaat fibronectin primair TXN andere splicing dan in levercellen
* fibrobalst : binding aan ECM
* lever : in circulatie en functie bij bloedklontering
Wat is tRNA ?
= transfer RNA
brengt geactiveerde AZ naar mRNA waar polypeptide ontstaan
* 80 nucleotide lang
* RNA poly III : TXN tRNA genen
* klaverbladstructuur (niet in 3D : L- vorm)
* D-loop : dihydrouridine
* T-loop : thymine
* gemethyliseerde basen
Wat is een anticodon loop?
bevat anticodon dat gaat hybridiseren met het codon in mRNA
Wat is een acceptorstam ?
AZ aan 3’ ribose verbonden door amonoacyl-tRNA synthase
Wat is amino-tRNA synthase ?
omzetting van genetische code in eiwit sequentie : AZ verbindt met juste tRNA
Hoe gaat met fouten in aa-tRNA tegen?
- hoge specificiteit en affiniteit : hoge complementariteit met juiste AZ
- proofreading thv editingsite in aa-tRNA synthase
Wat is Cryo EM ?
techniek om beeld van ribosomen te bepalen
Wat zijn de gelijkenissen tussen prokaryoot en eukaryoot RNA ?
- grote en kleine subeenheid :
PRO : 70S = grote 50S en kleine 30S
EU : 80S = grote 60S en kleine 40S
Wat zijn de verschillen tussen prokaryoot en eukaryoot RNA ?
PRO mRNA : 3P aan 5’ en OH aan 3’ + coderen voor verschillende eiwitten, ORF’s na elkaar op mRNA (voor elke code een TLN start en stopplaats)
EU mRNA : cap op 5’ en polyA staart op 3’ + introns in kern verwijderd en afgewerkt mRNa pas naar cytoplasma voor TLN
