Sekvensering mikrobiologi

Question 1

Beskriv prøvens gang i stikkordsform (16S sekvensering)

Answer 1

1. Ekstraksjon
2. Realtime PCR (16S primere)
3. Gelelektroforese (kontrollere at man har rett PCR-produkt)
4. Rensing av PCR-produkt
5. PCR med spesifikke primere og ddNTP
6. Rensing av PCR-produkt
7. Analysering av PCR-produkt på sekvensator
8. Søke opp sekvens i database
9. Gi ut svar hvis treff i databasen

Question 2

Når benytter man sekvensering i medisinsk mikrobiologi?

Answer 2

• Mistanke bakteriell infeksjon, men ingen vekst på agar (eks grunnet AB før prøvetaking, død bakterie eller spesielle vekstkrav)
• Usikker score på Maldi-TOF

Question 3

Hva er utfordringer med sekvensering i medisinsk mikrobiologi?

Answer 3

Bakterier i reagenser eller vann: metoden oppformerer alt av DNA, skal veldig lite til før prøven blir kontaminert. Vanskelig for produsent å lage reagenser helt uten bakterier. Kjører kontrollprøve med kun reagens for å avdekke bakterier i reagens.
Biposier: primere kan binde til humant DNA
Sensitivitet: for god? Finner ikke bare patogener, men også normalflora. Må stille spørsmål til om det man finner faktisk er årsak til infeksjonen.
Tid og penger: sekvensering er tidkrevende og kostbart, og kjøres derfor oftest i spesielle og gjerne ganske alvorlige tilfeller.