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ADN recombinant > Séquencage de nouvelle génération > Flashcards

Séquencage de nouvelle génération Flashcards

1
Q

Vrai ou faux

Tous les organismes peuvent être séquencer pour le séquencage de nouvelle génération

A

Vrai

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Q

Quelles sont les étapes pour le séquencage par 454/ion torrent?

A
  1. Synthèse de banque
  2. Amplification sur support solide
  3. Séquencage
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Q

Quelle étape du séquencage est absence pour Illumina comparativement au 454?
Quelle étape est différente?

A

séquencage

  1. Génération ilots
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4
Q

Quelle est l’étape critique de la synthèse de banque?

A

Rendre les molécules compatibles avec le séquenceur

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5
Q

Vrai ou faux

Chaque séquenceur a ses propres séquences

A

Vrai

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6
Q

Comment fonctionne la synthèse de banque WGS- shotgun?

A

Fragmentation aléatoire
Fragment end repair -> polymérase et exonucléase
A tailing -> Taq pol
Ligation des adaptateurs

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7
Q

Pour la méthode shotgun, quelles sont les amorces pour faire la PCR?
Pour quoi est utile la PCR?

A

adaptateur
Pour la sélection de taille
-> avoir seulement les bons fragments

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8
Q

Pour quelles approches est bien adapté la synthèse de banque shotgun?

A

approches comparatives avec génome de référence

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9
Q

Quelle méthode est bien adapté pour les approches de novo de génomes peu complexes et ADNc

A

shotgun

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10
Q

Quel problème peut être rencontrer avec la synthèse de banque shotgun?

A

Bris de contigs quand il y a des éléments répétés

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11
Q

Quelles sont les principales caractéristiques de la synthèse de banque par approche ciblée amplicon?

A
  • Cible une ou quelques régions spécifiques
  • Requiert les méthodes les plus standardisées
  • La plus facilement multiplexable
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12
Q

Le génotypage pas séquencage est une approche…

A

semi-aléatoire

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13
Q

Pour le génotypage par séquencage, de quoi dépend la densité en marqueur?

A

de la sélection d’enzymes

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14
Q

À quoi servent les synthèse de banque capture?

A

Sonde utilisée pour pêcher les molécules d’intérêts

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15
Q

Qu’est ce que l’amplification sur support solide?

A

Les différentes molécules sont ancrées sur un support solide
Amplification des molécule
-> Permet d’amplifier le signal de séquencage

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16
Q

Décrire la méthode d’amplification sur support solide

À quoi faut-il faire attention?

A
  • Mélange ADN dénaturé avec billes, mix PCR et huile
  • > Attention au ratio ADN/bille
  • Ampification dans microréacteurs 4 plaques PCR de 96 puits
  • Purification et enrichissement des billes qui contiennent de l’ADN amplifié
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17
Q

Décrire le séquencage par 454/ion torrent

A
  • Polymérase ajoute un nucléotide, ce qui relâche un pyrophosphate et un proton
  • > Ion torrent détecte le proton par un changement de pH
  • > 454 converti le PPi à l’aide de la sulfurylase pour générer de l’ATP qui est utilisé par la luciférase pour produire de la lumière
18
Q

Décrire la réaction séquence Illumina

A
  • Incorporation d’un nucléotide fluorescent
  • l’incorporation d’un nucléotide bloque l’élongation
  • Le blocage est réversible pour permettre l’ajout des nucléotide 1 à la fois
19
Q

Décrire le séquencage PacBio

A
  • Une molécule est immobilisée par puit par un polymérase
  • Les 4 nucléotides marquée avec un fluorophore passent dans le puit
  • Quand un nucléotide est incorporé, on mesure le signal
20
Q

Décrire le séquencage Oxford nanopore

A
  • Molécules d’ADN sont capter par un pore
  • Un brin passe au travers du pore et une différence de potentiel est mesurée
  • Chaque nucléotide à sa signature
21
Q

Quelles sont les points faibles des approches de séquencages de troisième génération?

A
  • Plus cher

- Taux d’erreur plus élevé

22
Q

Qu’est ce qui remplace les Mate-pairs pour l’assemblage des génomes?
Avantage?

A

les long reads

Plus facile d’identifier les variants structuraux

23
Q

Quelle approche permet d’acquérir peu d’informations sur beaucoup de molécules?

A

GBS

24
Q

Quelle approche permet d’acquérir beaucoup d’informations sur peu de molécules?

A

Amplicon

25
Q

Quelles sont les paramètres importants considérer?

A
  • Lecture simple ou en paire en relation avec la taille de l’insert
  • La longueur des lectures vs le nombre de lecture
  • La longueur des lectures et l’assemblage
  • La diversité de la librairie vs le nombre de lecture
  • Taux et type d’erreur
  • $$$
26
Q

Mettre en ordre du - au + bon les instruements pour les erreurs d’homopolymère

A

3e génération > Ion torrent > illumina

27
Q

Mettre en ordre du - au + bon les instruments pour les erreurs de substitutions

A

3e génération > Illumina > ion torrent

28
Q

Quelles contraintes budgétaires doivent être considérer?

A
  • Nombre d’échantillons
  • Type de librairie
  • Type de séquencage
29
Q

depuis dix ans ces prix ont augmenter ou diminuer?

a) librairie shotgun
b) séquencage ion torrent
c) séquencage illumina (gros instruments)
d) séquencage illumina (petit instruments)

A

a) -
b) pareil
c) bcp -
d) un peu plus

30
Q

Quelles sont les applications les plus courantes du séquencage de nouvelle génération?

A

Pour :

  • Génomique comparative
  • Métagénomique
  • Transcriptomique
31
Q

définir génomique comparative

A

Étude des structures / fonctions des génomes

32
Q

Quelles sont les deux approches pour la génomique comparative?

A

1) Contenu en gène (shotgun)
- > Séquencage au moindre cout possible, assemblage de base, comparaison de ORFs et SNPs

2) Structure des génomes
- > Permettre de fermer les génomes, différences structurelles en plus des différences de contenu

33
Q

Quels sont les facteurs à considérer pour la génomique comparative?

A
  • Taille du génome
  • Référence existante ou pas
  • Budget
34
Q

Quelle approche est utilisée pour les études de diversité?

A

Amplicon

35
Q

Quels facteurs sont à considérer lors de l’étude de diversité pour le choix de séquenceur?

A
  • Longueur désiré

- Diversité (bcp de lecture)

36
Q

Qu’est ce que la transcriptomique?

A

Étude de l’ensemble des transcrits d’un organisme

37
Q

Quelle étape est nécessaire avant le shotgun pour la transcriptomique?

A

RT

38
Q

À quoi sont égal les «reads» en transcriptomique?

A

Au niveau d’expression

39
Q

Quel séquenceur pour la transcriptomique?

A
  • Haut volume
40
Q

Contenu en gène + population =…

A

métagénome

41
Q

Comment fait-on de la métagénomique?

A
  • Synthèse de banque shotgun
  • Comparaison de contigs et lectures suffisante
  • identification des polymorphismes
  • Comptes relatifs importants
42
Q

Quelle méthode est utilisée pour la délimitation des espèces?

A

GbS

ADN recombinant (8 decks)

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