Week 2; HC 6 DNA replicatie

Question 1

waaruit bestaat nucleotide

Answer 1

nucleobase (AGCT), suikercomponent, fosfaatgroep

Question 2

in welke fase vind replicatie plaats

Answer 2

S-fase

Question 3

hoe werkt DNA replicatie

Answer 3

1. Herkenning van RIP door geactiveerd ORC
2. ontwinden van helix door DNA helicase
3. DNA-polymerase alpha-primase complex: maakt begin RNA-primer (op de RIP).
4. Clamp loader (eiwit) zorgt voor het laden van de sliding clamp (eiwit)
5. Sliding clamp zorgt dat DNA-polymerase aan de matrijsstreng blijft zitten
6. DNA-polymerase start dan de replicatie.

Question 4

wat zijn okazaki-fragmenten en hoe ontstaan ze

Answer 4

Aangezien DNA-polymerase maar één kant op gaat en er twee antiparallelle strengen zijn, kan één dochterstreng (Leading strand) continu gevormd worden, maar de andere (Lagging strand) heeft een probleem. Daar worden stukjes achter elkaar gevormd in Okazaki-fragmenten. Telkens dat helix een stukje verder uit elkaar gaat, moet een nieuwe primer worden gemaakt op die Lagging strand template en dus een nieuw stukje DNA gemaakt. Uiteindelijk worden die fragmenten door DNA-ligase aan elkaar gezet en heb je dus 1 streng DNA.

Question 5

Het geheel van alle eiwitten e.d. die nodig zijn voor de replicatie heet de ….

Answer 5

replication fork

Question 6

functie SSB (singlestrandDNA binding eiwitten)

Answer 6

voorkomen dat strengen tijdens replicatie al weer bij elkaar komen

Question 7

6 eisen aan okazaki fragmenten

Answer 7

○ DNA polymerase moet elke keer opnieuw opstappen net als de sliding clamp
○ Er moet telkens een nieuwe RNA-primer (RNA primer en niet DNA primer zodat het duidelijk is dat het achteraf weg kan en niet deel is van de streng) komen door DNA primase
○ De kale enkele streng moet worden beschermd (SSB / enkele-streng bindende eiwitten)
○ De gaten tussen de fragmenten moeten worden gedicht (DNA-polymerase)
○ De primers moeten worden afgebroken (RNAse) en de gaps moeten worden dichtgemaakt (DNA-polymerase)
○ De Okazaki fragmenten moeten aan elkaar gezet worden (DNA-ligase)

Question 8

wat zijn de 3 mechanismen die fouten in replicatie herstellen/voorkomen

Answer 8

base selectie, proofreading & mismatch reparatie

Question 9

wat is proofreading

Answer 9

op een nucleotide kan een H-atoom verschuiven, hierdoor kan verkeerde combi ontstaan (ATCG). DNA-polymerase knipt de foute nucleotide weg en bouwt goede nucleotide in

Question 10

functie TLS (translesie DNA synthese)

Answer 10

als de replicatie niet verder kan door een onoplosbare fout, dan stopt de replicatie. TLS zorgt ervoor dat het foutje genergeerd wordt en de transcriptie dus weer verder gaat

Question 11

wat kan cel doen als replicatie te lang geblokkeerd blijft

Answer 11

apoptose of TLS

Question 12

welke 2 soorten polymerasen heb je

Answer 12

replicatieve DNA-polymerasen (zijn heel nauwkeurig) & translesie DNA-polymerasen (minder nauwkeurig, lezen over mutatie heen)