12 S Flashcards
Qu’est-ce qu’une dégénerescence génétique
Plusieurs codons qui codent pour un seul acide aminé
ex: 6 pour SER, 4 pour Gly, 2 pour Lys
VRAI OU FAUX:
Plusieurs codons peuvent donner le même acides aminé
Un codon encode plusieurs acides aminés
VRAI
FAUX: Un codon encode seulement 1 acide aminé
Un codon produit cb d’acide aminé
Cb y’a-t-il de codons
1
64, dont 61 pour les acides aminés
Comment on appelle plusieurs codons spécifique à un seul acide aminé
Codons synonymes
Quels sont les seuls a.a spécifiés par 1 seul codon?
Méthionine (AUG)
Tryptophane (UGG)
Quelles codons sont des codons de terminaison
UAA, UGA, UAG
C’est quoi un cadre de lecture
Ouvert?
Point de départ potentiel d’une suite de codons
Partie du cadre de lecture ou il y a potentiel d’encoder une protéine et ou il n’y a pas de terminaison
Cb d’acide aminé a une protéine chez l’être humain
375 (1125 nt)
Que fait un décalage de lecture
Addition/perte de 1 ou 2 nt
Expliquer les différents types de mutation dans la traduction
Silencieuse :On change 1 nucléotide du codon: ne change pas l’acide aminé produit
Faux-sens: On chane 1 nucléotide: change l’acide aminé produit
Continuation : Anticodon qui codait pour STOP a été muté en un acide aminé donc la traduction continue
Non-sens : Codant qui code pour un acide aminé a été muté en codon STOP, donc la traduction s’arrête
Cb y’a-t-il d’espèces ARNt
Quelles sont les composants d’un ARNt
20 MINIMUM (1 pour chaque un acide aminé)
Structure en 2D:
1) Tige acceptrice à l’extrémité 3’ (CCA en haut)
2) Lobe Anticodon (opposée à la tige acceptrice, porte l’anticodon)
-Antiparallèles
-Séquence de 3 bases
3) Lobe tψc à droite
4) Lobe D (résidus dihydro-uridine) à gauche
Quelle est la séquence de la tige acceptrice en 5’-3’
CCA
Fonction du lobe anticodon?
Reconnaitre le codon
-appariements codon- anticodons sont antiparallèles
Qu’est-ce que le Wobble pairing
autre nom?
Que permet-il?
La flexibilité de conformation de la position 5’ de l’anticodon
(G-U)
Position de flottement
Désamination en position 5’ de l’anticodon pour donner une inosine
Que permet la présence d’inosine en 5’ de l’anticodon
ARNtAla portant IGC peut choisir de se lier à l’un des 3 codons spécifiant l’alanine (GCA, GCC et GCU) parce que I peut se lier à C, U et A
Comment appelle-t-on les ARNt qui possède le même acide aminé mais pas le même anticodon
Des ARNt isoaccepteurs
Comment l’acide aminé se lie au ARNt
Par covalence à l’extrémité 3’ de l’ARNt par l’aminoacyl-ARNt synthétase
Produit= aminoacyl-ARNt
Comment appelle-t-on les molécules d’aminoacyl-ARNt
ARNt activées
-car laison riche en énergie
Il existe cb d’aminoacyl-ARNt synthétase
Minimum 20 (1 pour chaque acide aminé pcq une synthétase peut reconnaitre plusieurs ARNt isoaccepteurs)
Comment se fait la synthèse de l’aminoacyl-ARNt synthétase
-Utilise ATP
-Interaction avec anticodon, face concave de la molécule d’ARNt et le site d’aminoacylation
Quelles sont les interactions observées dans la synthèse d’aminoacyl-ARNt
-Intéractions avec anticodon + Face concave de molécule d’ARNt + site d’aminoacylation
Quelles sont les 2 étapes de la synthèse de l’aminoacyl-ARNt
1- Formation d’un intermédiaire réactionnel (aminoacyl adénylate) : Acide aminé + ATP = Aminoacyl-adénylate + PPi
2- Transfert du groupe aminoacyl de l’intermédiaire à l’ARNt
Aminoacyl-adénylate + ARNt = Aminoacyl-ARNt + AMP
Quelles sont les unités ribosomales des procaryotes
30S (ARNr 16S vaut 1.5 kb) et 50S = 70S
Quelles sont les unités ribosomales des eucaryotes
60s et 40S = 80S
Comment appelle-t-on les sous-unités de 40S
S-u Svedberg
Les ribosomes sont quoi
De quelle manière est composé un ribosome
Des ribonucleoproteines
2/3 d’ARNr
1/3 de protéines
ARNr 23S a cb de kb
ARNr 5S a cb de nt
2.9
120nt
Ou se place ARNt chargé qui porte la chaine naissante
Directement dans P
Quelle est la matrice de la synthèse protéique
Que faut-il pour démarrer la synthèse protéique
L’ARNm
Assemblage d’un complexe d’initiation au départ du cadre de lecture
Quelle est le rôle de la réaction d’initiation
Bon codon d’initiation et bon cadre doivent être choisis
La synthèse de la protéine commence sur quelle extrémité ?
Sur l’extrémité aminée
ARNt initiateur des eucaryotes vs eubactéries
Eubactérie : Utilise formyltransférase pour acquérir un fMet-ARNtfMet
-1er a.a incorporé = formylméthionine
Eucaryote: Met-ARNtiMet (ARNt initiateur n’est pas formylé)
-1er a.a incorporé = méthionine
Comment se déroule l’initiation de la traduction chez les procaryotes
1) Dissociation des s-u ribosomales
2) Assemblage du complexe d’initiation 30S:
petite s-u + complexe ternaire fMet-ARNtfMet se met sur AUG
3) 50S vient sur ARNm grâce à hydrolyse de GTP
Qui sont les facteurs d’initiation chez les procaryotes
IF-1 : S’attache sur 30S et provoque la dissociation entre les 2 s-u
IF-2 : Prot de liaison au GTP, ramene ARNt initiateur + aide à sa fixation à 30S
IF-3 : Fixe ARNm sur ribosome (empêche 30S de s’associer à 50S)
De quoi dépend le choix du codon d’initiation chez les procaryotes
-interaction entre anti-codon de l’ARNt et codon de l’ARNm
-interaction entre 30S (petite s-u) et matrice d’ARNm
À quoi s’associe la 30S (avec les 3 IF et ARNt initiateur) chez les procaryotes
Région riche en purines placé en amont du codon initiateur ARNm (séquence Shine-Galgarno)
Comment s’appelle la séquence à laquelle s’attache 30S
Shine-Dalgarno
La séquence Shine-Delgarno s’associe à quoi (Quelle ARNr)
Elle est complémentaire à un segment riche en pyrimidines du bout 3’ de la molécule d’ARNr 16S
Comment se déroule l’initiation de la traduction chez les eucaryotes
40S se fixe à 5’ de ARNm et parcourt de 5’ en 3’ jusqu’à ce qu’elle trouve le codon initiateur (Balayage)
Elle privilègera son attachement à la séquence Kozacs (ACCAUGG)
Quelles sont les étapes de l’initiation chez les eucaryotes
Dissociation
Assemblage complexe ternaire ARNt-Met et 40S
Recrutement complexe ternaire sur le 5’ de l’ARNm et balayage
Association 60S-40S
Quelles sont les facteurs d’initiation des eucaryotes
eIF2
eIF4F:
-eIF4A
-eIF4G
-eIF4E
Que fait eIF2
Que fait eIF4F
Se lie à GTP, Met-ARNtiMet = complexe ternaire
-ajout de 40S au complexe ternaire
Lie complexe ternaire (40S + ARNt chargé) avec ARNm
C’est quoi le microcycle de 3 étapes dans l’élongation
Mise en place correcte de l’aminoacyl-ARNt au site A
Formation de liaison peptidique
Translocation (ce qui fait avancer le ribosome)
Quand est-ce que l’allongement commence
Quand le premier ARNt chargé non initiateur se met sur le site A
Par quoi est catalysée l’ajout de ARNt chargé au site A
par facteur d’élongation EF-Tu
-possède site de fixation pour GTP
Quelle est la caractéristique de EF-Tu
Elle possède un site de liaison pour GTP ce qui lui permet de lier l’aminoacyl-ARNt avec le site A
À quoi sert de EF-Ts
Aide EF-Tu à échanger GDP en GTP
Équivalents de EF-Tu et EF-Ts chez les eucaryotes
EF1A
EF1B
Dans quelle s-u se trouve l’anticodon
Dans quelle s-u se trouve les extrémités aminoacylés
30S
50S
Que y’a-t-il dans l’interface 30S-50S
site de fixation de l’ARNm
Qu’est-ce qui permet le transfert d’un acide aminé à un autre ARNt
la peptidyl transférase (formation de la liaison peptidique)
-se fait après l’hydrolyse de GTP
-enzyme appartient à la grande s-u du ribosome
Ou se trouve la peptidyl transferase
Grande s-u ribosome
Que permet EF-G
Catalyse la translocation (ribosome glisse de 5’ en 3’, de 3nt/1 codon)
-Ce glissement fait passer le peptidyl-ARNt du site A au site P
-Hydrolyse de GTP
C’est quoi le bilan énergétique de chaque liaison peptidique
4 ATP:
-ATP en AMP pour la synthèse de l’aminoacyl-ARNt synthétase
-2 GTP utilisés durant l’élongation (EF-Ts et EF-G)
HYDROLYSE DU GTP ASSURE L’IRÉVERSIBILITÉ DES RÉACTIONS DE LÉLONGATION
Comment se déroule la terminaison concrètement
Codons de terminaison ne sont pas reconnus par les ARNt, mais ils sont reconnus par des prot de relargage
Quel facteur de relargage reconnait quelle codon stop
RF1
UAA
UAG
RF2
UAA
UGA
Que fait RF3
Lié à un GTP et rend plus efficace l’action des RF1 et RF2
Que se pass-t-il lors de la dernière translocation?
1 des 3 codons de terminaisons arrive en face du site A
Comment RF3-GTP catalyse RF1 et RF2?
La fixation des 2 au site A modifie l’activité de la peptidyl-transférase de sorte qu’elle hydrolyse la liaison ester du peptidyl-ARNt
Terminaison =
-hydrolyse de GTP
-départ des facteurs de relargage
-sous-unités du ribosome se détachent de l’ARNm et se dissocient
Cmb de facteurs de relargage procaryotes vs eucaryotes?
procaryotes= 3
eucaryotes = 2 (eRF1 ou eRF2 + RF3)
