4. Transcriptie Flashcards
Wat zijn de verschillen tussen RNA en DNA ?
- RNA bevat ribpose ipv deoxyribose : 2’ OH maakt RNA stabieler
- uracil ipv thymine bij RNA
- enkelstrengig, kan dubbele helix vormen door A-U of G-C binding aan te gaan
- RNA strengen zijn korter
Hoe ging het experiment over RNA in ribosomen ?
- Inbouw van zware 15N en 13C radioactieve isotopen - CsCl densiteitcentrifuge
- 32P radioactief toegevoegd en bacteriofagen - 32P in ruggegraat DNA en RNA zit maar niet in eiwitten
- Bacteriën besmet met bacteriofaag - specifieke eiwitten aanmaken
- Nieuwe en oude ribosomen zijn radioactief - nieuwe RNA is heterogeen in lengte terwijl RNA van ribosomen welbepaalde lengte heeft
Wat is er nodig voor RNA synthese ?
- template
- substraat : NTP’s - ontstaan door NMP te activeren door P transfer van ATP
- RNA polymerase
Wat is RNA polymerisatie ?
men gaan RNA synthetiseren door het enzyme RNA polymerase : verbinding maken tussen 3’OH van de polynucleotideketen en de alfa-fosfaat op 5’ van de ribose in rNTP
- synthese = 5’-3’ : pyrofosfaat komt vrij en wordt verder gehrolyseert tot anorganisch fosfaat
- geen 3’OH nodig om te kunnen starten
Hoeveel types RNA polymerase hebben prokaryoten ?
1
Hoeveel types RNA polymerase hebben Eukaryoten ?
3
Hoe ziet RNA polymerase eruit bij prokaryoten ?
- 2 alfa- subunits : assemblage en interactie met activatoren
- 1 bèta- subsunit : bindt rNTP en DNA
- 1bèta’-subunit : vormt samen met bèta -subunit het katalytisch centrum
- 1 omega subunit
Wat zijn de functies van de RNA polymerasen bij eukaryoten ?
- RNA poly I : transcriptie rRNA genen
- RNA poly II : transcriptie genen die coderen voor eiwitten
- RNA poly III : transcriptie tRNA en snRNA genen
Wat is het verband tussen TXN en de concentratie eiwitten in prokaryoten ?
TXN is zeer gecontroleerd : de intensiteit van TXN bepaald de hoeveel mRNA dat gesynthetiseerd wordt, dat op zijn beurt bepaald de concentratie gecodeerde eiwitten
Wat zijn transcriptie-startplaatsen ?
hier start de aanmaak van RNA copy’s
* DNA basen die overeenkomt met 1ste base van RNA wordt aangeduid met +1 en de volgende basen krijgen een stijgend nummer
Wat is een consensus-frequentie ?
op welbepaalde plaatsen op het DNA is de frequentie van bepaalde basen veel hogen
* afgeleidt van promotorelement
Wat is een prokaryote promotor ?
Heeft consensussequentie op -10 en -30 van TXN start plaats
- Sequentie meer afwijkt van consensussequentie, is de promotor minder efficiënt en zal het gen minder tot expressie komen = minder eiwit
- Promotor seq herkent door RNA polymerasen met sigma-factoren
Op welke 2 manieren kan TXN eindigen bij prokaryoten ?
- terminatieloop
- rho-factor
Wat is een terminatieloop bij prokaryoten ?
G-C rijke haarspeldstructuur in RNA door zelf-complementariteit
* aantal uracils
* net aangemaakt RNA verlaat DNA waardoor haarspeldstructuur vormt = signaal dat RNA polymerase het DNA moet verlaten
Wat doet de rho-factor bij TXN terminatie ?
DNA-RNA-helicase dat als hexameer bindt aan RNA schuift als een ring over het RNA in 5’-3’ richting - gaat RNA polymerase inhaalen aan een specifieke terminatie-seq
* het kan DNA-RNA hybride in RNA poly doen smelten wat de associatie van het RNA poly met DNA doet stoppen
Wat is een promotor bij eukaryoten ?
de RNA poly II afhankelijke genen
Welke 2 consensussequenties kunnen eukaryote promotors hebben ?
- TATA-box : rond positie -30
- GC-rijke promotors
Wat is een TATA-box ?
- consensussequentie op -30 met daarrond andere consensusmotieven
- +1 : Inr = initiator motief
- +30 : DPE = downstream promotor element
- -1 : BRE = TFIIB-responsief element
Wat zijn G/C-rijke motieven ?
- consensussequentie van een eukaryote promotor
- minder afhankelijk van externe factoren
- coderen voor metabolisme eiwitten = housekeeping genes
Wat is een TIC ?
= transcriptie initiatie complex
* laat eukaryoten hogere controle en complexiteit toe
* TATA-box : startplaats TIC (RNA pol II pre-initiation complex) - componenten : general TXN factor (TFII A - TFII I) voor alle RNA poly II - afhankelijke promotoren nodig
* 1ste eiwit complex voor TATA-box binding = TFII D (bestaat uit TBP + 12 TAF’s)
* signaal voor binding TFII B aan BRE : TFII B zal binding van TFII D stabiliseren en ondertussen TFII F recruteren
* TFII F bindt aan RNA pol II en gaat naar eiwitcomplex op TATA box
* TFII H wordt gerecruteerd door TFII E - ATP-afhankelijke helicase van TFII H zal DNA rond TXN plaats smelten zodat RNA poly II kan starten met TXN
Wat is TFII D ?
= eerste eiwitcomplex voor TATA-box binding
* TBP : TATA-box binding protein - gaat binden in kleine groeve van DNA zodat DNA 80° gebogen (TBP zit als zadel over TATA-box)
* 12 TAF’s : TBP associated factors
Wat is TFII H ?
bestaat uit 9 eiwitten : 1 heeft kinase activiteit - gaat carboxyterminaal domein van RNA poly II fosforyleren
* hyperfosforylering van YSPTSPS : conformatieverandering van RNA poly II en verliest het affiniteit voor TIC
* gaat DNA rond TXN startplaats smelten zodat RNA poly II kan starten met TXN
Hoe eindigt TXN bij eukaryoten ?
- als AAUAA seq verschijnt in RNA
- herkent door plicing of polyadenylatiecomplex : splitst RNa en synthetiseert poly A staart
- enzymen binden aan gefosforyleerd carboxyterminale uiteinde van RNA poly II
