Séquencage de nouvelle génération Flashcards
Vrai ou faux
Tous les organismes peuvent être séquencer pour le séquencage de nouvelle génération
Vrai
Quelles sont les étapes pour le séquencage par 454/ion torrent?
- Synthèse de banque
- Amplification sur support solide
- Séquencage
Quelle étape du séquencage est absence pour Illumina comparativement au 454?
Quelle étape est différente?
séquencage
- Génération ilots
Quelle est l’étape critique de la synthèse de banque?
Rendre les molécules compatibles avec le séquenceur
Vrai ou faux
Chaque séquenceur a ses propres séquences
Vrai
Comment fonctionne la synthèse de banque WGS- shotgun?
Fragmentation aléatoire
Fragment end repair -> polymérase et exonucléase
A tailing -> Taq pol
Ligation des adaptateurs
Pour la méthode shotgun, quelles sont les amorces pour faire la PCR?
Pour quoi est utile la PCR?
adaptateur
Pour la sélection de taille
-> avoir seulement les bons fragments
Pour quelles approches est bien adapté la synthèse de banque shotgun?
approches comparatives avec génome de référence
Quelle méthode est bien adapté pour les approches de novo de génomes peu complexes et ADNc
shotgun
Quel problème peut être rencontrer avec la synthèse de banque shotgun?
Bris de contigs quand il y a des éléments répétés
Quelles sont les principales caractéristiques de la synthèse de banque par approche ciblée amplicon?
- Cible une ou quelques régions spécifiques
- Requiert les méthodes les plus standardisées
- La plus facilement multiplexable
Le génotypage pas séquencage est une approche…
semi-aléatoire
Pour le génotypage par séquencage, de quoi dépend la densité en marqueur?
de la sélection d’enzymes
À quoi servent les synthèse de banque capture?
Sonde utilisée pour pêcher les molécules d’intérêts
Qu’est ce que l’amplification sur support solide?
Les différentes molécules sont ancrées sur un support solide
Amplification des molécule
-> Permet d’amplifier le signal de séquencage
Décrire la méthode d’amplification sur support solide
À quoi faut-il faire attention?
- Mélange ADN dénaturé avec billes, mix PCR et huile
- > Attention au ratio ADN/bille
- Ampification dans microréacteurs 4 plaques PCR de 96 puits
- Purification et enrichissement des billes qui contiennent de l’ADN amplifié
Décrire le séquencage par 454/ion torrent
- Polymérase ajoute un nucléotide, ce qui relâche un pyrophosphate et un proton
- > Ion torrent détecte le proton par un changement de pH
- > 454 converti le PPi à l’aide de la sulfurylase pour générer de l’ATP qui est utilisé par la luciférase pour produire de la lumière
Décrire la réaction séquence Illumina
- Incorporation d’un nucléotide fluorescent
- l’incorporation d’un nucléotide bloque l’élongation
- Le blocage est réversible pour permettre l’ajout des nucléotide 1 à la fois
Décrire le séquencage PacBio
- Une molécule est immobilisée par puit par un polymérase
- Les 4 nucléotides marquée avec un fluorophore passent dans le puit
- Quand un nucléotide est incorporé, on mesure le signal
Décrire le séquencage Oxford nanopore
- Molécules d’ADN sont capter par un pore
- Un brin passe au travers du pore et une différence de potentiel est mesurée
- Chaque nucléotide à sa signature
Quelles sont les points faibles des approches de séquencages de troisième génération?
- Plus cher
- Taux d’erreur plus élevé
Qu’est ce qui remplace les Mate-pairs pour l’assemblage des génomes?
Avantage?
les long reads
Plus facile d’identifier les variants structuraux
Quelle approche permet d’acquérir peu d’informations sur beaucoup de molécules?
GBS
Quelle approche permet d’acquérir beaucoup d’informations sur peu de molécules?
Amplicon
