Thème 3 Flashcards
Savoir interpréter une phylogénie (représentation visuelle).
Les groupes reliés par un noeud sont plus proches
Qu’est ce qu’un groupe monophylétique
Comprends une espèce ancestrale et tous ses descendants
Qu’est ce qu’un groupe paraphylétique
Comprends un ancêtre et une partie de ses descendants
Qu’est ce qu’un groupe polyphylétique
Contient un certain nombre de taxons mais pas l’ancêtre commun à tous. Un groupe polyphylétique repose sur des homoplasies (ressemblances), plutôt que des homologies (caractères dérivés).
Expliquer la notion de polarité des caractères (état plésiomorphe vs apomorphe, ou ancestral vs dérivé).
Pour connaître la phylogénie, il est important de connaître quels sont les caractères que l’ancêtre possédait versus ceux que les descendants possèdent. Pour trouver le caractère ancestral on utilise un outgroup.
Définir ce qu’est une synapomorphie.
Une homologie dérivée partagée par tous les membres
Comprendre le principe de la reconstruction phylogénétique par parcimonie.
Représente l’approche selon laquelle la meilleur phylogénie est celle qui nécessite le moins de changements évolutifs (le moins “d’étapes”). Nécessite la connaissance de la polarité des caractères.
Identifier les particularités de la méthode de reconstruction phylogénétique par vraisemblance, reconnaître quand ils peuvent être utilisés (traits génétiques vs morphologiques).
Utilisés pour les données génétiques. Permet de modéliser l’évolution des séquences d’ADN.
Le meilleur arbre est celui qui permet le mieux
d’expliquer les données génétiques en tenant compte des contraintes du modèle. Permet d’estimer les longueurs des branches (pas la parcimonie)
Ce modèle précise des choses comme la proportion de
chaque nucléotide dans les séquences (A/C/G/T) et le
taux de mutation pour chaque substitution possible
(transitions, tranversions
Donner des exemples des paramètres trouvés dans un modèle d’évolution
Le taux de mutation, la diffèrence dans le fémur au niveau de l’insertion du périoste et la différence dans le comportement de parenté.
Expliquer pourquoi le taux de mutation diffère entre transitions et transversions
Les transitions sont beaucoup plus probables, car elle représentent des changements plus simples que les transversion. En effet les transversions ajoutent oou retirent une cycle complet.
Discerner la notion d’homoplasie dans le contexte de données génétiques
l’homoplasie se manifeste par des similitudes dans les séquences d’ADN ou d’ARN, alors que les organismes en question ne sont pas étroitement liés phylogénétiquement. Ces similitudes peuvent être dues à différents mécanismes
Discerner la notion d’homoplasie dans le contexte de phénomène de saturation des mutations
La saturation augmente le risque d’homoplasie : Plus un site est susceptible de muter, plus il y a de chances qu’il mute plusieurs fois indépendamment dans différentes lignées, créant ainsi des homoplasies.
Discerner la notion d’homoplasie dans le contexte de phénomène de variation du taux de substitution entre positions des codons.
Les taux de mutation varient dans le génome
Si les mutations sont seulement sur la 3ème position du codon, espèces très proches / même espèce versus si c’est a 2ème ou 3ème.
On porte donc plus de poids vers une homologie s’il y a une homoplasie à la 2ème ou 3ème position du codon qu’en première.
