week 3 Flashcards
welke onderzoeken worden gedaan voor aantonen van leukemie
morfologisch bloed onderzoek
beenmerg onderzoek
wat zijn bevestigende onderzoeken voor CML?
cytogenetica onderzoek van beenmergcellen
moleculair onderzoek voor BCR-ABL fusie gen
welke mutatie hebben alle CML patiënten (95%) ?
22 naar 9 translocatie –> fusie gen BRC-ABL
hoe lang duurt de mitose?
een uur
hoe wordt een micronucleus gevormd>
los stukje DNA (zonder centromeer) zwerft rond, hier wordt een kernenvelop omheen gevormd
hoe worden oncogenen geactiveerd?
door translocatie, verdubbeling van chromosoom, gen amplificatie
hoe worden tumor supressor genen geinactiveerd?
deletie, verlies van chromosoom
wat kan er gebeuren als er geen telomeer is?
kunnen de onbeschermde uiteindes aan elkaar geplakt worden (als dubbelstrengse breuk) door NHEJ
wat zorgt er voor dat stam en tumorcellen niet in crisis komen bij te korte telomeren?
ze worden door telomerase verlengt, waardoor ze in stand blijven
tumor cellen zetten telomerase pas in bij crisis, stam cellen altijd
wat zijn twee vormen van telomeer verlenging
telomerase
ALT (soort homologe recombinatie)
waarom zijn telomerase remmers niet altijd werkzaam voor tumors
- Er is een alternatieve manier (ALT)
- Resistentie voor remmer
wanneer heb je een monosomaal karyotype?
als je twee monosomieen of een monosome en een structurele afwijking hebt
hoe werkt FISH ?
je labelt een probe met een fluorescerend label deze voet je toe aan een cel en via denaturatie en hybridizatie fuseert het gelabelde probe met het gen en geeft het aan waar die zit
wat doet cycline D
activatie van celcyclus in G1 (na groeisignaal)
wat doet cyclinen E
overgang en voortgang naar S-fase
wat doet cycline A
progressie door s fase
wat doet cycline B
overgang naar M fase
welke CDKs horen bij welke cyclines
D - CDK4
E - CDK2
A - CDK2
B - CDK1
wat zijn de CDKs (cylcine afhankelijke kinases) en hun kenmerken
maken de cyclines actief - cycline en CDK associatie maakt actief
continu aanwezig
nodig voor fosforylering van eiwitten
welke CKIs horen bij welke CDKs
CDK4 - p16ink4a
CDK2 - p21
wat zijn de CKIs en hun kenmerken?
cycline afhankelijke kinase remmers
- binden aan cycline/CDK complex
-remmen kinase activiteit
- in G1 fase of signalen van buiten de ceo of na DNA schade aanwezig
wat gebeurt er in het restrictie punt?
signaal transactie voor cel deling Groeifactor. –> groefactor receptor op celmembraan –> doorgave signaal (cytoplasma naar kern) –> activatie genen betrokken bij de celdeling –> aanmaak eiwitten die stimuleren
wat gebeurt er bij DNA schade in de cel waardoor er een rust komt in de celcyclus?
Bij DNA schade gaat p53 niveau omhoog –> p21 wordt afgeschreven –> cycline E/CDK2 wordt geremd –> G1/S arrest
wat voor soort deleties zijn er?
terminal - einde van de chromosoom
interstitieel - binnen de arm
wat voor soort inversies zijn er?
paracentric - in een chromosoom arm
pericentric- rond het centromeer
wat zijn niet gebalanceerde structurele afwijkingen?
netto verschil in genen
- deletie
- amplificatie
- niet gebalanceerde translocatie
- gen mutatie
wat zijn gebalanceerde structurele afwijkingen?
geen netto verschil in genen
- translocatie
- inversie
- insertie
welke chromosoom afwijkingen zorgen voor AML
t(8;21)
t(15;17)
Inv16
wat doet p16 ?
remt cycline D/CDK4
wat gebeurt er bij DNA schade met de cyclus?
g1/s checkpoint
DNA schade –> p53 omhoog –> p21 afgeschreven –> cylcine E/CDK2 wordt geremd
wat gebeurt er bij een defect ATM gen ?
- overgevoelig voor röntgen straling
- kankerdispositie
- progressieve ataxie
hoe werkt een assay voor het aantonen van een S checkpoint defect?
3H-thymidine wordt toegevoegd
heeft de patiënt AT dan is er geen remming in S fase en wordt veel 3H-thymidine ingebouwd
wat doet BUB1
spanningsgevoelig eiwitcomplex, zo krijg je een correcte chromosoom verdeling
wat gebeurt er bij een BUB1 defect
numeriek afwijkingen
wat zijn de symptomen van het Nijmegen breuk syndroom?
microcephaly, groeirestrictie, leer achterstand, immuundeficientie, chromosomale instabiliteit, radiatie gevoeligheid, vergrote kans op kanker
wat doen Nbs1 en Rad50
lokalisatie en correcte reparatie van dubbelstrengse breuken, zijn deze defect krijg je genomische instabiliteit door translocaties
wat zijn de klachten bij circadiane deksynchronie ?
acuut: slaap tekort, verminderde prestatie
lange termijn: hart en vaat ziekte, depressie
wat is het belang van de circadiane klok
absorptie, distributie, metabolisme, eliminatie
hoe werkt de circadiaanse klok?
lichamelijke klok van iets meer dan 24 uur, wordt door licht reset
waar in de hersen wordt de circadiaanse klok bestuurd en welke genen spelen hier in een rol?
in de suprachiasmatische nucleus
Cry1 - sloomt de klok af
Cry2 - versnelt de klok
hoe werken de loops voor de circiadane klok?
negatieve loop (core loop) CRY/PER zorgen voor fosforylatie van C wat samen door remming van de Ebox Bmal1/Clock remt
positieve loop (stabiliserende loop) Rev- ERBalfa geactiveerd door E box activeert Bmal 1 wat op zn beurt weer de Ebox activeert
wat zijn de kenmerken van de perifere klokken?
- in de overige weefsels van cellen
- ongevoelig voor licht prikkels
- gelijk gezet door SCN (humorale factoren, neurale stimuli
waarom moet er met chemotherapie goed naar de tijd gekeken wordt?
cellen gaat het beste dood tijden de Fase, normale cellen gaan synchroon, maar tumor cellen niet, als je dus op een tijdstip chemo geeft waarin normale cellen niet in de S fase zitten behoud je ze beter
wat zijn de kenmerken van het humane genoom?
- 20,000 eiwit coderende genen
- Het proteoom (volledige set eiwitten in het humane genoom) is complex
- Slechts 1,5% van humane genoom bestaat uit coderende sequenties, door de grote intronen
- Helf van het genoom bestaat uit hoog repetitief DNA afkomstig ban transposabele elementen
- Deze elementen hebben hun transposon activiteit vrijwel geheel verloren
wat doet trypsine by de massaspectrometrie?
knipt eiwit voor arginine en lysine
–> tryptische fragmenten
wat gebeurt er met de tryptische fragmenten
- Eiwit wordt op plaat gelegd en met een laser bewerkt en gaan een aantal over tot gas vorm –> eiwit wordt positief en wordt aangetrokken en vliegt over een veld –> snelheid van vliegen is op basis van massa
wat kan massaspectromie allemaal?
- Eiwit identificeren
- Eiwit kwantificeren
- Bindende eiwitten identificeren
- Eiwitmodificaties identificeren ( fosforylereng, acatylereing etc.)
wat zijn de vaste stappen voor massa spectromie ?
1 sample preparation: eventuele zuiverings stap
2 massa spectrometrie
3 identificatie mbv computer
4 herkennen van een patroon
kan er met metabolieten spectromie een tumor geïdentificeerd ?
nee, kan alleen de verandering van metabolisme door de tumor kan waargenomen, maar kan niet gediagnosticeerd worden
waarom is mRNA niet altijd voorspellend voor een eiwit ?
- Eiwit kan afgebroken worden
- Controle van activiteit
wat doen micro RNAs
zorgen er voor dat mRNA geen eiwit vormt
hoe worden micro RNAs gevormd
op maat geknipt door Drosha en DIcer en dan in RISC complex ingebouwd
Drosha knipt to pre-miRNA –> transport naar cytoplasma –> Dicer knipt tot miRNA –> streng wordt in RISC ingebouwd –> zorgt voor specifiteit en repressie van translatie of mRNA afbraak
wat doen siRNAs ?
zorgen voor RNA afbraak
wat is FACS
celcyclus analyse door kwantificeren van DNA gehalte
hoeveelheid DNA geeft aan in welke fase ze zitten
hoe werkt FACS
- Cellen in kweek (asynchroon – in verschillende fases)
- Toevoeging van een DNA bindende stof die fluorescerend is –> hoe meer DNA hoe meer die gaat binden
- Bepaalde hoeveelheid DNA correleert met een bepaald fluorescerend signaal –> hoe meer DNA hoe intenser het signaal
- Werk voornamelijk bij cellen los van elkaar (bloed, gekweekt, etc.)
wat doet paclitaxel?
remt cellen in de mitose
