Kemisk baggrundsviden Flashcards
Beskriv Gibbs fri energi G ud fra Enthapli og Entropi
ΔG = ΔH - T*ΔS
Opskriv formlen for sammenhængen mellem ΔG og K
ΔG = - R * T * ln(K)
Hvad skal Hydrogen atomer være bundet til for at kunne indgå som donor i en hydrogenbinding og hvilke aminosyre kan være donor?
Hydrogen skal være bundet til et stærkt elektronegativt atom fx. O eller N
Aminosyre: Gln, Asn, Ser, Thr, Tyr, Trp, Arg, Lys og His
Hvilke faktorer kan påvirke styrken af en Hydrogenbinding?
Vinklen, der er mellem donor og acceptor er bedst ved 180 grader, det skyldes at den positive ladning fra H, bliver placeret direkte mellem den partielle negative ladning fra acceptoren.
Afstanden mellem acceptor og donoer har også en betydning
Hvad betyder det at vand screener elektrostatiske interaktioner?
Vand udskifter sine hydrogenbindinger med selv ud, til fordel for hydrogenbindinger med et andet stof.
Beskriv den dielektriske konstant og angiv den for vand
Den dielektriske konstant omhandler solventets evne til at screene for ladninger særligt hos ioner.
Det afspejler altså antallet af dipoler i solventet.
Vand har en dielektrisk konstant på 78,5
Beskriv den hydrofobe effekt
De hydrofobe dele vil aggregere og klumpe sig sammen, således at der frigives en masse vandmolekyler, der giver en tilvækst i entropi
Beskriv van der Waalske interaktioner og hvad der menes med en van der Waals radius
Van der Waalske interaktioner opstår når 2 uladet partikler kommer tæt på hinanden.
Der kan introduceres en midlertidig dipol ved korte forandring i elektrondensiteten når de kommer tæt på.
Alle atomer har en van der Waals radius, der er den afstand de tillader andre atomer at komme hen til.
Herefter vil der ske en frastødning.
Opskriv bufferligningen
pH = pKa + log([A-] / [HA])
Hvor kommer bidrag i enthalpi fra?
Stabiliserende interaktioner: Hydrogenbindinger indeni polypeptidkæden Disulfidbroer Saltbroer Hydrofobe interaktioner Van der Waalske kræfter Dipol-dipol interaktioner Ion-dipol interaktioner Koordinering af metalioner
Solventeeffekter:
Hydrogenbindinger med solventet
Hvad svarer nM til i M
10^-9 M
Hvad svarer µM til i M
10^-6 M
Hvad svarer mM til i M
10^-3 M
Hvad er kDa i g/mol
1000 g/mol
