week 2 Flashcards
wat is een BER reparatie
base excisie reparatie
enzymatisch process dat kleine breuken herstelt
bij wat voor soort blootstellingen die schaden veroorzaken wordt BER gebruikt?
ioniseerende straling,
zuurstof radicalen, alkylerende stoffen, spontane reacties
wat puntmutaties zijn er?
transities, transversies, inserties, deleties
wat voor soort chromosomale afwijkingen zijn er?
translocatie, amplificatie, deletie, numerieke afwijkingen
wat voor mutaties treden op door chemische instabiliteit?
- spontane hydrolyse–> deprivatie –> deletie
- deanimatie van base(hydrolysatie van amino groep) –> cytosine naar uracil –> transitie
wat voor mutaties treden op door biologische stoffen?
1.androgene stoffen (zuurstof) –> guanine naar 8-oxoguaninen –> transversie van G naar T
2. benzo[a]pyreen wordt omgezet naar BPDE –> bind aan DNA en verstoord dubbele helix
wat voor mutaties treden op door fysische agentia ?
UV straling –> intrastrengse beschadeging
wat voor soorten intrastrengse beschadigingen zijn er ?
chemische adducten, intrastreng crosslinks, interstreng crosslinks, DNA streng breuken, bazelaar mismatch
hoe werkt BER?
- schade herkenning en deanimatie - DNA glycosylase
- endonuclease herkent AP-site en knipt DNA, AP-site wordt verwijdert
3 herstel via DNA polymerase en ligase
welk enzym herkent een ongewenst uracil?
UNG- uracil DNA glycosylase
welk enzym herkent oxidatieve schede?
OGG1- 8-oxoguanine DNA glycosylase
wat is een NER reparatie?
nucleotide excisie reparatie
herstel van grote adducten
hoe werkt global genoom NER?
- XPC, CETN2 en RAD23B scannen DNA voor schade, UV-DDB checkt voor schade
2 strands worden door andere enzymen uit elkaar getrokken en van 5’ naar 3’ geknipt
3 DNA polymerase maakt nieuw DNA
welke 2 soorten NER zijn er?
global genoom NER
transcriptie gekoppeld NER
hoe werkt transcriptie gekoppeld NER?
schade wordt tijden replicatie door CSB herkent, en apoptose wordt geremd, verdere mechanisme is vergelijkbaar als bij global genoom NER
welke soorten recombinatie herstel zijn er?
HR - homoloog repair
NHEJ - niet homoloog eind verbinding
bij wat voor soorten blootstellingen die schade veroorzaken wordt recombinatie herstel gebruikt?
ioniserende straling antikanker medicatie
voor wat voor schades wordt homologe repair gebruikt, via een complementaire DNA streng?
mismatched basenparen, intrastreng DNA crosslink, enkelstrengse DNA breuk
voor wat voor schades wordt homologe repair gebruikt, via een zusterchromatide/ homologe chromosoom?
interstrengse DNA crosslink, dubbelstrengse DNA breuk
hoe werkt de niet homologe eind repair (NHEJ)?
1.breuk wordt door KU70/80 herkent
2. DNA-PKcs met XRCC4-DNA ligase 4 breken DNA rondom breuk af en wordt weer aan elkaar geplakt
hoe worden mutaties in immunoglobulines gevormd?
RAG1/RAG2 introduceren dubbelstrengs breuken in b-cel specifiek eiwit –> zorgt voor variatie in antilichamen
wanneer vind HR plaats?
tijden S en G2 fase
de celfases en hun functie
G1 - cel groei en stofwisseling
S - synthese, DNA replicatie
G2 - stofwisseling, celgroei, eiwitsynthese
M - mitose
homologe recombinatie aan de gang…
Breuk herkenning –> breuk tot enkelstrengse staart verwerkt –> baseparing, dus het stuk dat mist wordt vast gebauwd op bases van baseparing via de zuster chromatide –> missende DNA wordt gesynthetiseerd en strengen worden weer aan elkaar gemaakt
wat doet RAD51
koppeling. van homologe chromatide met gebroken DNA, werking wordt door BRCA 1en 2 bepaald
hoe kan gnomische instabiliteit ontstaan bij HR?
als homologe chromosoom gebruikt wordt in plaats van zusterchromatide –> kan mutatie overkopïeren en krijg je verlies van heterozygositeit
hoe kan gnomische instabiliteit ontstaan bij NHEJ?
binnen homoloog chromosoom kan deletie ontstaan –> verlies van normale kopie
kan translocatie tussen chromosomen ontstaan –> tot mutatie leidt
welke richting vind DNA replicatie plaats?
5’ naar 3’
wat zijn de drie mechanisme voor nauwkeurigheid tijdens de DNA replicatie?
1 base selectie
2 proof reading
3 mismatch reparatie
hoe werkt de base selectie tijden de DNA replicatie?
vorm van katalytich centrum wordt mede bepaald door base in template streng, hierdoor kan alleen de juiste base binden
hoe werkt het proof reading tijdens DNA replicatie?
door exonuclease wordt de nieuw gevormde streng gecontroleerd
hoe werkt de mismatch repair tijdens de DNA replicatie?
exonuclease haalt mismatch weg en geeft polymerase weer ruimte om nieuwe base te plaatsen
hoe wordt een mismatch repair defect aangetoond?
via een replication slippage, waarbij een misaligned reannealing plaats vind en als deze niet wordt opgelost geeft dit een fout aan
wat zijn de richtlijnen voor erfelijkheid van colorectaal carcinoom (CRC)?
- eerstegraads familie lid heeft voor 50 CRC gehad
- 3 of meer familieleden CRC (of met lynch geassocieerde maligniteit) hebben gehad voor de 70
defect in welke genen duiden op lynch syndroom?
MLH1, MSH2, MSH6, PMS2
welke fase zijn cellen het gevoeligst voor schade?
s- fase
wat doet topoidomerase ll ?
verbreekt covalente bindingen tussen dubbele helixen, door een opening te creëren in een helix waardoor de andere kan passeren
welke cellen kunnen schade in een tumorcel minder goed repareren?
tumoren in BRCA mutatie dragers
warme cellen - hyperthemie als anti tumor therapie
wat doet PARP 1
maakt BER efficiënter –> bind aan enkelstrengse breuken en modificeert eiwitten met poly ADP ribose
wat gebeurt een in een cel als een enkelstrengse breuk niet wordt opgelost?
bij replicatie wordt een dubbelstrengse breuk gevormd die niet wordt opgelost
hoe werken PARP inhibitors?
zorgen voor dat enkelstrengse breuken niet worden hersteld en en worden dubbelstrengs –> in normale cellen wordt dit door homologe recombinatie opgelost maar in tumor cellen niet en gaan ze dood
profase
chromatine gaat condenseren en vorm chromosomen
prometafase
verbrokkeling van kernmebraan waardoor microtubuli kunnen doordringen
metafase
rangschikking van chromosomen in een lijn
anafase
microtubuli trekken de gerangschikte chromosomen uit elkaar, naar twee polen
telofase
ontbinding van DNA en nieuwe kern envelop wordt gevormd
Onder behulp van welke cellen worden bloed cellen gevormd?
Cellen uit lymfatsiche stelsel en thymus. (b en t cellen)
Uit welke stamcellijn onstaan AML cellen?
Puripotente stamcel
Progenitor cellen
Beperkte delings potentie, veel cel deling
Waarvoor dient stamcel transplantatie?
Voor herstel van beenmerg na chemo en bestraling van het hele lichaam, bij ziekte van hematopoetisch systeem (allo SCT) of bij solide tumoren met zware chemotherapie (auto – SCT)
Wat zijn de 2 typen leukemie:
Chronisch: ophoping gezonde en functionele cellen – defect in groeiregulatie
Acuut: ophoping niet functionele cellen – defect in groeiregulatie en uitrijping
Welke mutatie geeft verlaagde overlevingskans bij AML
FLT3 mutatie
Wat zijn de soorten cellen in de colon?
Slijmbekercellen, cylinsdrische cellen (enterocyten), basale cellen, enteroendocriene cellen
Welke cellen zijn aanwezig in de bronchus?
Slijmbekercellen, cylindrsich trilhaardragende cellen
Basale cellen
Welke cellen maken surfactant?
Clubcellen
Welke cellen produceren melk in de mamma?
Acinaire cellen
Kenmerken van erytrocytaire cellen
Ronde kern, onregelmatige chromatine
hoe worden breuken geinduceerd bij B cel specifieke eiwitten?
Via RAG1 en RAG2 worden dubbelstrengse breuken in immunoglobule locus gemaakt voor differentiatie in antistoffen
Wat zijn de negatieve effecten van senecence
Veroudering, kanker, inflamatie
Wat doet p53
Transcriptie factor die bij DNA schade wordt geactiveerd
Bij alle tumoren gemuteerd
Wat doet MDM2
Regulatie van p53 (negatief)
Bind aan transcriptie domein – UB bind aan p53 – p53 gaat weg van nucleus naar cytoplasma – wordt daar afgebroken
Wat gebeurt er met MDM2 bij stress?
Vind fosforylering plaats – MDM2 kan niet meer binden – verhoogde p53 concentratie – senecence en apoptose
Welke factoren stuurt p53 aan?
- P21 – celcyclus wordt geremd voor DNA herstel
- BAX – apoptose
- MDM2 voor negatieve feedback
welke vormen van onderzoek worden gebruikt voor de analyse van DNA
FISH, PCR, sequencing
welke vormen van onderzoek wordt er gebruikt voor de analyse van RNA?
RNA blot, PT-PRC
welke vormen van onderzoek worden gebruikt voor de analyse van eiwitten?
westernblot, immunokleuring
FISH
- fluorescerend probe wordt ingebracht voor analyse van bepaald gen
westernblotting
detectie van specifiek eiwit via antilichamen
hoe wordt het philadelfia gen gedetecteerd
via en 3’BCR probe en een 5’ BCR probe
5’ blijft op 22 en 3’ gaat naar 9