Sekundær struktur Flashcards
Hvad er et nativt protein?
Det er en foldning af proteinet, der gør at det kan fungere
Cytosolen af cellen har et reducerende miljø, hvad kan det have af betydning for proteinets foldning?
Ved et reducerende miljø kan proteinerne ikke have disulfidbroer.
Hvad skyldes den dielektriske dipol i peptidbindinger?
Det skyldes at Oxygen i carboxylgruppen har en partiel negativ ladning og Nitrogen i aminogruppen har en partiel positiv ladning
Hvad er Phi og Psi vinklerne for et polypeptid, hvor alle sidekæderne ligger i samme plan
Phi og Psi vinklerne skal være enten + eller - 180
Beskriv random coil
Det er mangel på en veldefineret sekundær struktur
Hvad svarer 1 Å til i nm?
1 Å = 0,1 nm
Hvor er aminosyreresternes sidekæder placeret i en Alfa-helix
Sidekæderne er placeret udenfor Alfa-helixens backbone
Hvor lang er en omgang i en Alfa-helix i Å og antal aminosyrerester?
5,4 Å og 3,6 aminosyrerester
Hver aminosyrerest svarer til 1,5 Å
Er Alfa-helixer normalvis venstre eller højredrejet?
Hvad er dens Phi og Psi vinkler?
Hvor bred er en Alfa-helix?
En Alfa-helix er højredrejet.
Phi = -57 grader
Psi = -47 grader
En Alfa-helix er typisk 10 Å bred
Hvad karakterisere en Alfa-helix mht. struktur og stabilisering?
Der er hydrogenbindinger mellem rest i og i+4.
Der er capping af de yderste aminosyrerester i hver af enderne, der kan interagere med solventet
En Alfa-helix er tætpakket hvilket skaber van der waal og muligheden for hydrofobe interaktioner.
Der er en makrodipol igennem strukturen
Hvilken aminosyre er bedst og hvilken er dårligst til at danne Alfa-helixer?
Bedst: Alanin
Dårligst: Glycin
Hvad er Phi og Psi vinklerne for parallelle og antiparallelle Beta-sheets?
Phi:
Antiparallelle: -140 grader
Parallelle: - 120 grader
Psi:
Antiparallelle: + 135 grader
Parallelle: + 113 grader
Hvilke aminosyrerester finder man sjældent i Alfa-helixer og hvorfor?
Asn, Ser, Cys, IIe, Thr, Pro og Gly
Pga. deres størrelse og konformation. Nogle af dem er forgrenede på deres C-beta
Hvordan er sidekæderne placeret i et Beta-sheet, og hvordan er hydrogenbindinger?
Sidekæderene er placeret så de peger skiftevis op eller ned ift. backbone.
Hydrogenbindingerne er mellem strengene og deres interne vinkler afgøre om der er tale om parallelle eller antiparallelle
Hvorfor er den antiparallelle konformation af Beta-sheets mere stabil end den parallelle?
Det skyldes at hydrogenbindingerne er vinkelrette i den antiparallelle.
Samtidig vil denne vinkel skabe en kortere afstand mellem resterne, der danner bindingen.
Hvor langt er en periode (2 AA rester) i henholdsvis et antiparallelt og et parallelt Beta-sheet?
Antiparallelt: 7 Å
Parallelt: 6,5 Å
Beskriv et Beta-turn
Et Beta-turn består af 4 aminosyrerester, der vender strukturen 180 grader.
Der er hydrogenbindinger mellem AA rest 1 og 4, de 2 andre aminosyre kan interagere med solventet, hvis det er placeret på ydersiden af proteinet.
Der findes ofte Gly og Pro.
Tegn et Ramachanran-plot og indtegn hvor Alfa-helixer og Beta-sheets typsik befinder sig
Hvad forstås ved en supersekundær struktur?
Det er nogle fysisk favorable måder for sekundære strukturer, at være organiseret på. De vil ikke være stabile i sig selv, men kan være del af et større fold
Dette kaldes også et motiv
Hvad forstås ved site-directed mutagenese?
Det er en mutation i den primære struktur af et protein.
Det laves i lab for at undersøge betydningen af specifikke aminosyre, eller for at øge stabiliteten af et kunstigt.
Hvad betyder coiled coil?
Det er 2 Alfa-helixer, der er snoet omkring hinanden, så det bliver en venstre drejet Alfa-helix. Denne struktur ses bla. i Alfa-keratin.
Beskriv strukturen af collagen
collagen består af 3 venstre drejet Alfa-helixer, der danner en stor superhelix, der er højre drejet.
Det består af aminosyrerne Gly, Ala, Pro og 4-hydroxyprolin, der er små eller har cis-konformation.
Hvad afgøre et proteins opløselighed?
Temperatur, saltkoncentration, pH og aminosyrerne
Hvad gør en øget saltkoncentration for proteinets opløselighed?
Det vil få opløseligheden til at falde
Definer et loop
Et loop er en ikke veldefineret struktur, der er placeret mellem sekundære strukturer.
De vender retningen på strukturen
Definer et domæne
Et domæne er et subunit. Den folder til et kompakt, lokalt og semi-uafhængigt unit.
Det vil være i stand til at fastholde sin struktur, hvis det adskilles fra proteinet
Definer et motiv
Et motiv er det samme som en supersekundærstruktur.
Det er nogle fysisk favorable måder for sekundære strukturer, at være organiseret på. De vil ikke være stabile i sig selv, men kan være del af et større fold
Definer et modul
Et modul er stabilt og gentages flere steder i det samme protein.
Det behøver ikke at være placeret lige efter hinanden.
Et eksempel er gentagelsen af domæner
Definer et fold
Et fold er strukturelle formationer i et protein. Det er dannet ud fra hydrogenbindinger, saltbroer og disulfidbroer.
Et fold kan godt være et motiv
Hvad er karakteristisk for metalioner, og hvilke egenskaber er knyttet til bløde og hårde metalioner?
En metalion er en Lewis syre, og kan koordineres ift. Ligander, der er R-grupper på aminosyrerester, der er Lewis baser.
Blød = store, lavt oxidationstal og poliserbare - binder soft ligander og har kovalent karakter.
Hård = mindre, højt oxidationstal og ikke så poliserbare. - binder kun Hard ligander og bindingen har ion karakter
Tegn et Ramachandran plot for Gly, Pro, Ile, Val og der hvor alle aminosyrerester er tilladte
Pro har en låst Phi vinkel på -60 grader
