Week 2 Flashcards
Wat is transitie bij puntmutaties?
Een purine wordt een purine door A <-> G
Een pyrimidine wordt een pyrimidine door C <-> T
Wat is transversie bij puntmutaties?
Een purine wordt een pyrimidine (A <-> C of G <-> T)
Wat zijn chromosomale afwijkingen?
-Translocatie, een deel van het ene chromosoom gaat naar het andere chromosoom
-Amplificaties
-Deleties
-Numerieke afwijkingen
Wat is spontane hydrolyse bij chemische instabiliteit?
De base wordt gehyrolyseerd van de suiker, leidt tot depurinatie.
-Depurinatie leidt tot 1bp deletie.
Dit gebeurd bij iedereen in de cel.
Wat is deaminatie van basen bij chemische instabiliteit?
De aminogroep van de basen wordt verwijderd.
Leidt tot omzetting van bijvoorbeeld een cytosin -> uracil.
-Leidt tot transitie van C -> T na DNA replicatie
Kan bij meerdere basen gebeuren.
Dit gebeurd bij iedereen in de cel.
Wat is oxidatieve DNA schade?
Zuurstofradicalen uit mitochondrien (ROS) binden aan een basen. Dit zorgt voor verandering complementariteit en dus een transversie.
Wat doet de stof benzo[a]pyreen aanwezig in sigarettenrook aan het DNA?
Benzo[a]pyreen wordt in de cel omgezet in BPDE (benzo[a]pyreen diol epoxide) wat bindt aan het DNA (guanine).
G is verbonden met C, na replicatie met A, en na nog een replicatie is A verbonden met T. (G->T) transversie
Verstoren de DNA dubbelhelix
Wat doet UV-straling in het DNA?
Zorgt voor crosslinks: pyrimidine dimeren
Wat is base excisie reparatie (BER)?
Een enzymatisch proces voor herstel van kleine adducten (oxidatieve DNA schade, deaminatie van basen)
In welke stappen werkt base excisie reparatie (BER)?
1- DNA schade herkent door DNA glycosylase, voor elke soort schade is een schade specifieke DNA glucosylase. Deze verwijdert de base en er blijft een abasische plaats (AP) over (nucleotide zonder base).
2- Endonuclease herkend de AP-site en verwijderd deze.
3- Herstel: DNA polymerase en ligase
Wat is nucleotide excisie reparatie (NER)?
Herstel van grote aducten (pyrimidine dimeren, 6-4 fotoproducten, bulky adducten)
In welke stappen werkt nucleotide excisie reparatie (NER)?
1- Herkenning van de DNA schade door (groep) specifieke eiwitten.
2- Openen van omringende DNA
3- Verwijderen DNA -schade (en aangrenzende gebieden) door XPG
4- Herstel: DNA synthese/ligatie
Wat is globaal genoom NER?
Een eiwit groep (XPC/RAD23B complex) herkent schade en bindt daaraan en zorgt dat de keten open gemaakt wordt en dat XPG aan de slag kan.
Over heel het genoom reparatie.
Wat is transcriptie gekoppeld NER?
Tijdens de transcriptie wordt een fout/schade herkend door RNA polymerase 2 en wordt transcriptie gestopt en kan daarna XPG aan de slag.
Alleen DNA reparatie getranscibeere streng actieve genen.
Wat is Xeroderma pigmentosum (XP)?
Een autosomaal recessieve ziekte met veel huidproblemen, en sterk verhoogde kans op huidkanker. Zijn enorm gevoelig voor UV straling.
-Oorzaak is mutatie is een van de XP… genen
Probleem met Globaal genoom NER
Wat is Cockayne syndroom (CS)?
Autosomaal recessieve overerving.
Zongevoelig, groei achterstand en neurlogische achteruitgang, netvlies afwijkingen en versnelde veroudering.
Geen huidkanker
Oorzaak: 2 genen CSA en CSB
Samen met XP… (XPA, XPD, XPG)
Probleem met Transcriptie gekoppeld NER
Wat is niet-homologe DNA eindverbinding?
Herstel van dubbelstrengs DNA breuken.
De 2 kanten van de breuk worden direct aan elkaar gekoppeld, er wordt geen template gebruikt.
-Onnauwkeurig herstel door kleine deletie
-Gebruik gemaakt van KU70/80 heterodimeren.
-Wel goed voor diversiteit in antilichamen
Wat is homologe recombinatie?
Er is uitwisseling van DNA strengen tussen DNA moleculen, er wordt voornamelijk het zusterchromatide gebruikt.
-Nauwkeurig herstel
-RAD51 helpt bij vinden homologie zusterchromatide
-BRCA1-2 zijn nodig bij RAD51, belangrijk voor genomische stabiliteit.
Wat is proofreading?
De mogelijkheid van DNA-polymerase om een nucleotide weg te halen en een andere in te bouwen
Wat is mismatch reparatie?
Als door DNA-polymerase een fout is ingebouwd en die heeft dat zelf niet herkend komen er enzymen (MSH2, MSH6, MLH1 en PMS2) op af die exo-1 recruteren die een stukje mutant DNA wegknipt, wat daarna weer gerepareerd wordt.
Hoe kan je aantonen of er sprake is van een mismatch defect?
1- immunohistochemische kleuring voor bepaalde eiwitten
2- microsatellite instability assay (MSI)
Wat is microsatellite instability assay (MSI)?
Een microsatellite sequentie bestaat uit repeats van 2-3 soms 4 nucleotide repeats. Soms wordt dit niet goed getranscribeerd. Als dit niet goed gerepareerd wordt vanwege een defecte mismatch reparatie krijg je MSI.
Via PCR kan je zien of iemand MSI heeft.
Wanneer is de kans groot op Lynch/erfelijk colorectaal carcinoom?
- CRC <50
- Tweemaal CRC OF CRC icm andere Lynch geassocieerde tumor bij een patient
- CRC met MSI <60 jaar
- CRC bij een patient met 1 of meer 1e/2e graads familieleden met Lynch syndroom geassocieerde tumor (tenminste 1maal <50 jaar)
- CRC bij een pt met 2 of meer 1e/2e graads familieleden met een Lynch syndroom geassocieerde tumor
Lynch geassocieerde tumoren: baarmoeder, eierstok, hogere urinewegen, maag, alvleesklier, galwegen, dunne darm, talgklieren, hersenen
Wat doet PARP1?
Maakt reparatie van enkelstrengs breuken efficienter
