Week 3 (Protein purification and Analysis)

Question 1

Combien de protéines différentes est-ce qu’il y a dans un organisme?

Answer 1

entre 10’000 et 100’000

Question 2

Est-ce qu’une gène peut produire plusieurs protéines ?

Answer 2

Oui

Question 3

Que sont les trois méthodes de purification d’un mélange de protéines ?

Answer 3

• Chromatographie par gel-filtration
• Chromatographie par échange d’ions
• Chromatographie d’affinité

Question 4

Quel principe de séparation utilise la chromatographie par gel-filtration ?

Answer 4

La taille des protéines

Question 5

Quel principe de séparation utilise la chromatographie par échange d’ions ?

Answer 5

La charge des protéines

Question 6

Quel principe de séparation utilise la chromatographie d’affinité ?

Answer 6

L’affinité spécifique des protéines

Question 7

Comment fonctionne la chromatographie par gel-filtration ?

Answer 7

Le petites molécules peuvent pénétrer les billes poreuses mais pas les grosses. Les grosses s’écoulent du coup plus vite.

Question 8

Comment fonctionne la chromatographie par échange d’ions ?

Answer 8

Des billes de charge négatives sont dans la colonne. Les protéines positives se lient aux billes négatives . Les protéines de charge globale négative passent plus vite.

Question 9

Comment fonctionne la chromatographie par échange d’ions ?

Answer 9

Des billes d’une substance sont dans la colonne. Les protéines qui ont une affinité pour ses substances vont se lier et être ralentit

Question 10

Que sont les acide aminés qui absorbent le plus fort la lumière?

Answer 10

• La tryptophane
• La tyrosine

Les Aromatiques

Question 11

Que sont plusieurs méthodes d’analyse de protéines ?

Answer 11

• Mesurer la concentration
• Electrophorèse sur gel de polyacrylamide
• Sequençage de protéines
• Détection avec des anticorps
• Spectrométrie de mass
• Trouver sa structure tridimensionnelle

Question 12

Comment fonctionne l’électrophorèse sur gel ?

Answer 12

Une solution de protéines est placée dans des puits en haut d’une fine plaque de polyacrylamide. Un champ électrique passe à travers le gel et fait qu’une charge négative est en haut et une charge positive. Les SDS se lient ensuite aux acides aminés des protéines et dénaturent les protéines. Les protéines sont toutes chargés négativement. Les protéines les plus légers descendent plus vite que les lourds

Question 13

La mobilité dans le SDS-PAGE est proportionelle a quoi ?

Answer 13

Au logarithme de leur masse

Question 14

Qu’est le nom de la substance qui colore les protéines ?

Answer 14

le bleu de Coomasie

Question 15

Que peut on faire pour améliorer la résolution des protéines sur un gel SDS-PAGE ?

Answer 15

D’abord on fait passé notre solution de protein dans un gel a gradient pH avec un champ électrique. Les protéines se sépare à travers la solution jusqu’à atteindre leur point isoélectrique (pH ou la charge globale vaut 0). Ensuite en fait un SDS-PAGE avec ce gel.

Le gel avec gradient a un ph de 9 en haut et pH3 en bas (pH 9- , pH3+)

Question 16

Comment déterminer la composition en acides aminés d’un peptide/protéine?

Answer 16

1. Hydrolise du peptide (destruction des liaisons peptidiques) avec de l’acide chlorhydrique, 100C, 24h
2. Séparation des acides aminés par chromatographie liquide à haute pression (HPLC)

Question 17

Comment peut-on déterminer la séquence d’AA d’un peptide/protéine ?

Answer 17

Oui, avec la dégradation de Edman.
1. Le résidu N-terminal est marqué
2. Le résidu marqué est séparé par l’isothiocyanate
3. Le residu séparé est analysé par HPLC

Question 18

Y’a-t-il une limite pour séquencer des protéines ?

Answer 18

Environ 50. Car dans chaque étape seulement 98% des protéines libère le résidu N-terminal

Question 19

Comment sequencer toute une protein ?

Answer 19

Le cliver à certain bouts. Surtout faire deux réactions avec des clivages différents puis avec la dégradation d’Edman afin de pouvoir comparer le clivage des deux réactions pour reassembler la séquence de la protéine.

Question 20

Comment fonctionne la méthode de détection de protéines basées sur des anticorps ?

Answer 20

L’anticorps détecte un antigène spécifique sur la protéine.
Cette méthode est utilisé pour le Western Blot où l’anticorps qui se lient à la protein est radioactif et donc détectable lors d’un SDS-PAGE

Question 21

Quand est utilisé le faite de mesurer la concentration d’un mélange ?

Answer 21

Pour quantifier une protéine pure

Question 22

Quand est-ce que l’électrophorèse sur gel de polyacrylamide (SDS-PAGE) est utilisé ?

Answer 22

Lorsqu’il s’agit d’analyser des protéines dans un mélange

Question 23

Quand est-ce que le séquençage des protéines est utilisé ?

Answer 23

Pour analyser la séquence primaire des protéines

Question 24

Quand est-ce que la détection avec des anticorps est-elle utilisée ?

Answer 24

Pour identifier des protéines spécifiques dans un mélange

Question 25

Quand est-ce que la spéctrométrie de masse est-elle utilisée ?

Answer 25

Pour déterminer la masse moléculaire d’une protéine

Question 26

A quoi sert la cristallographie par rayon X ?

Answer 26

Pour trouver la structure tridimensionnelle