5.2 La transcriptase Flashcards
la transcription de l’ADN en ARn est realise par quel enzyme?
transcriptase (ARN polymerase ADN dependante)
la transcriptase fonctionne comment?
1- elle s’attache sur une sequence d’ADN (promoteur)
2- ouvre le db d’ADN
3- synthetise de l’ARN complementaire au brin matrice de l’ADN en additionnant les ribonucleotides (rNTPs) sur 3’-OH
la transcriptase se deplace sur l’ADN dans quel direction?
3’->5’ (lecture de la matrice)
vrai ou faux? il y a deroulement de 2 tours de double helice a la fois
faux: il y a deroulement d’un tour de double helice a la fois
cest quoi le brin matrice?
le brin qui est lu par l’ARN pol
cest quoi le brin codant?
le brin qui a la meme sequence que l’ARN produit (except T et U)
vrai ou faux? a cause des disparites dans les sequences codant de l’ARN pol, la forme (pince de crabe) n’est pas similaire chez toutes les especes
FAUX: La forme et l’organisation générale de l’ARN
polymérase («pince de crabe») est similaire chez
toutes les espèces, malgré les disparités dans les
séquences codant cette protéine
La forme et l’organisation générale de l’ARN
polymérase («pince de crabe») est similaire chez
toutes les espèces. On retrouve le plus de similitudes ou?
au niveau de
son site interne (site catalytique) qui s’occupe de la transcription
La périphérie de l’enzyme est très
variable et reflète les interactions avec les
protéines régulatrices propres à chaque espèce
pourquoi la peripherie de l’ARN pol est variable dependent de l’espece?
La périphérie de l’enzyme est très variable et reflète les interactions avec les
protéines régulatrices propres à chaque espèce
la bulle de transcription est d’environ combien de nucleotides?
11 nucleotides
est-ce que ARN pol a besoin d’une amorce?
non: L’ARN pol n’a pas besoin d’amorce. Elle tient très bien le 1er nd (beaucoup de
stabilité implique liaison très spécifique) lorsqu’elle ajoute le 2ième sur le 3’OH du 1er
le site catalytique se situe ou?
a la base de la pince, dans une region appelee le centre catalytique
Le site catalytique ajoute des nucleotides en faisant intervenir 2 ions metalliques (Mg2+ et Zn2+). Quels sont leurs roles?
- Zn2+ positif positionné à l’extrémité 5’ a pour rôle de stabiliser les charges négatives (dû aux groupements phosphates) du brin d’ARNm naissant et donc empêcher la formation de boucle, d’ARNm double brin replié sur lui-même à l’extrémité 5’ ce qui pourrait nuire à une traduction efficace
- Mg2+: favorise l’ajout de ribonucléotides sur l’extrémité 3’OH du brin d’ARNm naissant grâce à ses deux + qui ‘’volent’’ l’atome de H du bout 3’OH et le O- du groupement P du ribonucléotide entrant dans le site catalytique. Cela force le P et le O à interagir pour maintenir l’octet, ayant chacun perdu un lien covalent. Il doit également neutraliser les charges négatives du pyrophosphate produit par le lien phosphodiester.
la transcriptase chez les bacteries ont combien de sous-unites?
5 sous-unites
les bacteries ont combien de transcriptase?
1
les eucaryotes ont combien de transcriptase?
3
les transcriptases chez les eucaryotes ont combien de sous-unites?
10
chez les eucaryotes, ARN pol II transcrit quoi?
les sequences codant les proteines
chez les eucaryotes, ARN pol I et III transcrivent quoi?
s’occupent des gènes codant
différentes autres ARN que les sequences codant les proteines
l’ARN pol I est localise ou?
nucleole
l’ARN pol II est localise ou?
nucleoplasme
l’ARN pol III est localise ou?
nucleoplasme
la majorite de transcrits procaryotes debutent avec quel nd?
adenine
pourquoi la majorite de transcrit procaryotes debutent avec adenine?
La
forme de l’enzyme est adaptée pour pouvoir stabiliser spécifiquement adénine
lors d’initiation de la transcription
vrai ou faux? les facteurs de transcription generaux jouent collectivement le meme role chez les procaryotes que chez les eucaryotes
vrai
pourquoi la transcriptase n’a pas besoin d’amorce?
1- la “bulle” de transcription de l’ARN polymérase est beaucoup plus petite. L’ADN est maintenu sous forme double-brin des deux côtés, ce qui est beaucoup plus stable que la bulle de transcription de l’ADN polymérase. Lors de la réplication, le double brin d’ADN est ouvert sur une plus longue distance. Le double brin est également présent lors de la réplication, mais il faut penser que le répliosome au complet se trouve dans la “bulle”, et non seulement une enzyme comme dans le cas de l’ARN polymérase. Il y a donc une plus grande instabilité lors de la réplication justement à cause de la bulle qui est plus grande. Lors de la transcription, la bulle est rapidement refermée. Seulement une petite portion est ouverte à la fois, et le double brin et maintenu de part et d’autre de l’ARN polymérase. Ainsi, lorsque l’ARN polymérase place son nucléotide sur le site d’initiation de la transcription, non seulement elle se lie spécifiquement au promoteur, mais en plus, le double brin est refermé des deux côtés ce qui confère encore plus de stabilité à la bulle.
2- l’ARN pol tient très bien le 1er nd (beaucoup de
stabilité implique liaison très spécifique) lorsqu’elle ajoute le 2ième sur le 3’OH du 1er
differences entre replication et transcription
1- la replication recopie tout le genome et 1 fois par cycle cellulaire alors que la transcription recopie une region precise du genome, determinee par les sequences d’ADN specifiques signalant le debut et la fin
2- Ribonucléotides au lieu de désoxyribonucléotides
3- L’ARN polymérase n’a pas besoin d’amorce (synthèse de novo) ni
d’hélicases
4- L’ARN nouvellement synthétisé se détache de la matrice au fur et à
mesure. Cela permet: à l’ADN de redevenir db derrière la transcriptase et
aux plusieurs transcriptases de se suivre une après l’autre (plusieurs ARN
produits à partir de la même matrice en peu de temps).
5- Moins précis: réplication 1 erreur/10 000 000 nd; transcription 1/10 000
(les ARN sont temporaires, les erreurs sont moins importantes)
comment la transctipion peut etre regulee?
- la force d’un promoteur est determinee par le nombre de transcrits generes a partir de ce promoteur dans un lapse de temps donne. On dit qu’un promoteur est fort si a partir de lui on peut produire bcp d’ARNm par unite de temps: promoteur c’est l’endroit ou on place l’enzyme: donc si enzyme aime promoteur, il va aller se positionner dessus plus souvent: il y a 3 facteurs a considerer lorsqu’on parle de force d’un promoteur
1- capacite a lier l’ARN polymerase (la liaison peut etre directe mais c’est rare: la plupart des cas on fait une liaison indirecte avec d’autres proteines mais l’idee reste la meme: il faut attraper l’ARN polymerase)
2- isomerisation efficace(ouvrir db ADN efficacement: certain promoteur sont meilleurs que d’autre pour permettre l’ouverture)
3- facilite a echapper au promoteur (oui faut mettre l’enzyme en place sur promoteur, mais faudrait pas qu’il reste la, il faut qu’il decolle pour commencer la transcription)
