Week 2

Question 1

Wat is transitie bij puntmutaties?

Answer 1

Een purine wordt een purine door A <-> G
Een pyrimidine wordt een pyrimidine door C <-> T

Question 2

Wat is transversie bij puntmutaties?

Answer 2

Een purine wordt een pyrimidine (A <-> C of G <-> T)

Question 3

Wat zijn chromosomale afwijkingen?

Answer 3

-Translocatie, een deel van het ene chromosoom gaat naar het andere chromosoom
-Amplificaties
-Deleties
-Numerieke afwijkingen

Question 4

Wat is spontane hydrolyse bij chemische instabiliteit?

Answer 4

De base wordt gehyrolyseerd van de suiker, leidt tot depurinatie.
-Depurinatie leidt tot 1bp deletie.

Dit gebeurd bij iedereen in de cel.

Question 5

Wat is deaminatie van basen bij chemische instabiliteit?

Answer 5

De aminogroep van de basen wordt verwijderd.
Leidt tot omzetting van bijvoorbeeld een cytosin -> uracil.
-Leidt tot transitie van C -> T na DNA replicatie
Kan bij meerdere basen gebeuren.

Dit gebeurd bij iedereen in de cel.

Question 6

Wat is oxidatieve DNA schade?

Answer 6

Zuurstofradicalen uit mitochondrien (ROS) binden aan een basen. Dit zorgt voor verandering complementariteit en dus een transversie.

Question 7

Wat doet de stof benzo[a]pyreen aanwezig in sigarettenrook aan het DNA?

Answer 7

Benzo[a]pyreen wordt in de cel omgezet in BPDE (benzo[a]pyreen diol epoxide) wat bindt aan het DNA (guanine).
G is verbonden met C, na replicatie met A, en na nog een replicatie is A verbonden met T. (G->T) transversie

Verstoren de DNA dubbelhelix

Question 8

Wat doet UV-straling in het DNA?

Answer 8

Zorgt voor crosslinks: pyrimidine dimeren

Question 9

Wat is base excisie reparatie (BER)?

Answer 9

Een enzymatisch proces voor herstel van kleine adducten (oxidatieve DNA schade, deaminatie van basen)

Question 10

In welke stappen werkt base excisie reparatie (BER)?

Answer 10

1- DNA schade herkent door DNA glycosylase, voor elke soort schade is een schade specifieke DNA glucosylase. Deze verwijdert de base en er blijft een abasische plaats (AP) over (nucleotide zonder base).

2- Endonuclease herkend de AP-site en verwijderd deze.

3- Herstel: DNA polymerase en ligase

Question 11

Wat is nucleotide excisie reparatie (NER)?

Answer 11

Herstel van grote aducten (pyrimidine dimeren, 6-4 fotoproducten, bulky adducten)

Question 12

In welke stappen werkt nucleotide excisie reparatie (NER)?

Answer 12

1- Herkenning van de DNA schade door (groep) specifieke eiwitten.
2- Openen van omringende DNA
3- Verwijderen DNA -schade (en aangrenzende gebieden) door XPG
4- Herstel: DNA synthese/ligatie

Question 13

Wat is globaal genoom NER?

Answer 13

Een eiwit groep (XPC/RAD23B complex) herkent schade en bindt daaraan en zorgt dat de keten open gemaakt wordt en dat XPG aan de slag kan.

Over heel het genoom reparatie.

Question 14

Wat is transcriptie gekoppeld NER?

Answer 14

Tijdens de transcriptie wordt een fout/schade herkend door RNA polymerase 2 en wordt transcriptie gestopt en kan daarna XPG aan de slag.

Alleen DNA reparatie getranscibeere streng actieve genen.

Question 15

Wat is Xeroderma pigmentosum (XP)?

Answer 15

Een autosomaal recessieve ziekte met veel huidproblemen, en sterk verhoogde kans op huidkanker. Zijn enorm gevoelig voor UV straling.

-Oorzaak is mutatie is een van de XP… genen

Probleem met Globaal genoom NER

Question 16

Wat is Cockayne syndroom (CS)?

Answer 16

Autosomaal recessieve overerving.
Zongevoelig, groei achterstand en neurlogische achteruitgang, netvlies afwijkingen en versnelde veroudering.
Geen huidkanker

Oorzaak: 2 genen CSA en CSB
Samen met XP… (XPA, XPD, XPG)

Probleem met Transcriptie gekoppeld NER

Question 17

Wat is niet-homologe DNA eindverbinding?

Answer 17

Herstel van dubbelstrengs DNA breuken.
De 2 kanten van de breuk worden direct aan elkaar gekoppeld, er wordt geen template gebruikt.
-Onnauwkeurig herstel door kleine deletie
-Gebruik gemaakt van KU70/80 heterodimeren.
-Wel goed voor diversiteit in antilichamen

Question 18

Wat is homologe recombinatie?

Answer 18

Er is uitwisseling van DNA strengen tussen DNA moleculen, er wordt voornamelijk het zusterchromatide gebruikt.
-Nauwkeurig herstel
-RAD51 helpt bij vinden homologie zusterchromatide
-BRCA1-2 zijn nodig bij RAD51, belangrijk voor genomische stabiliteit.

Question 19

Wat is proofreading?

Answer 19

De mogelijkheid van DNA-polymerase om een nucleotide weg te halen en een andere in te bouwen

Question 20

Wat is mismatch reparatie?

Answer 20

Als door DNA-polymerase een fout is ingebouwd en die heeft dat zelf niet herkend komen er enzymen (MSH2, MSH6, MLH1 en PMS2) op af die exo-1 recruteren die een stukje mutant DNA wegknipt, wat daarna weer gerepareerd wordt.

Question 21

Hoe kan je aantonen of er sprake is van een mismatch defect?

Answer 21

1- immunohistochemische kleuring voor bepaalde eiwitten
2- microsatellite instability assay (MSI)

Question 22

Wat is microsatellite instability assay (MSI)?

Answer 22

Een microsatellite sequentie bestaat uit repeats van 2-3 soms 4 nucleotide repeats. Soms wordt dit niet goed getranscribeerd. Als dit niet goed gerepareerd wordt vanwege een defecte mismatch reparatie krijg je MSI.

Via PCR kan je zien of iemand MSI heeft.

Question 23

Wanneer is de kans groot op Lynch/erfelijk colorectaal carcinoom?

Answer 23

1. CRC <50
2. Tweemaal CRC OF CRC icm andere Lynch geassocieerde tumor bij een patient
3. CRC met MSI <60 jaar
4. CRC bij een patient met 1 of meer 1e/2e graads familieleden met Lynch syndroom geassocieerde tumor (tenminste 1maal <50 jaar)
5. CRC bij een pt met 2 of meer 1e/2e graads familieleden met een Lynch syndroom geassocieerde tumor

Lynch geassocieerde tumoren: baarmoeder, eierstok, hogere urinewegen, maag, alvleesklier, galwegen, dunne darm, talgklieren, hersenen

Question 24

Wat doet PARP1?

Answer 24

Maakt reparatie van enkelstrengs breuken efficienter

Question 25

Wat is synthetische letaliteit?

Answer 25

Je maakt DNA schade en dat moet gerepareerd worden, en dat kan op 2 manieren:

Reparatie 1 kan in tumor- en normale cellen.
Reparatie 2 kan niet in tumorcellen.

Je remt reparatie 1, waardoor tumorcellen dood gaan

Question 26

Wat gebeurd er bij BRCA geassocieerde borstkanker?

Answer 26

Dragers met BRCA1 of BRCA2 mutaties zijn heterozygoot.
Inactivatie van het gezonde allel in tumorcellen voornamelijk door Loss of heterozygosity (LOH)
Het fenotype van BRCA1 en BRCA2 mutatie dragers erft autosomaal dominant over.

PARP remmers werken minder goed bij borstkanker maar wel goed bij ovariumkanker

Question 27

Wat gebeurd er als je een PARP remmer geeft bij mensen met BRCA geassocieerde ovarium kanker?

Answer 27

Als je nu een PARP remmer geeft, krijg je een ophoping van dubbelstrengs breuken die niet meer gerepareerd kunnen worden doordat homologe recombinatie niet meer werkt in deze cellen (synthethische lethaliteit).

Question 28

Wat is variant allel frequentie (VAF)?

Answer 28

Hoe vaak een variant (mutatie) op een specifieke positite voorkomt ten opzichte van de referentie sequentie

Afhankelijk van
-Gen (oncogen vs tumor-suppressor-gen)
-Tumorcelpercentage

Question 29

Wat is coverage (deep sequencing)?

Answer 29

Aantal malen dat een base-positie (onafhankelijk) bepaald is.
Hoe hoger de coverage hoe “deeper” (beter) gesequenced