Primær struktur

Question 1

Opskriv Lambert Beers lov

Answer 1

A = log(I_0 / I) = E * K * l

I_0  = intensiteten af lyset
I = intensiteten af lyset, der kommer igennem opløsningen
E = den molære absorbans for stoffet målt i liter/mol cm
C/K = koncentrationen af opløsningen
L = længden af cuvetten, der indeholder væsken.

Question 2

Hvilke stoffer kan benyttes til at nedbryde disulfidbroer?

Answer 2

Dithiothreitol (DDT) eller perfomic acid

Question 3

Definer begreberne ortologe og paraloge

Answer 3

Paralog betyder at 2 proteiner, der har næsten samme sekvens og funktion, samtidig med at de stammer fra samme art.

Ortologer betyder 2 proteiner, der har næsten samme sekvens og funktion, men som stammer fra forskellige arter

Question 4

Definer det isoelektriske punkt og opskriv formlen for dette

Answer 4

Det isoelektriske punkt er når en polypeptid kæde har en ladning på 0.
pI = (pK1 + pK2)/2

Question 5

Hvilke aminosyre har syre-base egenskaber?

Hvor mange ioniseringsstadier har de

Answer 5

Kan protoneres og er baser: Lys, Arg og His.
Kan deprotoneres og er syre: Asp, Glu, Cys og Tyr.
De har altså 3 pKa værdier og kan derfor findes i 4 ioniseringsstadier.

Question 6

Hvad gælder der for ændringer i pKa pga. intermolekylære interaktioner?

Answer 6

Molekyler vil altid søge efter den højeste stabilitet og det laveste energi niveau.
Det er ufavorabelt at have 2 ens ladninger tæt på hinanden.
Hvis der er 2 positive ladninger vil pKa blive sænket, så den den hurtigere smider sin proton.
Hvis der er 2 negative ladninger vil pKa stige, så den vil holde på sin proton i længere tid

Question 7

Hvad sker der med pKa for en negativt ladet gruppe i nærheden af noget negativt, positiv eller hydrofobt?

Answer 7

pKa for en negativ gruppe vil falde i nærheden af en positiv ladning (proton afgives hurtigere)
pKa for en negativ gruppe vil stige, hvis den er i nærheden af noget hydrofobt.
pKa for en negativ gruppe vil stige, hvis den er i nærheden af noget negativt (den vil holde på sin proton længere)

Question 8

Hvad sker der med pKa for en positivt ladet gruppe i nærheden af noget negativt, positivt eller hydrofobt?

Answer 8

pKa vil stige når den positive gruppe er i nærheden af noget negativt (den vil holde længere på sin proton)
pKa vil falde når den positive gruppe er i nærheden af noget positivt (den vil afgive sin proton hurtigere)
pKa vil falde når den positive gruppe er i nærheden af noget hydrofobt (den vil hurtigere smide sin proton)

Question 9

Nævn 5 vigtige karakteristika ved peptidbindinger

Answer 9

1. Peptidbindinger har ca. 40% dobbeltbindingskarakter pga. resonans stabilitet.
2. bindingen er plan
3. Transkonformation er foretrukket
4. Der er rotation omkring Phi og Psi vinklerne
5. Peptidbindinger er termodynamisk set ustabile, men de er stabile under fysiologiske betingelser

Question 10

Hvor er en Phi-binding

Answer 10

Phi bindingen har fri drejelighed og sidder mellem C-alfa og N

Question 11

Hvor er en Psi-binding

Answer 11

Psi bindingen har fri drejelighed og sidder mellem C-alfa og C

Question 12

Hvad er en rotamer?

Answer 12

Rotamere er sidekæde konformationer med lav energi.

Question 13

Hvor befinder de ladet aminosyrerester sig i et protein?

Answer 13

De befinder sig typisk på overfladen, hvor de kan vekselvirke med solventet.

Question 14

Hvor befinder henholdsvis polære og upolære aminosyrerester sig typisk i et protein?

Answer 14

Polære aminosyrerester befinder sig typisk på overfladen, hvor de kan vekselvirke med solventet.
De kan også findes indeni proteinet, hvor de kan vekselvirke med andre aminosyrerester.
Upolære aminosyrerester befinder sig typisk i en hydrofoblomme i protein, det skyldes den hydrofobe effekt

Question 15

Hvilke aminosyre er forgrenet på Beta-carbonet?

Answer 15

Valin, Isoleucin og Threonin

Question 16

Hvilke polære og uladet aminosyre kan danne hydrogenbindinger?

Answer 16

Ser, Thr, Asn og Gln

Question 17

Hvad betyder deaminering, og hvilke aminosyre kan gøre det?

Answer 17

Deaminering betyder at der substitueres en carboxylsyre ind i aminosyren i stedet for en aminogruppe.
Det er Gln og Asn der kan deaminere ved sur hydrolyse

Question 18

Ved hvilken pH er et protein mindst opløseligt?

Answer 18

pH = pI

Question 19

Hvilken enhed måler man vægten af en aminosyre

Answer 19

g/mol eller Da

Question 20

Hvordan kan pI udregnes for et polypeptid?

Answer 20

Man opskriver alle de grupper, der kan protoniseres og deprotoniseres.
Det er C-terminus, N-terminus og eventuelle R-grupper. Man opskriver peptidets ladning ved pH, som er højere og lavere end hver af de opskrevne pKa værdierne
Man benytter de 2 pKa-værdier, der er tættes på den neutrale ladning:
pI = pKa1 + pKa2 / 2

Question 21

Forklar hvorfor Gamma-carboxylgruppen i Glutamat har en højere pKa-værdi end Alfa-carboxylgruppen

Answer 21

Det skyldes den positive ladning, der er på aminogruppen ved siden af Alfa-carboxylgruppen. For at stabilisere den positive ladning, sker der et fald i pKa for Alfa-carboxylgruppen, der hurtigere vil afgive sin proton og få en negativ ladning.

Question 22

Forklar hvorfor Epsilon-aminogruppen i Lysin har en højere pKa end Alfa-aminogruppen

Answer 22

Det skyldes den negative ladning på carboxylgruppen ved siden af Alfa-aminogruppen.
Den negative ladning stabilisere den positive ladning fra Alfa-aminogruppen, og hæver pKa således at den holder på sin proton i længere tid.

Question 23

Alfa-carbonet på de fleste aminosyre er chiralt, hvilken aminosyre er undtagelsen?
Hvilken konformation indtager de øvrige aminosyre med et chiralt Alfa-carbon?

Answer 23

Glycin har ikke et chiralt carbon.

99% af alle øvrige aminosyre indtager L-form

Question 24

Nævn 4 funktioner af metalbinding til proteiner

Answer 24

Metalioner er koordineret i proteiner, og er derfor med til at bestemme proteinets konformation.
Metaler kan indgå i ion-dipol interaktioner, der kan stabilisere proteiner.
Kan benyttes som cofaktorer i enzymatiske reaktioner
Kan ændre oxidationstallet for sig selv

Question 25

Hvilke aminosyre er med til at koordinere bløde metalioner via ion-dipol interaktioner?

Answer 25

Histidin, Glutamat, Methionin, Threonin, Aspartat og Asparagin.
Fælles for disse er at de er store og nemme at polarisere.

Question 26

Beskriv styrken af en ion interaktion med en formel og forklar hvad den afhænger af

Answer 26

Styrken af ioninteraktionerne afspejles i:

E=q1q2/rD

F: force (styrken)
Q: størrelsen af ladningen
R: afstanden mellem de ladet grupper - det fungere kun for afstande mellem 10-40 nm.
D: dielektrisk konstant, som er dimensions løs og afhænger af antaller af dipoler i solventet.

Styrken af ioninteraktionerne er stærkere, jo lavere den dielektriske konstant er for solventet. Solventet skal helst ikke skærme for ladningen.

Ioninteraktionerne er den ikke-kovalente interaktion, der virker over den største distance og begrænser fleksibiliteten og bidrager i højere grad til foldningen af proteinet end den hydrofobe effekt gør.