VO.1 - DNA diagnostiek Flashcards
Waardoor komen erfelijke aandoeningen?
Pathogene varianten in genen (mits aanwezig in de kiembaan)
Welke aanduidingen gebruiken we voor mutaties?
- c: coderende sequentie (nucleotideniveau)
- p: eiwitnummering (obv effect van mutatie in eiwitproduct)
- g: genomische sequentie
LET OP: letters klein schrijven
Wat is de betekenis van c.185_186delAG?
c: codon-niveau of coderende sequentie van geen gen
185_186: mutatie bij nucleotide 185 en 186 van de coderende regio van het gen
Del: deletie
AG: specifieke nucleotiden zijn verwijderd (adenine en guanine)
Gevolg: frameshift mutatie
wat is p.Ser1882X?
p: proteine
mutatie gaat over eiwit dat voor het gen codeert
Ser: serine is AZ
X: stopcodon –> eiwitsynthese stop voortijdig
wat is p.Cys64Tyr?
p: proteine
Cys vervangen door Tyr
wat is c.5396+1G>A?
c: coderende sequentie van een gen
+1: verwijst naar de eerste nucleotide direct na het exon –> begon van een intron
G>A: base guanine verandert in adenine
Splicing mutatie: door verandering van de base kan de splicing site veranderen waardoor dit mechanisme wordt verstoord
Hoe vaak komt borst en ovarium ca voor? hoe vaak is dit erfelijk? wat is de overerving?
1 op de 7 vrouwen
5-10% erfelijk belast
AD: HBOC
Er zijn enkele genen (oa BRCA 1 en 2) waarbij pathogeen varianten een verhoogd risico op HBOC geven
Pathogene varianten in beide genen kunnen onafhankelijk leiden tot HBOC
kan BRCA ook de novo zijn?
Komt heel zelden voor
Hoe ontstaat imprinting? Hoe kan je dit zichtbaar maken?
Selectieve methylvering van de C
Lab: bisulfiet maakt van een niet-gemethyleerde C een U
Een gemethyleerde C blijft C
Mbv PCR fragmenten genereren die specifiek zijn voor het vaderlijk en moederlijk chromosoom
En creëren lengteverschil om verschillende fragmenten op gel te onderscheiden
Voor Prader willie en 75% van de Angelman patienten
welke mutaties zijn er?
Nonsense: mutatie ontstaat er te vroeg een stopcodon
Deletie of insertie: hierdoor kan een frameshift mutatie ontstaan
Missense: ander AZ ingebouwd
Splice site: geen goede splicing
hoe gaat de overerving van fragiele x?
Vrouwen kunnen als zij een premutatie hebben dit doorgeven aan de kinderen waarbij die dan de volle mutatie hebben
Bij mannen kan het niet dat de kinderen dan een volle mutatie hebben, de kinderen kunnen dan alleen ook een premutatie hebben
Een vrouw heeft een jongen gekregen met een mentale retardie ihkv fragiele x. Heeft zij een verhoogd risico op nog een kind hiermee?
Als een zoon een premutatie heeft, wat is zijn risico op meer kinderen met een volle mutatie?
Wat kan het patroon bij de dochters zijn?
Ja, ze is drager van de mutatie of de premutatie
Als zij een premutatie heeft kan zij ook jongens krijgen met:
- normale X
- premutatie
- volle mutatie
GEEN verhoogd risico op een kind met een volle mutatie
Dochters:
- Normale X
- Premutatie
- Volle mutatie
waarom kunnen vrouwen met een volle mutatie van fragiele x toch gezond zijn?
Door (random) X-inactivatie –> afhankelijk van de verdeling hiervan
Hebben dus ook een risico op een kind met de volle mutatie
wat is het effect van een premutatie fragiele X?
Vrouwen: POI
M en V: FXTAS
hoe wordt fragiele x vastgesteld?
Southern Blot naar het FMR-1 gen
Na het knippen met een restrictie enzym
Agarosegel electroforese en hybridisatie met een probeer van het FMR-1 gen –> patronen
Waarop wordt de diagnose CF gesteld vaak?
Er zijn 1200 mutaties bekend
Veel gebruiken combinatie testen waarin ong 30 mutaties opgenomen zijn –> 90-95% van de West-Europese populatie CF-mutaties
wat is de kans op CF en dragerschap bij broers of zusjes als een kind CF heeft?
CF: 25% –> want beide ouders moeten sowieso al hebben
Kans op de novo mutatie is heel klein
Drager: 2/3 –> want sowieso niet ziek dus 4e valt weg
Een ouder paar heeft een kind gekregen met CF. Hoe groot is de kans dat de broers/zussen van deze ouder drager zijn?
Een ouder heeft 50% kans op de mutatie door te geven
Een van de ouders van de ouders is sowieso drager (want ouder van kind dat CF heeft is sowieso drager)
Andere ouder (opa/oma) heeft kans van 1:30 van ook drager zijn en 50% kans om door te geven als hebben
Dus
- 50% kans
- + 0,5 x 1:30 = 1,6%
Totaal: 51,6% kans op dragerschap
HOe stellen we de diagnose CF?
Zweettest
In de hielprik screenen we erop
Evt WGS en hybridisatie CFTR-gen om precieze mutatie te achterhalen
OF inno-Lipa CFTR-diagnostiek –> per alles kijken of er een mutatie is op het alles van de vader en op het aller van de moeder
Er kan een combinatie test gedaan worden naar een van de CFTR-mutaties. Wat is de waarde van deze test?
90-95% betrouwbaar
Als 1 mutatie vinden:
- kan draagster zijn
- of kan ziekte hebben waarbij de andere mutatie in de 5-10% groep valt die we niet detecteren –> meer testen nodig om diagnose te kunnen stellen bij verdenking
Welke twee genen zijn bekend die HBOC kunnen geven?
Wat kunnen vrouwen doen?
Hereditaire borst en ovarium cancer
Beide genen kunnen onafhankelijk van elkaar leiden tot HBOC
Als draagster van een van de twee mutaties:
- preventieve verwijdering borsten en/of ovaria
- periodiek onderzoek
Veroorzaken nonsense mutaties altijd problemen?
Meestal wel, tenzij aan het einde van het eiwit
Een mannelijke patient met borstkanker heeft een pathogene mutatie in het BRCA2 gen. Beide ouders zijn gezond. Wat betekent dit?
De novo mutatie is heel zeldzaam
het is een late onnet aandoening waardoor het kan dat ouders nog ziek moeten worden
Kan testen broers en zussen van de man en evt ouders als nog niet gebeurt is
Waar testen we op bij verdenking HBOC?
BRCA 1 en BRCA 2 –> hoewel combinatie heel zeldzaam
hoe ontstaat prader willie syndroom?
OF:
- 2x allel moeder, maar is geimprint –> staat dus uit (niks van vader)
- 1 allel moeder (geimprint) en 1 allel vader (mutatie of deletie)
MIST paternale input
Hoe ontstaat een Angelman syndroom?
OF
- 2x allel van vader, maar geimprint en staat dus uit
- OF 1 allel van vader (geimprint) en 1 allel van moeder met deletie/mutatie
MIST maternale input
hoe goed is de methode om selectieve methylvering aan te tonen bij prader willie en angelman?
PW: 100% detectie
–> Verder geen gen bij bekend/betrokken
Angelman: 75% detectie
LET OP: kan ook veroorzaakt worden door UBE3A gen –> DUS normale maternale en paternale verdeling sluit Angelman NIET uit –> SNP-array nodig
Voor de diagnose Angelman en PW kan ook nog met bandjes gekeken worden. Welke patronen kan je hierop zien? Wat kan hiermee gemist worden?
PW: mist het paternale bandje
Angelman: mist het maternale bandje
Missen: als er sprake is van een duplicatie van het maternaal of paternaal chr
