ההתרשות הביוכימית ומערכת העיכול Flashcards
אנזימים
- חלבונים.
- ביוקטליזטורים- זרזים כימיים במערכות ביולוגיות.
- החומר עליו פועל האנזים נקרא סובסטרט והוא מסומן באות
S
, והחומר המתקבל לאחר הפעילות האנזימטית נקרא תוצר והוא מסומן באות
P. - מולקולת האנזים לא משתנה במהלך הריאקציה, לכן כמות האנזים הדרושה לתהליך היא קטנה.
- במהלך הריקציה האנזים והסובסטר עוברים שלב היצמדות
מבנה האנזים
במולקולת האנזים יש איזור הנקרא אתר פעיל. האתר הפעיל הוא איזור בעל מבנה מרחבי ייחודי. בדרך כלל הסובסטרט מתאים בדיוק במבנהו המרחבי למבנה המרחבי של האתר הפעיל.
עיקרון הספציפיות
התאמה מרחבית בין האתר הפעיל של האנזים לסובסטרט. לכן יש ספציפיות של אנזים לריאקציה מסויימת.
חוזק הקשר בין האתר הפעיל לסובסטרט
חלש יחסי
חוזק הקשר בין האתר הפעיל לסובסטרט
חלש יחסי
האתר הפעיל יכול להכיל מולקולות נוספות כמו
קואנזימים או קטיונים של מתכת המשתתפים ביצירה או בשבירה של קשרים כימיים בסובסטרט.
דרך הפעולה של האנזים
- לריאקציה כימיה יש אנרגית הפעלה (אנרגית שפעול). מחסום אנרגטי שיש להתגבר עליו כדי שהריאקציה תתקיים.
- מהירות הריאקציה נמצאת ביחס ישיר למספר המולקולות שלהן אנרגיה שווה או גדולה מאנרגיית השפעול.
אפשר להחיש את מהירות הריאקציה על ידי
חימום- גם מוסיף אנרגיה לכל מולקולה וגם מעלה את המהירות הקינטית הממוצעת.
שימוש בקטליזטור המוריד את אנרגית השפעול: קטליזטור כימי בתעשייה, ביוקטליזטור- אנזים.
תנאים המשפיעים על הפעילות האנזימטית
ריכוז הסובסטרט: מהירות הריאקציה עולה כפונקציה של ריכוז הסובסטרט, עד שמגיעים לרוויה- מצב בו עלייה בריכוז הסובסטרט לא משפיעה על מהירות הריאקציה.
ריכוז האנזים: ככל שהריכוז גבוה יותר, הפעילות מהירה יותר.
יחידות של אנזימים
- לכל אנזים טמפרטורה ורמת PH אופטימלית לפעילות
- אפשר למדוד פעילות של אנזים מחוץ לגוף החי בתנאי שיש תנאים מתאימים:
- טמפ
- חומציות
- קואנזימים
- ריכוז האנזים נמדד ביחידות פעילות: קצב העלמות הסובסטרט, או קצב היווצרות התוצר. היחידה המקובלת היא
international unit of enzyme activity-U. המוגדרת כמיקרומיל סובסטרט שנעלם (התפרק) או מיקרומול תוצר שהתקבל במשך דקה בתנאים מוגדרים.
קואנזימים-
- הקואנזימים הם מולקולות בעלות משקל מולקולרי יחסית נמוך.
- לא חלבוניות, המסייעות לחלק מהאנזימים לצורך פעולתם.
- בדרך כלל הכוונה לתרכובות אורגניות לא חלבוניות שמסייעות לפעולת האנזימים על ידי העברת קבוצות כימיות שונות בינהם- למשל פרוטונוים או יונים. (לפי הגדרה כללית יותר, גם חומר שמעביר אלקטרונים נקרא קואנזים)
- קואנזימים רבים הם ויטמינים או נגזרות שלהם.
- קואנזים הכרחי לפעולת האנזים והוא מזרז את התגובה הכימית הרלוונטית. יכול להיות קשור באופן קבוע לאתר הפעיל, או להיות מולקולה עצמאית.
NAD+:
- דוגמה לקואנזים
- משתתף בריאקציות בהם יוצאים שני מימנים מסובסטרט. הוא קולט את אחד המימנים ואלקטרון ממימן שני, כך שמתקבל קואנזים מחוזר
NADH - הקואנזים המחוזר יכול להשתתף בריאקציה אחרת הפוכה עם אנזים אחר. אבל במקרה הזה הסובסטרט יקלוט שני מימנים והקואנזים משמש כמוסר מימנים.
NADP+:
- דוגמה לקואנזים
- גם לו יש שתי צורות, אחת מחומצנת ואחת מחוזרת. חשוב לזכור שיש ספציפיות בין האנזים לקואנזים, והאנזים העובד עם הראשון לא יכול לעבוד עם השני.
השוני בין קואנזימים לאנזימים
- רמת ספציפיות של אנזימים גבוהה יותר. (הכוונה שקואנזימים יכולים להשתתף במספר תהליכים אנזימתים שונים)
- אנזים הוא חלבון, קואנזים לא.
- האנזים לא עובר שינוי כימי במהלך הריאקציה, הקואנזים כן.
גרך פעולת הקואנזים
בזמן הפעילות, הקואנזים מתקשר יחד עם הסובסטרט לאתר הפעיל של האנזים, כך שהיא נעשית תוך כד התחברות שלושת השותפים.
מסייעים נוספים לאנזימים:
קטיונים-
MG2+ CA2+
. חלק מריאקציות דורשות גם קואנזימים וגם קטיון.
ויטמינים- חייבים להתקבל במזון. הרבה ויטמינים מסיסי מים הם חומרי מוצא לבניית קואנזימים או קבוצות פרוסטטיות.
ויסות הפעילות האנזימטית
ויסות כמותי: וויסות כמויות האנזים, הקואנזימים והאנרגיה הזמינה לתהליך.
ויסות הפעילות הקטליטית של האנזים: לחלק מהאנזימים שניים או יותר מצבים בהם הם בלתי פעילים בתנאים מסויימים ובתנאים אחרים עוברים הפעלה.
עיכוב תחרותי
: המעכב התחרותי דומה במבנהו המרחבי לסובסטרט ולכן מתחרה עם הסובסטרט על האתר הפעיל של האנזים. המעכב נקשר לאתר הפעיל אך האנזים לא יכול לעבוד עליו ובכך הוא חוסם את פעילות האנזים.
עיכוב אלוסטרי
המעכב האלוסטרי נקשר לאתר קשירה מרוחק מהאתר הפעיל של האנזים. הקישור הזה מביא לשינוי במבנה המרחבי של האנזים, ולכן האנזים לא יכול לקשור את הסובסטרט. מעכבים אלו הם בדרך כלל מולקולות המתקבלות במטבוליזם של הגוף.
מה זה אלוסטריה
היא תכונה של אנזימים וחלבונים. תופעה זו מתרחשת כשמולקולה מסוימת (המכונה בהקשר זה אפקטור) נקשרת לאנזים או לחלבון, דבר שבעקבותיו משתנה נטייתו להיקשר לסובסטרט (במקרה של אנזים) או לליגנד (במקרה של חלבון).
המוגלובין, אחד החלבונים הנפוצים והנחקרים ביותר בביוכימיה, הוא חלבון אלוסטרי. כל מולקולת המוגלובין מורכבת מארבע תת-יחידות; כל אחת מהן מסוגלת לקשור מולקולה דו-אטומית אחת של חמצן (O2). לאחר שנקשרת מולקולת חמצן אחת להמוגלובין, צורתו המרחבית של החלבון משתנה, ועל ידי כך נעשים שלושת אתרי הקישור האחרים בהמוגלובין חשופים יותר לסביבה החיצונית, דבר המגביר את נטייתם לקשור מולקולות חמצן.
עיכוב אלוסטרי על ידי משוב
feedback inhibition
כאשר התוצרים של אנזימים לא מנוצלים, מתקשר התוצר המצוי בעודף לאחר מהאנזימים בשרשרת המייצרת אותו בהתקשרות הגורמת לשינוי אלוסטרי ומעכב אותו. דרגת העיכוב תהיה ביחס לכמות התוצר שהצטבר. דוגמה למעכב אלוסטרי על ידי משוב הוא ATP.
מי הם בדרך כלל המעכבים האלוסטרים?
בדרך כלל מולקולות המתקבלות במטבוליזם של הגוף
זימוגנים
נקראים גם פרואנזימים
אנזימים אלה נמצאים במצב לא פעיל, והם מופעלים רק בתנאים מתאימים. הסיומת של אנזימים אלה היא “גן”, או שההתחלה שלהם היא עם “פרו”.
פוספורילציה
שינוי פעילות בעקבות הוספת פוספט. ההתקשרות לפוספט מביאה בחלק מהאנזימים להפסקת פעילות, ובאחרים להפעלה.