5.2 La transcriptase

Question 1

la transcription de l’ADN en ARn est realise par quel enzyme?

Answer 1

transcriptase (ARN polymerase ADN dependante)

Question 2

la transcriptase fonctionne comment?

Answer 2

1- elle s’attache sur une sequence d’ADN (promoteur)
2- ouvre le db d’ADN
3- synthetise de l’ARN complementaire au brin matrice de l’ADN en additionnant les ribonucleotides (rNTPs) sur 3’-OH

Question 3

la transcriptase se deplace sur l’ADN dans quel direction?

Answer 3

3’->5’ (lecture de la matrice)

Question 4

vrai ou faux? il y a deroulement de 2 tours de double helice a la fois

Answer 4

faux: il y a deroulement d’un tour de double helice a la fois

Question 5

cest quoi le brin matrice?

Answer 5

le brin qui est lu par l’ARN pol

Question 6

cest quoi le brin codant?

Answer 6

le brin qui a la meme sequence que l’ARN produit (except T et U)

Question 7

vrai ou faux? a cause des disparites dans les sequences codant de l’ARN pol, la forme (pince de crabe) n’est pas similaire chez toutes les especes

Answer 7

FAUX: La forme et l’organisation générale de l’ARN
polymérase («pince de crabe») est similaire chez
toutes les espèces, malgré les disparités dans les
séquences codant cette protéine

Question 8

La forme et l’organisation générale de l’ARN
polymérase («pince de crabe») est similaire chez
toutes les espèces. On retrouve le plus de similitudes ou?

Answer 8

au niveau de
son site interne (site catalytique) qui s’occupe de la transcription

La périphérie de l’enzyme est très
variable et reflète les interactions avec les
protéines régulatrices propres à chaque espèce

Question 9

pourquoi la peripherie de l’ARN pol est variable dependent de l’espece?

Answer 9

La périphérie de l’enzyme est très variable et reflète les interactions avec les
protéines régulatrices propres à chaque espèce

Question 10

la bulle de transcription est d’environ combien de nucleotides?

Answer 10

11 nucleotides

Question 11

est-ce que ARN pol a besoin d’une amorce?

Answer 11

non: L’ARN pol n’a pas besoin d’amorce. Elle tient très bien le 1er nd (beaucoup de
stabilité implique liaison très spécifique) lorsqu’elle ajoute le 2ième sur le 3’OH du 1er

Question 12

le site catalytique se situe ou?

Answer 12

a la base de la pince, dans une region appelee le centre catalytique

Question 13

Le site catalytique ajoute des nucleotides en faisant intervenir 2 ions metalliques (Mg2+ et Zn2+). Quels sont leurs roles?

Answer 13

• Zn2+ positif positionné à l’extrémité 5’ a pour rôle de stabiliser les charges négatives (dû aux groupements phosphates) du brin d’ARNm naissant et donc empêcher la formation de boucle, d’ARNm double brin replié sur lui-même à l’extrémité 5’ ce qui pourrait nuire à une traduction efficace
• Mg2+: favorise l’ajout de ribonucléotides sur l’extrémité 3’OH du brin d’ARNm naissant grâce à ses deux + qui ‘’volent’’ l’atome de H du bout 3’OH et le O- du groupement P du ribonucléotide entrant dans le site catalytique. Cela force le P et le O à interagir pour maintenir l’octet, ayant chacun perdu un lien covalent. Il doit également neutraliser les charges négatives du pyrophosphate produit par le lien phosphodiester.

Question 14

la transcriptase chez les bacteries ont combien de sous-unites?

Answer 14

5 sous-unites

Question 15

les bacteries ont combien de transcriptase?

Answer 15

1

Question 16

les eucaryotes ont combien de transcriptase?

Answer 16

3

Question 17

les transcriptases chez les eucaryotes ont combien de sous-unites?

Answer 17

10

Question 18

chez les eucaryotes, ARN pol II transcrit quoi?

Answer 18

les sequences codant les proteines

Question 19

chez les eucaryotes, ARN pol I et III transcrivent quoi?

Answer 19

s’occupent des gènes codant

différentes autres ARN que les sequences codant les proteines

Question 20

l’ARN pol I est localise ou?

Answer 20

nucleole

Question 21

l’ARN pol II est localise ou?

Answer 21

nucleoplasme

Question 22

l’ARN pol III est localise ou?

Answer 22

nucleoplasme

Question 23

la majorite de transcrits procaryotes debutent avec quel nd?

Answer 23

adenine

Question 24

pourquoi la majorite de transcrit procaryotes debutent avec adenine?

Answer 24

La
forme de l’enzyme est adaptée pour pouvoir stabiliser spécifiquement adénine
lors d’initiation de la transcription

Question 25

vrai ou faux? les facteurs de transcription generaux jouent collectivement le meme role chez les procaryotes que chez les eucaryotes

Answer 25

vrai

Question 26

pourquoi la transcriptase n’a pas besoin d’amorce?

Answer 26

1- la “bulle” de transcription de l’ARN polymérase est beaucoup plus petite. L’ADN est maintenu sous forme double-brin des deux côtés, ce qui est beaucoup plus stable que la bulle de transcription de l’ADN polymérase. Lors de la réplication, le double brin d’ADN est ouvert sur une plus longue distance. Le double brin est également présent lors de la réplication, mais il faut penser que le répliosome au complet se trouve dans la “bulle”, et non seulement une enzyme comme dans le cas de l’ARN polymérase. Il y a donc une plus grande instabilité lors de la réplication justement à cause de la bulle qui est plus grande. Lors de la transcription, la bulle est rapidement refermée. Seulement une petite portion est ouverte à la fois, et le double brin et maintenu de part et d’autre de l’ARN polymérase. Ainsi, lorsque l’ARN polymérase place son nucléotide sur le site d’initiation de la transcription, non seulement elle se lie spécifiquement au promoteur, mais en plus, le double brin est refermé des deux côtés ce qui confère encore plus de stabilité à la bulle.

2- l’ARN pol tient très bien le 1er nd (beaucoup de
stabilité implique liaison très spécifique) lorsqu’elle ajoute le 2ième sur le 3’OH du 1er

Question 27

differences entre replication et transcription

Answer 27

1- la replication recopie tout le genome et 1 fois par cycle cellulaire alors que la transcription recopie une region precise du genome, determinee par les sequences d’ADN specifiques signalant le debut et la fin

2- Ribonucléotides au lieu de désoxyribonucléotides

3- L’ARN polymérase n’a pas besoin d’amorce (synthèse de novo) ni
d’hélicases

4- L’ARN nouvellement synthétisé se détache de la matrice au fur et à
mesure. Cela permet: à l’ADN de redevenir db derrière la transcriptase et
aux plusieurs transcriptases de se suivre une après l’autre (plusieurs ARN
produits à partir de la même matrice en peu de temps).

5- Moins précis: réplication 1 erreur/10 000 000 nd; transcription 1/10 000
(les ARN sont temporaires, les erreurs sont moins importantes)

Question 28

comment la transctipion peut etre regulee?

Answer 28

1. la force d’un promoteur est determinee par le nombre de transcrits generes a partir de ce promoteur dans un lapse de temps donne. On dit qu’un promoteur est fort si a partir de lui on peut produire bcp d’ARNm par unite de temps: promoteur c’est l’endroit ou on place l’enzyme: donc si enzyme aime promoteur, il va aller se positionner dessus plus souvent: il y a 3 facteurs a considerer lorsqu’on parle de force d’un promoteur
   1- capacite a lier l’ARN polymerase (la liaison peut etre directe mais c’est rare: la plupart des cas on fait une liaison indirecte avec d’autres proteines mais l’idee reste la meme: il faut attraper l’ARN polymerase)
   2- isomerisation efficace(ouvrir db ADN efficacement: certain promoteur sont meilleurs que d’autre pour permettre l’ouverture)
   3- facilite a echapper au promoteur (oui faut mettre l’enzyme en place sur promoteur, mais faudrait pas qu’il reste la, il faut qu’il decolle pour commencer la transcription)