Variation génomique humain

Question 1

Définition

1) Cytogénétique conventionnelle
2) Biologie moléculaire
3) Cytogénétique moléculaire

Answer 1

1) Étude à l’échelle de chromosome
2) Étude à l’échelle des nucléotides
3) Mis en évidence des variations du génome (entre les deux)

Question 2

Définition

1) SNV
2) CNV
3) BCA

Answer 2

1) variation nucléotidique
2) variation déséquilibrée (copies)
3) variation équilibrée

2 + 3 = variation de structure

Question 3

Décrire une caryotype

Answer 3

• Condition : culture cellulaire + en métaphase pour que les K soient condensés
• Résolution = 5 à 10 Mb
• Permet d’analyser la structure et le nombre de K

Question 4

Décrire l’ACPA

Analyse chromosomique sur puce à ADN

Answer 4

• Résolution = 30-50 kb
• mise en compétition des copies d’ADN du patient témoin et “malade”
• Rouge = trop de copie et vert = peu de copie

Exemple d’ACPA : CGH Array

Question 5

Quel est le principal inconvéniant d’un CGH Array ?

Answer 5

Il permet d’analyser uniquement les CNV (variations déséquilibrées)

c’est un examen quantitatif

Question 6

Expliquer la PCR

Answer 6

Amplification des brins d’ADN avec des polymérases et des amorces

Question 7

Expliquer le séquençage de Sanger

Answer 7

• Amplification par PCR
• On fait ensuite une réaction de séquence : on met des dNTP normaux et avec fluorochromes. Dès qu’un dNTP avec fluorochrome se fixe on arrête le prolognement
• On utilise une électrophorèse pour mesurer la taille des brins et séquencer à la suite les nt

Question 8

Les limites du séquençage de Sanger

Answer 8

• Temps de lecture long
• Détection de mosaïque si > 20%
• Parallélisation (faire plrs patients en même temps) limitée au nombre de capillaires indépendants
• Il peut lire mais pas quantifier donc ne détecte pas les exons en trop ou en moins = pas de détéction des réarrangements > 1kb
• Taille de lecture (résolution) limitée à 800-1000 bases

Question 9

Étapes de NGS

Answer 9

• Choisir les parties qu’on veut analyser puis faire un lavage
• On multiplie les brins et on utilise une polymérase qui va créer un brin complémentaire avec des dNTP fluorochromes
• Ces fluorochromes vont émettre des signaux pour qu’on trouve les séquences

Ressemblance avec séquence de 1e génération

Question 10

La différence entre NGS et séquençage de Sanger

Answer 10

• Sanger : ciblage exon par exon
• NGS : on séquence tout en même temps et en parallèle

Question 11

Séquençage de 2e et 3e génération

Answer 11

• 2e G : séquençage de tout l’ADN génomique et massif en parallèle
• 3e G : pas de PCR + séquençage d’une seule molécule d’ADN

Question 12

Avantages d’un NGS

Answer 12

• Séquençage de nombreux gènes en parallèle
• Meilleure sensibilité de découvrir des mosaïques
• Diminution du coût d’équipement

Question 13

Inconvéniant d’un NGS

Answer 13

• Volume de donnée à analyser et stocker ++
• Nombreux variants de signification inconnus, variants délétères non solicités

Question 14

Principaux type de variant en pathologie

Answer 14

• Variation de qq bases
• Anomalies K
• Expansion de triplets (dur à trouver cependant)

Question 15

Médecine des 4 P

Answer 15

• Préventive
• Participative
• Personnalisée
• Prédictive

Question 16

4 enjeux du plan

Answer 16

• économique
• technologique
• scientifique et clinique
• santé publique

Question 17

Problèmes de séquençage

Answer 17

• Ethique
• Financier
• Informatique
• Ressources humaines

Question 18

Définition

1) Faux-sens
2) Non-sens
3) Frameshit

Answer 18

1) changement de protéine par changement d’1 AA
2) Création codon stop
3) Délétion ou ajout