VL 3: Hybritisierung

Question 1

Wie kann man nachweisen, dass dsRNA Moleküle zu RNA Interferenz führen?

Answer 1

Ansätze, beim Doppelstrang sieht man was, bei Einzelstrang nix.

Question 2

Wie wird RNAi in C.elegans oder Arabidopsis verstärkt?

Answer 2

RdRP: durch RNA dependet RNA-Polymerase wird siRNA repliziert

Question 3

Welches dieser Enzyme spielt keine essentielle Rolle bei der RNA Interferenz?

a) Endonuklease
b) Dicer
c) Argonaute (AGO)
d) Topoisomerase
e) RNA-abhängige RNA-Polymerase
f) RNA-Polymerase II

Answer 3

D) Topoisimerase

Question 4

In einer Northern-Hybritisierung mit einer Ribosonde erhalten sie zu viele unspezifische Banden-Kreuzhybritisierungen. Wie können Sie diese vermindern?

Answer 4

Hohe Stringenz: Temperatur hoch, niedrige Salz konz. Und hohe konz. An Denaturierungs Agentien

Question 5

In einer Northern-Hybridisierung haben Sie den Deckel des Hybridisierungsgefäßes nicht
gut verschlossen, so dass Ihnen zwei Dittel der Lösung verdampft sind. In welcher Weise
wird dies Ihr Ergebnis verändern?

Answer 5

blank

Question 6

Welches der unten aufgeführten Resultate einer Endpunkt-RT-PCR zur Validierung eines
shRNA Ansatzes zeigt, dass das Experiment geeignet für weitere Silencing Experimente
ist.
- Zellen transfiziert mit einer shRNA gegen die Ziel-mRNA zeigen kein Amplikon. ‘Wild
typ’ Zellinie zeigt ein Amplikon. Zellen transfiziert mit ‘Vector-shRNA’ zeigen kein
Amplikon. Zellen nur mit ‘Transfektionsreagenz’ behandelt zeigen Amplikon
- Zellen transfiziert mit einer shRNA gegen die Ziel-mRNA zeigen kein Amplikon. ‘Wild
typ’ Zellinie zeigt ein Amplikon. Zellen transfiziert mit ‘Vector-shRNA’ zeigen
Amplikon. Zellen nur mit ‘Transfektionsreagenz’ behandelt zeigen Amplikon
- Zellen transfiziert mit einer shRNA gegen die Ziel-mRNA zeigen kein Amplikon. ‘Wild
typ’ Zellinie zeigen kein Amplikon. Zellen transfiziert mit ‘Vector-shRNA’ zeigen kein
Amplikon. Zellen nur mit ‘Transfektionsreagenz’ behandelt zeigen Amplikon

Answer 6

das 3te, weil zeigt ZEllen mit Vector shRNA kein Amplikon und 1ste, weil Wildtyp-Zellen zeigt kein Amplikon

Question 7

RNAi kann für funktionelle Genomik genutzt werden. Dies wurde besonders erfolgreich für C.elegans eingesetzt. Warum?

Answer 7

Wegen RNA-Abhängige Polymerase und einfacher Aufnahme von siRNA mit E.Coli

Question 8

Prof. Hastig sagt Ihnen, dass Sie ein Gen bekannter
Sequenz, aber unbekannter Funktion mittels reverser Genetik in Drosophila untersuchen
sollen. Sie sollen eine Transposon-Mutagenese machen. Dickköpfig wie Sie sind,
versuchen Sie Prof. Hastig zu überzeugen, lieber RNAi zu nutzen. Nennen Sie Argumente

Answer 8

-RNAi: spezifischer, einfacher zu designen, reversible, hypomorph
Hypomorph: Knock-down, part.Funktion verhindert.
-Transposons machen das Gen kaputt, welches essenziell ist

Question 9

Homozygote Mausmutanten von Dicer sterben bereits als Embryo, obwohl kein Virenbefall und auch damit auch keine siRNA-Abwehr nötig war. Warum?

Answer 9

DICER produzieren siRNAs und spielen damit eine bedeutende Rolle in der Regulation der Proteinbiosynthese des Körpers. 30% der Genregulation findet über RNAi statt!