v.12 (12/11) Genetiken vid komplexa, multifaktorella sjukdomar Flashcards
Vad är Heritablilitet?
Mellan vilka värden pendlar den?
Hur stor andel av fenotypiska varianter orsakas av genotypiska variationer.
- När en gen inte orsakar en fenotypisk variant mellan individer är heritabiliteten = 0
- När en gen orsakar en fenotypisk variant mellan individer är heritabiliteten = 1
Vad är sannolikheten att få schizofreni bland befolkningen (d.v.s. sporadiska fall)?
1 %
Vad är risken att du får schizofreni om din tvilling har det?
50 %
Vad betyder att en sjukdom är genetisk heterogen?
Att olika genförändringar kan orsaka samma fenotyp för en sjukdom.
Vad är Hap-Map-projektet?
Hap-Map-projektet gjordes för att kunna beskriva hur genomet varierar mellan olika individer.
Det gjordes även för att identifiera de positioner som beskriver bäst variationer över hela genomet, eftersom det faktiskt normalt sker variationer mellan människor.
→ Var 1000:e baspar mellan människor, vilket innebär att 1-3 miljoner SNPs är mer relevanta.
Vad är GWAS?
Vilken koppling har det till Hap-Map-projektet?
Genom Wide Association Studies
Man granskar det humana genomet och försöker se samband mellan olika varianter av fenotyper/sjukdomar och olika genvarianter. Man tittar på SNPs och även större förändringar i genomet.
Eftersom man inte kan titta på tre miljarder baspar hos varenda person tittar man istället på de baspar som varierar mellan människor (d.v.s. runt var tusende bas). Här är Hap-Map-projektet till hjälp.
Vad är CGH-array?
CGH-array jämför patientens DNA med ett kontroll-DNA-prov och ser om det finns deletioner eller duplikationer i patientens-DNA.
→ Tusentals prober placeras i sonder
→ Patienten-DNA klipps i mindre delar och färgas t.ex. rött med fluorescensfärg
→ Referens-DNA färgas t.ex. grönt
→ Patient-DNA och referens-DNA och sätts i behållarna där hybridisering sker och DNA-fragmenten binder till sina matchande prober
En maskin mäter sedan nivåerna av röd och grön fluorescensfärg i varje sond
- Gul färg → Patient-DNA är i samma mängd som Referens-DNA (rött+grönt=gult)
- Grön färg → Patient-DNA:t har en deletion någonstans
- Röd färg → Patient-DNA har en duplikation någonstans
Vad är IBDas?
Inflammatory bowl desease.
Delar av tarmen har en stark inflammation, vilket ofta resulterar i att tarmen måste opereras bort.
En komplex sjukdom då miljön påverkar. Incidensen är hög i I-länder och man tror att sjukdomen uppstår då vi lever för rent och påverkas vi inte av tillräckligt mycket bakterier.
Vad ser man på en Manhattan plot?
Varje prick/plot på diagrammet är ett ställe där man tittat på SNPs.
Man tittar på hur frekvent som en markör förekommer. Man tittar även på vilken markör som är mest frekvent i fenotyp-gruppen och kontroll-gruppen. Ju högre statistiskt värde, desto starkare korrelation/samband har den.
Vad är Compound heterzygot?
Två heterogena recessiva alleler vid ett särskilt ställe som kan orsaka genetisk sjukdom i ett heterozygot tillstånd.
Vad är Causal (orsakande) SNPs?
SNPs som finns i större utsträckning än normalt i den del av genomet som är kopplad till en sjukdom. Dessa SNPs orsakar uttrycket och sjukdomen direkt. De finns i större utsträckning hos sjuka patienter.
Vad är Associerande SNPs?
SNPs som finns i större utsträckning i närheten av sjukdomsorsakande SNPs. Dock påverkar inte Associerande SNPs sjukdomen i sig alls och kan inte heller orsaka sjukdom.
Associerande SNPs kan finnas i proteinkodande delar och i icke-proteinkodande delar av genen.
Vad är en monogenisk sjukdom?
När en genmutation orsakar en fenotyp. Detta kan i samspel med miljö orsaka vissa fenotyper, men oftast är det ett starkt samband mellan genförändringen och sjukdomsförloppet.
I monogena sjukdomar har man en orsakande gen och en genotyp.
Vad är en multigen sjukdom?
I multigena sjukdomar har man flera gener, samma genotyp.
En multigen sjukdom innebär att det inte finns en specifik gen som orsakar sjukdomen, utan flera gener kan bidra till den.
