Week 3

Question 1

Wat is het Philadelphia chromosoom?

Answer 1

Een chromosomale translocatie = t(9;22) die wordt gevonden bij 95% van de mensen met chronische myeloide leukemie

Question 2

Welke genen zijn betrokken bij het Philadelphia chromosoom?

Answer 2

Op chromosoom 22 het BCR en op 9 het ABL. De breekpunten liggen in intronen, na de translocatie heb je dus een fusie gen -> fusie mRNA -> fusie eiwit

Question 3

Wat doet het Bcr-Abl eiwit?

Answer 3

Het fosforyleert transcriptiefactoren (andere enzymen) die zorgen voor celdeling. Het heeft een pocket voor ATP, en mbv de ATP wordt er gefosforyleerd

Question 4

Wat is imatinib en wat doet het?

Answer 4

Een medicijn tegen CML. Het gaat in het Bcr-Abl eiwit in de pocket voor de ATP zitten. Hierdoor kan er niet meer gefosforyleerd worden.

Question 5

Wat kan je zien bij CML patienten die overgaan naar een acute fase?

Answer 5

Daar kan je vaak additionele chromosoom afwijkingen tegen komen, bijvoorbeeld een trisomie 8 (3e 8 chromosoom)

Question 6

Wat is een dicentrisch chromosoom?

Answer 6

Een chromosoom met 2 centromeren, dit gaat in de metafase bij 50% van de gevallen fout.

Question 7

Wat is een numerieke chromosoom afwijking?

Answer 7

Een afwijking in aantallen, bijvoorbeeld chromosoomverlies en chromosoomduplicatie.

Gebeurd bijvoorbeeld door een fout in de anafase checkpoint, waardoor maar 1 kant van het centromeer vast zit en dat naar 1 kant getrokken wordt (non-disjunctie)

Question 8

Wat is chromothripsis?

Answer 8

Chromosomen worden in kleine stukjes gebroken en weer aan elkaar gezet, hierbij gaan vaak stukken verloren. Dit kan gebeuren met 1 chromosoom of meerdere. Laat stadium tumoren.

Question 9

Wat is genamplificatie?

Answer 9

Het hele chromosoom moet normaliter 1 keer per celcyclus verdubbeld worden. Als dat niet gebeurt, komen er meerdere kopieen van een deel van het chromosoom (1 of enkele genen).

Dit kan je zien als homogeen kleurende gebieden of dubbel minute chromosomen (R-banding).

Question 10

Hoe wordt een telomeer beschermd voor afbraak?

Answer 10

Door een T-loop te vormen met zichzelf wordt het beschermd. Als dit niet goed werkt ziet het reparatie mechanisme dit als een breuk en wordt door NHEJ de strengen aan elkaar gezet. Je krijgt een dicentrisch chromosoom

Question 11

Wat is telomerase en wat gebeurd ermee in tumoren?

Answer 11

Als een cel deelt verliest het telkens stukjes telomeer totdat het telomeer op is en de cel dood gaat.
Stamcellen hebben telomerase wat de telomeren elke keer weer langer maakt.

Een tumorcel maakt gebruik van telomerase om te kunnen blijven delen.

Question 12

Wat is de G1-fase in de celcyclus?

Answer 12

Fysieke groei van de cel
In de G1 fase is er een restrictiepunt: besluit om replicatie te starten

Question 13

Wat is de S-fase in de celcyclus?

Answer 13

Duplicatie van chromosomen

Question 14

Wat is de G2-fase van de celcyclus?

Answer 14

Voorbereiding op de celdeling

Question 15

Wat is de M-fase in de celcylcus?

Answer 15

De celdeling (mitose)

Question 16

Wat zijn cyclines en welke zijn er?

Answer 16

Genen/eiwitten die betrokken zijn bij de celcyclus en binden aan cyclin-dependent kinase (CDKs).
-Cycline D: activatie van de celcyclus in G1 (na groeisignaal)
-Cycline E: overgang van G1 naar S, en voortgang van S-fase
-Cycline A: progressie door S-fase
-Cycline B: overgang naar M-fase

Question 17

Wat zijn Cyclin-dependent kinases (CDKs)?

Answer 17

Stoffen die continue aanwezig zijn en alleen actief zijn in een complex met cyclines.
-Fosforyleren eiwitten nodig voor celcyclus progressie

-Cycline D = CDK4
-Cycline E en A = CDK2
-Cycline B = CDK1

Question 18

Wat zijn cyclin-dependent kinase inhibitors (CKIs)?

Answer 18

Stoffen die de kinase activiteit remmen door te binden aan het CDK-Cycline complex. Voornamelijk in G1-fase of na signalen van buitencel of na DNA schade.

-CKI: p16 = Cycline D-CDK4
-CKI: p21 = Cycline E-CDK2

Question 19

Wat is het restrictiepunt en wat gebeurt er?

Answer 19

Hier bepaald de cel of er wel of niet meer gedeeld wordt en of de cel moet specialiseren.

-Krijgt een groeifactor van buitenaf die via signaaltransductie genen activeerd die nodig zijn voor celdeling.

-Groeisignaal (EGF) -> RAS -> verhoging niveau Cycline D -> Cycline D / CDK4 wordt actief

Question 20

Wat is E2F voor een stof?

Answer 20

Transcriptiefactor die de expressie van genen reguleert die nodig zijn in de S-fase.

E2F ligt in een complex met pRB wat inactief is. Het pRB wordt door Cycline D/CDK4 gefosforyleerd, en het E2F wordt actief.

Zorgt voor Cycline E -> overgang S-fase
Zorgt voor p16 (CKI) -> remt Cycline D/CDK4

Question 21

Wat is de rol van p53 bij de celcyclus in het geval van DNA schade?

Answer 21

Als er DNA-schade is gaat het p53 eiwit niveau omhoog -> p21 (CKI) wordt gemaakt -> Cycline E/CDK2 wordt geremd -> G1/S overgang arrest.

Zo kan de DNA-schade gerepareerd worden.
Als er mutatie is van p53 wordt dus beschadigd DNA gerepliceerd, wat leidt tot mutaties.

Question 22

Wat is de rol van ATM bij de intra-S fase?

Answer 22

Er ontstaan dubbelstrengs DNA breuken door ioniserende straling -> ATM kinase -> CHK2 activatie -> Cycline A/CDK2 wordt geinactiveerd -> remming DNA synthese.

Nu is er de tijd om de DNA-schade te herstellen.

Mutatie hiervan leidt tot replicatie van DNA-schade en dus mutaties.

Ziektebeeld ataxia telangiectasia (AT)

Question 23

Wat doen MAD1 en BUB1?

Answer 23

Zijn stoffen die kunnen meten of de microtubuli die vastzitten aan de kinetochore op het centromeer onder genoeg spanning staan. Zij geven dan signaal dat er getrokken kan worden.

Question 24

Wat is een inversie en welke soorten zijn er?

Answer 24

Een gedeelte van het chromosoom draait 180 graden.
-Paracentrische inversie: binnen een chromosoom arm
-Pericentrische inversie: het centromeer is betrokken en komt ergens anders te zitten.

Question 25

Wat is een complex karyotype bij AML?

Answer 25

Meer dan 3 verschillende chromosoomafwijkingen in de tumorcellen. Heeft een slechte prognose

Question 26

Wat is een monosomaal karyotype?

Answer 26

Een subgroep van de complexe karytypes gedefinieerd als:
-Twee monosomieen (geen X of Y) OF
-Een monosmie en een structurele afwijking

Nog slechtere prognose

Question 27

Wat doet de circadiane klok?

Answer 27

-Stelt onze lichaamsfuncties in staat te anticiperen op de specifieke behoefte op bepaalde momenten van de dag
-Geeft tijdstructuur aan onze cellen en organen
-Is evolutionair geconserveerd

Question 28

Waar zit de circadiane klok?

Answer 28

In de suprachiasmatische nucleus (SCN)

Question 29

Hoe wordt de circadiane klok gesynchroniseerd?

Answer 29

Door de aardse dag-nacht cyclus door licht via licht-resetting in het oog.

De perifere klokken worden gesynchroniseerd door humorale en/of neurale stimuli vanuit de SCN

Question 30

Wat is chronotherapie?

Answer 30

(Kanker)therapie die wordt gegeven op basis van delende tumorcellen die niet meer gekoppeld zijn aan de circadiane klok. Zo voorkom je dat gezonde cellen dood gaan en kan je specifieker de kanker cellen behandelen en dat zorgt voor minder bijwerkingen.

Question 31

Wat is het moleculaire mechanisme van de circadiane klok?

Answer 31

Cry 1 en 2 zijn belangrijke genen.
-Aan de E-box van de promotor binden 2 transcriptiefactoren: Bmal1 en Clock, dit leidt tot transcriptie van Cry eiwitten.
-De Cry eiwitten remmen weer de actie van Clock en Bmal1.
-Rev-Erbalpha remt de productie van Bmal1 na activatie van de Ebox

Posttranslationele modificaties (P, Ubi en Ac) bepalen stabiliteit PER en CRY en zo de timing van ophoping in de kern en daarmee de omlooptijd van de klok

Question 32

Wat is het exoom?

Answer 32

Het gedeelte van het genoom dat tot expressie komt en eiwitten maakt

Question 33

Wat kan je met massa spectrometrie bij eiwitten?

Answer 33

-Je kan een eiwit identificeren door te vergelijken met het humane genoom.
-Eiwit kwantificeren
-Bindende eiwitten identificeren
-Eiwitmodificaties identificeren (fosforylering, aceylering, methylering, etc.)

Question 34

Hoe kan je bindende eiwitten identificeren?

Answer 34

Zorg dat een eiwitcomplex met een bekend eiwit bind aan een ‘gemaakt’ antilichaam, zorg dat je het antilichaam complex isoleert van de rest en indentificeer dat in de massaspectrometer

Question 35

Hoe kan translatie gereguleerd worden mbv miRNA?

Answer 35

1. Uit DNA wordt primair microRNA (miRNA) getranscribeerd.
2. Drosha knipt het tot pre-miRNA
3. Transport naar cytoplasma
4. Dicer knipt het tot miRNA
5. 1 streng wordt ingebouw in RISC complex
6. Complex bindt complementair aan mRNA dat zorgt voor repressie van translatie of afbraak van mRNA

Question 36

Wat is RNA interferentie (RNAi)?

Answer 36

Je brengt stukjes silencing RNA (siRNA) in die lijken op miRNA. Zo kan je heel specifiek bepaald RNA kapot maken. Dit kan je gebruiken om bijvoorbeeld de achilleshiel van kanker te vinden.