Synteza białek Flashcards
co jest zapisywane w genie
SEKWENCJA BIAŁKA => struktura, funkcja,
interakcje z innymi cząsteczkami
* Modyfikacje potranslacyjne
* Szybkość syntezy (sekwencje regulujące tempo
transkrypcji i translacji, stabilność mRNA)
* Czas półtrwania
* Kierowanie do odpowiednich przestzreni komórkowych
czym się różni bakteryjne mRNA od eukariotycznego
tym że bakteryjne jest policystronowe
i więcej niz jeden gen przepisane na jedno mRNA
eukariotyczne jest monocystronowe
tylko jeden rejon podlegający translacji
co tp jest za sekwencja Shine-Dalgarno
to sekwencja przed kodonem start.która jest komlementarna 16s rna i kieruje ramkę odczytu.
region UTR co to
to jest region nie podlegajacy translacji
kodony stopu
UAA
UAG
UGA
czym się rózni kodon start u eukariota i prokariota
ty, że kodonem star u prokariota jest sekwencja Shine-Dalgaro
a u eukariotów to AUG
co ROBI syntetaza amino-acylo mRNA
ona dopasowuje sekwencje do odpowiedniego kodonu t RNA
jak następuje aktywacja aminokwasu
aminokwas+t RNA+ ATP->aminoacylotRNA
+AMP +2 Pi
dlaczego w drugim etapie syntezy aminokwasu jest ważna autokorekcja
bo rybosom tego nie sprawdza czy t-rna jest podłączony prawidłowo
ile tRNA potrzebujemy
ok 30 dla prokariotów
ok50 dla eukariotów
polirybosomy to
skupiska
rybosomów związanych z tą
samą cząsteczka mRNA
ile jest miejsc wiązania t-RNA na rybosomie i jakie?
3
A- dla nowowiazanych aa-RNA w procesie elongacji
P- związane peptydylo t RNA.
E- puste rna opuszcza rybosom(exit)
w jakim kierunku odbywa się synteza białka
5-3
i nowe aminokwasy przyczepiają się do końca C
czy moze rozpoczac się translacja u prokariota wcześniej niż skończy sie transkrypcja
tak.of course:)
ile czynników translacyjnych u prokariota i eukariota
prokarioty -3
eukarioty -12
eLF2 co robi
pomaga wiązać Met-tRNA z małą podjednostką rybosomu
eIF4 E
wiąże czapeczkę
eIF4 A
helikaza,która rozplata pętlę na mrna
eIF4 B
pomoze znależć kodon start
eIF6
pomaga separację podjednoste rybosomów
jak zachodzi inicjaci translacji
najpierw rozpad rybosomu na podjednostki
Dysocjacja rybosomu na podjednostki 40S i 60S
2. Powstanie kompleksu preinicjacyjnego - Met-tRNAi
Met
, eIF2 –GTP z podjednostką 40S
3. związanie mRNA do kompleksu preinicjacyjnego
4. Przesuwanie kompleksu inicjacyjnego wzdłuż mRNA do
miejsca z kodonem START (zwykle pierwsze AUG od
końca 5’ )
5. Związanie podjednostki 6
czym sie rózni proces inicjacji u prokariota
U prokariota w inicjacji
translacji uczestniczy
formylo-Met-tRNA
Jego powstanie wymaga
pochodnej kwasu
tetrahydrofoliowego
jakie czynniki zwiększaja aktywność elF4
insulina i pewne czynniki wzrostowe porzez
fosfrorylację grup Ser lub THr czyli efektywniej wiaże się czapeczka
co jeszcze może wiazać czynnik elF4 i co to powoduje
wiąże ogon poliA i rośnie wydjaność translacji
co powodujeże czynnik elF2 staje się nieaktywny
głód
* szok termiczny
* infekcja wiruso
hcl to
= kinaza, której aktywność zależy
od poziomu hemu (niezbędnego w syntezie hemoglobiny
co powoduje spadek poziomu hemu
zahamowanie translacji
co to jest peptydylotransferaza
to 28s rna
rybozym
jak zachodzi terminacja
kodony stop->RF-GTP wiązanie w miejscu A
potem nastepuje hydroliza wiązania iii
rybosom rozpada się na podjednostki
Po powstaniu polipeptydu na rybosomach musi nastąpić:
- fałdowanie
- często modyfikacja kowalencyjna
- transport do odpowiedniego przedziału komórkowego
lub wydzielenie - degradacja białek już niepotrzebnych, uszkodzonych
(np. przez rodniki tlenowe) lub źle zfałdowanych
polirybosomy cytozolowe
cytoplazmatyczne
mitochondrialne,
jądrowe,
peroksysomalne
polirybosomy związane z ER
Błony ER
Błony Golgiego
Wydzielnicze
Błony kom.
lizosomalne
sekwencje sygnałowe
N-końcowa (kierowanie do mitochondriów, siateczki
śródplazmatycznej, błony komórkowej, lizosomów);
* C-końcowa (peroksysomy)
* wewnętrzna (jądro);
jakie są warunki kierowania sekwencji sygnałowej do ER
to że białko hydrofobowe musi być poprzedzone sekwencją Lys Arg
funkcja białka Ran
białko aktywności GTPazy
funkcja bialka importyny
białko rozpoznające NLS
funkcja białka szaperonowego
ono utrzymuje bialko w formie rozfałdowanej
Większość białek mitochondrialnych jest
kodowana przez co
przez genom jądrowy i powstaje w
cytoplazmie.
Regulacja aktywności czynnika eIF2
fosforylacja przez
kinazę obniża jego aktywność i tym samym spada ogólna
aktywność translacyjna komórki.
Czujnik poziomu Fe
akonitaza 9(IRP)
Przy niskim poziomie jonów Fe w komórce centrum aktywne
mRNA dla receptora transferryny
stabilizowane przez wiązanie IRP w miejscu UTR3’ CZYLI ZWIĘKSZA SIĘ sunteza receptora transferryny
jeżeli spadnie poziom Fe to
zwiększa się synteza receptora transferyny i zmniejsza sie apoferrytyny
jakie inhibitory hamują proces inicjacji translacji u prokariota
Streptomycyna
Neomycyna
inhibitor który powoduje hamowanie wiązanie aa-RNA DO jednostki A ryboosomu u prokariota
Tetracykliny
(wiąże się z podjednostką 30S)
wiążą się odwracalnie.
inhibitor, który hamuje transferazę
peptydylowa u prokariota
Chloramfenikol
wiąże się z podjednostką
50S i hamuje aktywność peptydylotransferazy.
W wyższych stężeniach może hamować syntezę
białek mitochondrialnych
inhibitory daiałające na proces translokacji
u prokariota
Erytromycyna
Klarytromyc
Hamuje
elongację translacji (translokację rybosomu) u Eukariota
CYKLOHEKSYMID
działanie toksyny błoniczej
Katalizuje ADP-rybozylację,która hamuje czynnik ElF2
białko szaperonowe funkcja
utrzymuje białko w formie rozfałdowanej
jaka jest regulacja syntezy białka na poziomie translacji
Regulacja aktywności elF4 poprzez fosforylację bo lepiej wiąże czapeczkę
regulacja aktywności elF2 fosforylacja poprzez kinazę obniża aktywność
kontrola efektywnosci przez micro RNA
Jak działa toksyna rycyny i z czego pochodzi
z rącznika pospolitego
N-glikozydaza RNA który usuwa Adeninę z łańcucha rRNA dużej podjednoski rybosomu
Działanie puromucyny
przypomina aminoacylo-tRNA-powoduje przedwczesną erminację ranslacji zarówno u Prokariota tak i Eukariota.
N
inhibitor transkrypcjiktóry jest antybiotykiem i hamuje inicjacje synezy RNA z podjednostką beta pol RNA bakterii i srosowana w leczeniu gruźlicy
Rifamycyna
alfa-AMANITYNA
inhibitor transkrypcji u eukariotów
toksyna z grzybów
oktapeptyd termosabilny
Hamuje aktywność polimeraxy RNA 2
uszkadza wątrobę
wrażliwość polimeraz RNA na alfa-amantynę
1-niewrażliwa
2- bardzo wrażliwa->zahamowanie syntezy mRNA i białek
3- wrażliwa na duże stężenia
jakie są modyfikację potranslacyjne
- warunkujące natywną srukturę(hydriksylacja, glikozylacja, acylacja)
- proteoliza
regulujące aktywność-fosforylacja i acetylacja
nieodwracalne-prowadzące do degradacji białka.(poliubikwitynacja)
glikoproteiny przykłady
większość białek osocza np. immunoglobuliny, białka kaskady krzepnięcia
białka błonowe
enzymy lizosomalne
kolagen laminina i t.d.
Rola cukrowca w glikoproteinach
zwiększa rozpuszczalność białka
zróżnicowanie
wpływają na srukturę
kierowanie białek do odpowiednich przestrzeni subkomórkowych
ochrona przed proteolizą
ważny dla inerakcji
etapy glikozylacji
1.Synteza oligosacharydu na foforanie dolicholu(enzym transferazy glikozylowe.(po stronie cytoplazmy)
2. przeniesienie na stronę światła ER
3.Trwa rozbudowa oligosacharydu
4. przeniesienie tego oligosacharydu na białko(Modyfikację struktury glikanu
szlak syntezy enzymów lizomalnych
glikozylacja bialek w siateczce wplywa na proces sortowania.Marker kierujący do lizosomów
Mannozo-fosforan-sygnał kierujący bialko do lizomów
czym charakteryzuje sie choroba wtrętów białkowych,mukolipidoza typu 2
Niedobór fosfotransferazy N-acetyloglukozoaminy
ciężkie uposledzenie psychomotoryczne
śmierc w pierwszej dekadzie życia
BRAK AKTYWNOŚCI WIĘKSZOŚCI ENZYMÓW LIZOMALNYCH
ciałka inkluzyjne w lizosomach
przyłączenie białek kotwiczących przy powierzchni błony
Acylacja-przyłączanie reszt kwasu palmitynowego i mirystydonowego
prenylacja- przełączenie jednostek poliizoprenoidowych
kotwice GPI
JAk działa i co zmienia proces fosforylacji
kinazy białek
i co modyfikuje:Ser Thr i Tyr
zmienia aktywnosc białka
fozfaazy hydroliyczne usuwają fosforan.
Modyfikacja przez proteolizę
usuwanie sekwencji sygnałowej
aktywacja proenzymów
np pre-insulina-insulina i jeszcze pro insulina
proteosomy to
duże kompleksy, degradują białka
naznaczone przez ubikwitynę
Kaspazy to
związane z procesem apoptozy
Proteazy lizosomalne to
białka pobrane droga autofagii lub endocytozy
jakim związkiem można spowodować denaturację białka
mocznik
Podczas
fałdowania
białka
następuje
coraz
większa
stabilizacja
form
pośrednich lub destabilizaja
stabilizacja
Amyloidozy
to skrobiawica
Cecha wspólna białek amyloidogennych
niestabilność
konformacyjna (powody: mutacja, modyfikacja (np.
trawienie), zmiany pH)
Struktura amyloidu
Długie, nierozgałęzione włókna
* - struktura – dominujący element
struktury drugorzędowej *
nierozpuszczalne
* odporne na trawienie proteazami *
podobne struktury amyloidów tworzone są
przez bardzo różne białka
APP (Amyloid precursor
Choroba Altsheimera
Białko prionowe
Encefalopatie gąbczaste, np. choroba
Creutzfeldta-Jakoba
a1-inhibitor proteinaz (forma Z)
Marskość wątroby, rozedma płuc
Łańcuch lekki immunoglobulin
Łańcuch lekki immunoglobulin
a-synuklein
Choroba Parkinsona
amylina
cukrzyca typu 2