NGS i medisinsk genetikk

Question 1

Hva er hovedmålet med NGS i medisinsk genetikk?

Answer 1

Å finne årsaken til genetisk sykdom

Question 2

Forklar hvordan disse nedarves; dominant, recessiv, mitokondriell, autosomal, kjønnsbundet (x-bundet/y-bundet)

Answer 2

Dominant: sykdom i hver generasjon er en sterk indikasjon
Recessiv: sykdom hopper ofte over generasjoner, avhenger av hvor vanlig egenskapen er.
Mitokondriell: arves kun fra mor, ikke far. Dette fordi det er mitokondrier i eggene, men ikke i sædcellene.
Autosomal: like mange affiserte av hvert kjønn
Kjønnsbundet:
Kjønnsbundet: X-bundet (recessiv): sønn arver sykdom fra normale foreldre. Y-bundet: kun menn har egenskapen

Question 3

Hva er en foundermutasjon

Answer 3

Mutasjon som er mer utberedt i visse folkegrupper. En del foundermutasjoner i Finland, hvor de har levd veldig isolert. Også funnet et gen hos overlevende familier fra Svartedauden som kan gi arvelig kreft.

Question 4

Hvordan brukes genpanel?

Answer 4

Ved bruk av genpaneler kan man kjøre målrettede søk etter mutasjoner i kjente gener. Det er sjelden man ser på alle genene i et panel, man plukker ut de som er relaterte til funn i familien/mistanker.
Eks: St olav har genpanel på 89 gener, men kun genene relatert til pasientens/familiens klinikk analyseres.
Jo færre gener man ser på, jo høyere coverage kan man ha. Coverage sier noe om hvor mange ganger hvert nukleotid leses.

Question 5

Hva er en trioanalyse?

Answer 5

Når man skal finne årsak til sykdom hos pasient med friske foreldre. Benytter genpanel og exom eller genom sekvensering. Årsak kan eks. være recessiv arv, eller at det er en nyoppstått mutasjon.

Question 6

Hvordan navnsettes varianter? (nomenklatur)

Answer 6

• Nukleotid 1 = A i ATG startkodon, innledet av 5´UTG.
• Nukleotider i 5´UTG er -1, -2, -3 …
• Nukleotider i 3´UTG er *1, *2, *3 …
• Nukleotider i intron:
  Begynnelse av intron: siste nukleotid ut av exon og plusstegn med angivelse av posisjon i intron
  Slutten av intron: første nukleotid i påfølgende exon og minustegn med angivelse av posisjon i intron.

DNA-varianter (.c)
- Substitusjon: >
- Delesjon: del
- Insersjon: _
- Duplikasjon: dup
Ved stille mutasjon er det viktig å oppgi endring også på DNA-nivå, ikke bare aminosyrenivå.

Protein-varianter (.p)
Angis likt som DNA-varianter, men med noen unntak. Det foretrekkes at aminosyrer angis med 3 bokstaver.
- Startkodonet metonin (Met) angis som kodon 1.
- Stoppkodon angis som * eller Ter (TGA, TAA, TAG)
- p. for protein, aminosyre som endres, etterfulgt av kodon nummer

Question 7

Hvordan klassifiseres variantene? (5 klasser)

Answer 7

1. Affiserer ikke funksjon (normalvariant)
2. Affiserer trolig ikke funksjon, men noe usikkert
3. VUS, variant av ukjent klinisk betydning
4. Affiserer trolig funksjon
5. Affiserer funksjon