Week 3

Question 1

Soorten blotting

Answer 1

Methode om grote biologische moleculen op een drager (gel) waardoor de moleculen kunnen worden gescheiden en gedetecteerd

3 soorten:
- northern blotting: RNA-moleculen detecteren
- southern blotting: DNA-moleculen detecteren
- western blotting: eiwitten scheiden op basis van molecuulgewicht

Question 2

cDNA

Answer 2

een dubbelstrengig DNA molecuul, dat in basevolgorde overeenkomt met een rijp mRNA.

Gesynthetiseerd door reverse transcriptase enzym met als beginnetje een stuk poly-T, wat aan de poly-A staart plakt.

cDNA niet bevat geen promotor en introns i.t.t. DNA

Question 3

Moleculaire hybridisatie

Answer 3

de vorming van een dubbele helix uit twee enkelstrengige nucleïnezuren (probe) met een homologe nucleotidenvolgorde, gebruikt om RNA te blotten

Een probe is een bekend stuk enkelstrengig DNA dat kan hybridiseren met een specifiek enkelstrengig DNA of RNA molecuul (cDNA)

Question 4

Fluorescente in situ hybridisatie (FISH)

Answer 4

DNA wordt voorzichtig gedenatureerd met behoud van de zichtbare chromosoomstructuur. Vervolgens wordt een specifiek stuk enkelstrengs DNA (een probe) dat tevoren is gemarkeerd aan de chromosomen gehybridizeerd, waarmee de homologe chromosoomregio’s zichtbaar gemaakt worden.

Question 5

Telomeren

Answer 5

Gesynthetiseerd door telomerase:
-TERT (TElomerase Reverse Transcriptase), eiwit-componenten
-TR (Telomerase RNA-component), RNA-template gedeelte

bevind zich in chromosomen stamcellen en cellen in de kiembaan (deze kunnen zich dan vaker delen)

N.B. Bij kanker is telomerase overactief; hierdoor oneindige replicatie mogelijk.

Question 6

Soorten chromosomale afwijkingen?

Answer 6

• Numerieke afwijkingen
• Structurele afwijkingen
• Deleties met als gevolg het missen van een deel van een chromosoom
• Dicentrische chromosomen
  door straling of telomeer erosie
  => Gen amplificatie
  => Door overproductie specifiek gen

Accentrische chromomen komen vrij bij vorming diccentrische chromosomen
=> microkernen

Question 7

Vogelstein model

Answer 7

Model over het ontstaan van darmtumor. Het gaat uit van een niet- of slechtfunctionerend APC-eiwit, waardoor er ongeremde celdeling is inclusief secundaire mutaties.

Question 8

Micro-array technologie

Answer 8

Techniek waarmee expressie profiel van genoom wordt gemaakt. Wordt gebruikt als men niet weet welk gen ten grondslag aan een aandoening ligt.

Question 9

APC-eiwit

Answer 9

Tumorsuppressorgen; remt de celdeling (beta-catecine, TCF4, cycline D)

Ziektebeeld: FAP
- inactieve mutatie, waardoor geen rem meer op celdeling

Question 10

Structurele chromosoom afwijkingen

Answer 10

Gebalanceerd:
- translocatie
- inversies (180 graden flip van stuk DNA; para- en pericentrisch)
- inserties

Niet-gebalanceerd:
- deletie (terminaal of interstitieel)
- amplificatie
- niet-gebalanceerde translocatie (dicentrische chromosomen)
- gen mutatie (base)

Question 11

Dicentrische en accentrische chromosomen werking

Answer 11

Bij dubbelstrengs breuken kunnen chromosomen op andere manier worden geligeerd; bij mitose wordt chromosoom gekke manier uit elkaar getrokken. Hierdoor kan ontstaan:

chromosoom met 2 centromeren of zonder centromeer, circulaire chromosomen etc.

Question 12

Numerieke chromosoomafwijkingen

Answer 12

Monosomie: chromosoom te weinig
Trisomie: chromosoom te veel

Question 13

Verschil tussen AML en CML

Answer 13

Bij AML alleen onrijpe blasten in perifeer bloed; bij CML komen alle stadia van celrijping voor in het perifeer bloed.

Question 14

Welke chromosoomafwijking bij CML?

Answer 14

Translocatie (9;22)

Ontstaan BRC-ABL fusie gen, -mRNA en -eiwit

Question 15

Wat voor therapie bij CML?

Answer 15

• Imitinab; remmer van het BRC-ABL gen
• andere -nabjes
• stamceltherapie

Question 16

Waarom kan CML overgaan in AML?

Answer 16

Er ontstaan secundaire mutaties in de genen naast de BRC-ABL mutatie

Question 17

Wat zijn cyclines, CDK’s en CKI’s?

Answer 17

Cyclines zijn eiwitten zonder enzymatische activiteit;

CDK’s binden hieraan voor activatie, soms nog extra (de-)fosforylering nodig

CKI’s zijn remmers van CDK. Initiatie gebeurd door DNA-schade en/of groeifactoren. Vooral actief in G1.

Question 18

Welke volgorde heeft de celcyclus?

Answer 18

G1: groeifase
S: duplicatie DNA
G2: voorbereiding
M: celdeling

Question 19

Welke checkpoints heeft de celcyclus en welke eiwitten spelen een rol?

Answer 19

Restrictiepunt G1-fase - cycline D-cdk4-complex:
- doorlopen celcyclus
- RB-E2F, waarbij ongebonden E2F actief is en leidt +cycline E en -D/CDK4

G1-S-fase - cycline E-cdk2-complex
- DNA-schade controle
- p53 eiwit (mutatie => replicatie DNA-schade; RDS fenotype)

Intra S-fase - cycline A-cdk2-complex:
- DNA-schade
- ATM (mutatie => replicatie DNA-schade; RDS fenotype + AT)

G2-M-fase:
- DNA-schade en replicatie controle

Tijdens anafase: cycline B-cdk1-complex
- controle rangschikking chromosomen
- BUB1 en MAD1 in spanninggevoelig-eiwitcomplex; bij schade verhoogde spanning (mutatie => aneuploidie)

Question 20

Relatie tussen DNA schade en kanker?

Answer 20

• Fasen celcyclus
• Genen celcyclus
• Checkpoints calculus

Question 21

Wat is ataxie telangiecia (AT)?

Question 22

Wat is Nijmegen Breuk Syndroom (NBS)?

Question 23

Wat is RAD50 en waarom is die belangrijk?

Answer 23

Bij dubbelstrengs breuken houdt RAD50 de verschillende uiteinden van de streng bij elkaar zodat de breuk kan worden gerepareerd.

Question 24

Wat is een RDS fenotype?

Answer 24

Radioresistent DNA Schade fenotype;

Door straling ontstaat er schade in DNA; in gezonde cellen wordt de celcyclus gestopt en de schade hersteld. Bij RDS is er een mutatie in RAD50, NBS1 of ATM, waardoor de celcyclus door blijft gaan en de DNA-schade dus wordt gedupliceerd. Dit leidt tot expressie in het fenotype.

Question 25

Werking imatinib

Answer 25

Remmer van BRC-ABL; hierdoor toepassen bij AML op basis van BRC-ABL.

N.B. Langdurig gebruik leidt tot resistentie

Question 26

Welke vormen cytogenetische afwijkingen?

Answer 26

• Klassieke cytogenetica (karyotypering)
• Moleculaire cytogenetica (FISH, SNP array)
• Moleculaire diagnostiek (op DNA niveau, bv PCR)

Question 27

Wat is LOH?

Answer 27

Loss Of Heterogenosity; verlies van heterogeniteit

Stel allel A en allel B in normaal DNA, dus AB. Bij een mutatie veranderd A in B of vice versa, waardoor AA of BB ontstaat.

Question 28

Circadiane klok

Answer 28

Interne biologische klok van een organisme;
Afhankelijk van licht

Question 29

Werking klokgenen en klokeiwitten

Question 30

Nut circadiane klok