Technieken

Question 1

Microsatellite

Answer 1

Analyse waarbij wordt gekeken naar het aantal repeat van een bepaalde sequentie. Dit is per persoon uniek en bepaalde repeats worden geassocieerd met specifieke ziektebeelden

Microsatellite instability houdt in dat een aantal repeats gemuteerd is een voor genoom instabiliteit zorgt en dus verhoogd risico op kanker.

Question 2

NGS

Answer 2

Next Generation Sequencing

Specifiek miRNA sequencen, waardoor ze makkelijk zijn te bestuderen

mRNA wordt gesequenced, en hiermee wordt een beeld van de celexpressie gemaakt

Question 3

Micro array

Answer 3

Hierbij wordt een expressieprofiel van DNA gemaakt.

Op een plaats worden globes bevestigd; van een monster van zieke en controle wordt genomen;
mRNA omgezet in cDNA (mbo reverse transciptase);
cDNA wordt van beide groepen wordt gelabeld met fluorescente kleuring;
beide cDNA’s worden op probes losgelaten. Bij hechting aan probes betekent dat het monster tot expressie kom (=kleuring)

Zo verschil in expressie analyseren bij gezond en ziek weefsel

Question 4

SNP array

Answer 4

In organisme kan allel A en/of allel B aanwezig zijn voor een bepaalde gen. Dit kan komen door een variatie in het genoom, meestal een nucleotide (SNP).

Omdat een individu 2 kopieën van elk allel heeft, kan je voor een gegeven nucleotide 2 keer allel A hebben (AA), allel A en B (AB) of 2 keer allel B.

Met een SNP-array wordt bepaald welk allel van een gegeven SNP aanwezig is.

Question 5

PCR

Answer 5

Primers kiezen;
gebied tussen primers is het PCR product
primers moeten altijd tegenovergestelde richting hebben

Question 6

Massa spectrometrie

Question 7

Metabolomics

Answer 7

Analyse welke metabolieten voorkomen in vloeistoffen (bv bloed)

Onderzoek naar markers voor ziektes

1. sample preparation
2. massa spectromie
3. identificatie mbv database computer
4. herkennen patroon
5. Biomarker herkennen

Question 8

proteomics

Answer 8

Analyseren van alle eiwitten in cellen van een organisme.

Question 9

micro RNA (miRNA)

Answer 9

1. Gecodeerd in DNA
2. Gespliced door Drosha en Dicer
3. Ingebouwd in RISC complex

rol: repressie translatie of afbraak van mRNA

Question 10

RNA interferentie

Question 11

Analyse DNA

Answer 11

FISH, PCR, sequencing

Question 12

Analyse DNA

Answer 12

RNA blot, RT-PCR

Question 13

Analyse eiwitten

Answer 13

Western-blot, immunokleuring

Question 14

FISH

Answer 14

Probe DNA labelen (fluorescentie)
Denatureren van DNA
Hybridiseren; als complementaire probe aanwezig is, kan het nu aan het enkelstrengs DNA binden en worden aangetoond met fluorescentie

Question 15

PCR

Answer 15

Opsporen translocatie
Meten MMR activiteit
extreem gevoelig

Question 16

Westernblotting

Answer 16

eiwit analyse naar specifieke eiwitten
- eiwitten gescheiden door elektroforese
- fluorescentie geeft banden

informatie over grootte, hoeveelheid en modificaties van eiwitten