24 Flashcards
primární struktura
lineární sekvence amk, konfigurace peptidové vazby (cis, trans)
sekundární str.
beta skl list, alfa helix, vodíkové můstky
terciární str
prostorové usp. celého polypeptidového řetězce
vodíkové mustky a jine interakce
globularni, filbrilární
kvartérní str.
vzájemné prostorové uspořádání více řetězců (dimery, homodimery)
denaturace
ztráta charakteristické nativní struktury, random coil
jaké 4 kroky má proteosyntéza?
tvorba aminoacyl tRNA
iniciace
elongace
terminace
tvorba aminoacyl tRNA
aminoacyl tRNA syntethasa, spotřeba ATP
nejdřív aminoacyl AMP, potom reakce s tRNA
iniciace - co je zapotřebí, posloupnost reakcí, regulace
substráty: malá ribosomální podjednotka, iniciační tRNA nesoucí methionin a mRNA
1) na podjednotku se naváže tRNA a INICIAČNÍ FAKTOR (elF4E) - vznik preiniciačního komplexu
2) na iniciační faktor se naváže 5´čepička mRNA (rate limiting step) - vznikne iniciační komplex
3) spojení tRNA s iniciačním kodonem AUG, hydrolýza GTP, velká podjednotka, elongace
elongace
v ribosomu sedí první tRNA na P místě
1) vznik elongačního komplexu: aminoacyl tRNA s elongačním faktorem 1 (štěpení GTP)
2) tRNA do A místa
3) PEPTIDYLTRANSFERÁZOVÁ reakce - amk z P místa se naváže na amk v A místě
4) EF 2 vykobne použitou tRNA z P místa, posune tam tu novější z A místa (štěpení GTP)
terminace
po přečtení stopkodonu musí následovat správná sekvence
releasing factor 1 nasedne do A místa - hydrolytické oštěpení polypeptidu
ribosom se rozdpadá
jak b. pozá že je protein pro export?
protein má na sobě signální sekvenci (targeting sequence).
tu rozpozná SRP, naváže se, putuje na GER
SRP se naváže na receptor SRP, odštěpí se GTP a protein jde dovnitř ER přes translokon.
signální peptidáza odštěpí zbyteček proteinu a translace dále probíhá v GER
jaké znáš posttranslační modifikace?
vznik sekundární a terciární struktury (chaperony)
proteolytické modifikace (třeba štěpení insulinu)
chemické modifikace (glykosylace, hydroxylace, fosforylace…)
jaké znáš typy glykosylace?
N-glykosylace: dolichol váže N-acetylglukosamin přes asparagin
O-glykosylace: sacharidy vázány přes OH skupinu amk
jaké znáš proteázy?
seriové - trypsin
aspartátové - pepsin
metaloproteázy-kaboxypeptidázy
cysteinové- kaspázy
jak se aktivují proteázy? jak se inhibují?
vyrobeny jako preproteiny, během aktivace je odštěpena inhibiční část (disociace inhibičního proteinu)
inhibice: např. antitrypsin - inhibice elastázy v plicích
co je ubikvitin-proteazomový systém?
proces specifické degradace proteinů v buňce s využitím proteasomu
jak se dělí glykoproteiny?
N glykoproteiny - glykosylace en block, nejdřív syntéza na dolicholu, vazba přes asparagin N-glykosidickou vazbou
O glykoproteiny - syntéza postupně, vazba na OH sk. threoninu nebo serinu, GA
proces N-glykosylace?
syntéza sacharidu, aktivace nukleotidem UDP/GDP
translokace do lumen ER, tam vazba na dolichol a vznik korového polysacharidu
přenos na protein, další úpravy
terminální glykosylace určuje osud
co patří pod O-glykoproteiny?
kolagen, muciny, proteoglykany
muciny
velké množství sacharidů, základem je (N-ACETYLGALAKTOSAMIN) produkt sliznic
funkce a struktura proteoglykanů
proteoglykanový agregáty spojený kys. hyaluronovou
agregát má osový protein a GAG
fce: odolnost proti tlaku, lubrikace kloubů a chrupavek, integrita tkáně, vážou vodu
z čeho je GAG
glukosamin/galaktosamin a uronová kyselina
funkce oligosacharidových řetězců v glykoproteinech
stabilizace a folding
značení proteinů pro specifické oblasti buňky
zvyšuje rozpustnost a stabilitu
určování antigenity buněk (aglutinogeny krevních skupin)
co se děje při glykaci
navázání volných aldehydových skupin glukózy na volné aminoskupiny bílkovin
rychlost závisí na koncentraci glukozy
kondenzační reakce - Schiffova baze (vratné)
dlouho - přesmyk na amadoriho produkt, nevratné
jak vznikne patologické konformace proteinu?
mutace
random chyba v procesu skládání
konformační změna
jak se nazývá patologický agrégát proteinu se špatnou konformací?
amyloid
co jsou priony?
proteiny s patologickou konformací, schopny dále propagovat konformační změny nativních proteinů na abnormální struktury, neurodegenerativní choroby