VL 6: ChIP Seq

Question 1

Was bedeutet ChIP?

Answer 1

ChIP-Seq = Chromatin Immuno Präzipitation NGS

Question 2

Auf welche Bereiche wird in einem ChIP-Seq Experiment bevorzugt normalisiert?

Answer 2

Man normalisiert um den Hintergrundnoise besser zu eliminieren. Damit man sich dabei nicht überschätzt, schaut man such die Signale außerhalb der Peaks an und gleicht/eicht auf diese Signale. Peaks werden von dieser Eichung ausgenommen.

Question 3

Nennen Sie drei wichtige Kontrollen für ChIP-Seq Experimente.

Answer 3

• Input DNA (Chromatin ohne IP): Fragmente in der Library werden unterschiedlich gut amplifiziert  Maß für Sequenzierfähigkeit der DNA
• Kein Antikörper (IP ohne oder mit unspezifischem Antikörper): Trotzdem DNA im Pellet, da Proteine und Chromatinfragmente auch unspezifisch miteinander binden
• -> Man misst was unspezifisch präzipittiert wird
• Kein Tag (IP von Probe ohne getaggtes Protein): Präzipitationshintergrund soll sichtbar gemacht werden (DNA )

Question 4

Welchen Zelltyp brauchen Sie für die Durchführung eines ChIP-Seq Experiment?

a. Muskelzelle
b. Nervenzelle
c. B-Zelle
d. Epidermiszelle

Answer 4

Nervenzelle

Question 5

Welches der folgenden DNA Bindeproteine interagiert sequenzspezifisch mit DNA?

a. Histon H3
b. DNA Polymerase
c. NF-kB
d. RNA Polymerase

Answer 5

C)

Question 6

Was ist der primäre Zweck der Ultraschallbehandlung in einem ChIP Experiment?

a. Verkürzung der Chromatinfragmente
b. Aufschmelzen von dsDNA zu ssDNA
c. Die Viskosität in der Probe zu erniedrigen
d. Proteine von der DNA zu entfernen

Answer 6

Fragmentierung der DNA

Question 7

Was bedeutet 3C (mit Skizze) und welche Frage beantwortet ein 3C-Experiment?

Answer 7

Chromosom conformation Capture

3D-Chromatin Interaktion durch das gesamten Genom erfasst.

Question 8

Wie kann man mit Formaldehyd global nach regulatorischen Sequenzen im Genom suchen?

Answer 8

mittels FAIRE Seq

Question 9

Was ist der Vorteil von Fair-Seq gegenüber der DNase I Analyse?

Answer 9

Keine Endonuklease nötig