Tertiær- og kvartenærstruktur Flashcards
Hvilke grupper af proteiner arbejder vi med?
Globulære-, IDP’er, Fibrøse- og membranproteiner
Beskriv et globulært protein
Globulære proteiner er arrangeret i en rund form.
Det er typisk enzymer og regulatoriske proteiner, der består af flere typer af sekundær struktur.
Beskriv et IDP
Et IDP er uordnede proteiner, der mangler en veldefineret stabil tertiær struktur.
Disse indeholder ofte aminosyrerne Lys, Arg, Glu (ladet) og Pro (uorden grundet konformation).
Uordnede proteiner har ofte flere substrater, der kan bindes, og indtager forskellige konformationer for at kunne binde hvert substrat.
Det er typisk regulatoriske proteiner
Beskriv et membranprotein
Membranproteiner er placeret i et hydrofobt lipidlag i cellens membran
Beskriv et fibrøstprotein
Fibrøse proteiner er arrangeret i lange sheets.
Det er typisk proteiner til support, form og beskyttelse. De består typisk af 1 form for sekundære struktur, og mange hydrofobe aminosyre, der gør den uopløselig i vand.
Definer den tertiære struktur
Et proteins tertiære struktur dækker over den overordnede tredimensionelle arrangering af alle atomer.
De tertiære strukturer er sekundære strukturer, der er organiseret i en tredimensionel foldning.
Definer den kvartenære struktur
Den kvarternære struktur dækker over den tredimensionelle arrangering af flere polypeptidbindinger med deres egen tertiær struktur.
Subunits i en kvarternær struktur kan have separate, men relaterede funktioner.
Subunits kan også skifte konformation, ved at påvirke interaktionen mellem subunits, som konsekvens af binding af en ligand eller et regulatorisk molekyle.
Definer begreberne dimer og oligomer
En dimer er et protein, der indeholder 2 subunits.
Et oligomer også kaldes multimer er et protein, der består af flere subunits, der kan være forskellige eller ens.
Ved at et protein har flere subunits, kan det have en yderligere funktionalitet
Hvad står IDP for?
Intrinsically disordered protein
nativt uordnet proteiner
Hvad er en protomer?
Det er enhed, bestående af subunits, der gentages i et protein.
Hæmoglobin er et godt eksempel.
Det består af 2 alfa-betaenheder, og er derfor en dimer af alfa-beta-protomerer
Hvilke aminosyre findes ofte i IDP’er?
Ladet aminosyre: Lys, Arg, Glu
Pro pga. sin cis-konformation
Er et modul et domæne, eller er et domæne et modul?
Et modul vil altid være et domæne, da et modul beskriver gentagende enheder i et proteins, mens domæner er selvstændigt stabile units i et protein
Hvad er bindingsenergien for van der Waalske interaktioner, saltbroer og hydrogenbindinger?
Van der Waal: 2 kJ/mol
Saltbroer: 10-300 kJ/mol afhængigt af afstand
Hydrogenbindinger: 10-20 kJ/mol
Hvordan afhænger de intermolekylære interaktioner af afstanden r?
Van der Waal: r^-6 Hydrogenbindinger: r^-3 Ion-dipol (metalioner): r^-3 Ion interaktioner: r^-1 Permanent dipol-dipol: r^-3 Kortvarige dipol-dipol: r^-6
Hvad er bindingsenergien for de forskellige svage interaktioner?
Van der Waal: 2 kJ/mol Hydrogenbindinger: 10-20 kJ/mol Ion-dipol (metalioner): 15 kJ/mol Ion interaktioner: 10-300 kJ/mol Permanent dipol-dipol: 2 kJ/mol Kortvarige dipol-dipol: 0,2-0,6 kJ/mol
