VL 7: Transkription Flashcards
Nennen Sie zwei Beispiele, warum Transkriptionsrate und Transkriptakkumulation nicht
korrelieren müssen
Transkriptionsabbau und Exportrate aus dem Kern bestimmen auch Transkriptakkumulation
Nennen Sie drei Beispiele für Vorgänge, die ko-transkriptional passieren?
Spleißen (S5P bremst Pol II und erlaubt Ausführung von Spleißing) , mRNA Capping und Polyadenylierung
Warum werden für einen run-on erst Kerne aus Zellen isoliert?
Einfacher die RNA zu markieren –> markierte Nukleotide, Metaboliten können leichter durch Kernpore
Was ist der wesentliche Unterschied zwischen Gro-Seq und Net-Seq?
Bei Net wird die Polymerase per IP gefiltert, man kann die narzierende RNA untersuchen.(Ebenfalls RNA, die kurzlebiger ist wie CUTs)
Bei Gro wird dem RNA Br-UTPs hinzugegeben, sodass die RNA per IP gefällt wird. Hier wird die RNA Pol-Klasse bzw die Transkriptionsrate der RNA-Pol Untersuchung.
Warum stirbt man nach einer Vergiftung mit Knollenblätterpilzen erst nach 1-3 Tagen, mit
den ersten Symptomen meist erst nach 24 Stunden?
Gift hemmt RNA Pol. 2 in der Leber –> bereits akkumulierte RNA kann noch genutzt werden –> Tod tritt erst ein wenn diese aufgebraucht ist
Inwiefern stellt Pro-Seq eine technische Verbesserung gegenüber Gro-Seq dar?
höhere Auflösung: Anstatt mehrere markierte Nukleotide wird das Nukleotid bestimmt auf dem die Polymerase gestoppt hat
Nennen Sie einen technischen Nachteil von Gro-Seq gegenüber Net-Seq.
Gro-Seq hat eine schlechtere Auflösung und liefert schlechtes Gesamtbild, weil nur Zellkern-RNA-Analyse
- Net Seq auch aus Lysaten möglich
Sie wollen die Transkription in Mitochondrien von HeLa Zellen mittels Gro-Seq messen.
Welches Problem müssen Sie lösen?
Mitochondrienmembran ist schwerer zu passieren als die Kernpore
Welche Rolle kann die Phosphorylierung der RNA Polymerase II an ihrer C-terminalen
Domäne spielen?
verändert die Eigenschaften der Pol und ihre Interaktion mit versch. Faktoren –> mittels Antikörper kann man Pol die an S2 bzw S5 phosphoryliert wurden unterscheiden von nicht modifizierten
Hat einen Einfluss auf Splicing –> Geschwindigkeit verändert sich
Nach einer strangspezifischen Gro-Seq Analyse einer menschlichen Zelllinie erhalten Sie
nicht nur erwartete Signale stromab von Promotoren, sondern bei den meisten Promotoren
auch reads auf dem Gegenstrang stromauf, bis etwa zur Position -100. Wie interpretieren Sie
dieses Ergebnis?
RNA Pol. hat in die falsche Richtung gefeuert –> Antisense Strang wurde transkribiert –> RNAs werden nicht aus Zellkern exportiert sondern direkt wieder abgebaut
