Taxinomie Bacterienne

Question 1

5 types de taxinomie?

Answer 1

Taxinomie : 
Phenotypique
Numérique 
Moléculaire
Phylogénétique
Mixte

Question 2

Sur quoi repose la taxinomie phénotypique? Et inconvénients?

Answer 2

Repose sur un faible nombre de caractères : morphologie, coloration de Gram, caractères culturaux, tests métaboliques…

Inconvénient : ne reflète qu’une quantité réduite d’informations

Question 3

Sur quoi repose la taxinomie numérique? Sous quelle forme peut-elle être représentée? Et construction de cette représentation finale?

Answer 3

Repose sur l’étude d’un grand nombre de caractères morphologiques, biochimiques, culturaux ou absence d’un constituant cellulaire particulier

Attribution du même poids à chacun des caractères qui sont codes en 1 (présence du caractère) => construction d’une matrice de similitude => représentation en un arbre appelé Dendogramme

Question 4

2 méthodes utilisées pour la taxinomie moléculaire?

Answer 4

Determination du GC% et Hybridation ADN-ADN

Question 5

Formule du GC%? Et rôle?

Answer 5

GC% = (G+C)*100/(A+T+G+C)

Permet de mettre en évidence des homologies moléculaires

Question 6

Différence de GC% pour pouvoir dire que les bactéries n’appartiennent pas de la même espèce? N’appartiennent pas au même genre?

Answer 6

GC% diffère de plus de 5% entre bactéries -> n’appartiennent pas a la même espèce
GC% diffère de plus de 10% entre bactéries -> n’appartiennent pas au même genre

Question 7

Intervalle de valeur du GC% chez les Procaryotes?

Answer 7

GC% varie entre 25 et 80%

Question 8

Rôle de l’hybridation ADN-ADN? Et méthode? Dans quel domaine est-ce essentiel?

Answer 8

Mettre en évidence la proximité génétique de 2 molécules d’ADN provenant de 2 bactéries différentes

Molécules d’ADN préalablement dénaturées puis hybridées => la stabilité thermique des hybrides obtenus est corrélée avec les bases appariées

Essentiel dans la définition de nouvelles espèces bactériennes

Question 9

Sur quoi repose la taxinomie phylogénétique? Méthode?

Answer 9

Repose sur la comparaison de gènes d’intérêts (gène de l’ARNr 16S) ayant conservé leurs fonctions au cours du temps

Analyse des similitudes des séquences aboutit à la construction d’un arbre généalogique rendant compte de la parenté phylogénétique entre les bactéries

Question 10

Définition espèce bactérienne?

Answer 10

Ensemble de souches bactériennes présentant des homologies génétiques se traduisant par des pourcentages d’hybridation ADN-ADN > 70%, par une stabilité thermique des hybrides telle que DTm < 5% et par un séquençage du gene ARNr 16S donnant au moins 97% de similitude

Question 11

Dans quoi sont rassemblées les règles gouvernant la nomenclature?

Answer 11

Dans le Code International de nomenclature bactérienne

Question 12

Combinaison binaire de l’espèce?

Answer 12

Genre avec majuscule + espèce en minuscule, le tout en italique

Question 13

2 méthodes d’identification bactérienne? Quels caractères elles étudient?

Answer 13

Méthode Phenotypique -> caractère Phenotypique (caractère morphologique, structuraux, culturaux, physiologique, métabolique et antigènique)
Méthode moléculaire -> caractère génomique

Question 14

Description méthode Phenotypique?

Answer 14

Mise au point de galeries de micro tests

Comparaison statistique de la souche à identifier aux souches de la banque de données

Question 15

Description méthode moléculaire?

Answer 15

PCR du gene codant pour l’ARNr 16S
Comparaison des séquences avec les banques de données
Construction des arbres phylogénétiques